showalignment
(Чтобы быть удаленным), Отображение нанесло цветную маркировку на выравнивание последовательности
showalignment будет удален в будущем релизе.
Синтаксис
showalignment(Alignment)
showalignment(..., 'MatchColor', MatchColorValue,
...)
showalignment(..., 'SimilarColor' SimilarColorValue,
...)
showalignment(..., 'StartPointers', StartPointersValue,
...)
showalignment(..., 'Columns', ColumnsValue,
...)
showalignment(..., 'TerminalGap', TerminalGapValue,
...)
Описание
showalignment( отображает выравнивание последовательности, на которое наносят цветную маркировку, в Окне рисунка MATLAB®. Alignment)
showalignment (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)showalignment с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
showalignment(..., 'MatchColor', задает цвет, чтобы подсветить соответствие с символами в выходном отображении. MatchColorValue,
...)
showalignment(..., 'SimilarColor' задает цвет, чтобы подсветить похожие символы в выходном отображении. SimilarColorValue,
...)
showalignment(..., 'StartPointers', задает начальные значения индекса в исходных последовательностях локального попарного выравнивания. StartPointersValue,
...)
showalignment(..., 'Columns', задает количество символов, чтобы отобразиться в одной строке при отображении попарного выравнивания и помечает запуск каждой строки с положениями последовательности. ColumnsValue,
...)
showalignment(..., 'TerminalGap', управляет включением или исключением терминальных разрывов от количества соответствий и подобных остатков при отображении попарного выравнивания. TerminalGapValue,
...)TerminalGapValue может быть true (значение по умолчанию) или false.
Входные параметры
|
Попарно или несколько упорядочивают выравнивание, заданное одним из следующего:
|
|
Цвет, чтобы подсветить соответствие с символами в выходном отображении. Задайте цвет с одним из следующего:
Например, чтобы использовать голубой, введите Значение по умолчанию: Красный, который задан |
|
Цвет, чтобы подсветить похожие символы в выходном отображении. Задайте цвет с одним из следующего:
Например, чтобы использовать голубой, введите Значение по умолчанию: Пурпурный, который задан |
|
Двухэлементный вектор, который задает начальные значения индекса в исходных последовательностях локального попарного выравнивания. СоветМожно использовать третий выходной параметр |
|
Скаляр, который задает количество символов, чтобы отобразиться в одной строке при отображении попарного выравнивания. Значение по умолчанию: |
|
Задает, включать ли или исключить терминальные разрывы из количества соответствий и подобных остатков при отображении попарного выравнивания. Выбором является |
Примеры
Отобразите попарное выравнивание последовательности:
% Globally align two amino acid sequences [Score, Alignment] = nwalign('VSPAGMASGYD','IPGKASYD'); % Display the color-coded alignment showalignment(Alignment);
Заметьте, что для попарных выравниваний последовательности, соответствие и похожие символы появляются в красном и пурпурном цвете соответственно..
Отобразите выравнивание последовательности кратного
% Read a multiple-sequence alignment file gag = multialignread('aagag.aln'); % Display the color-coded alignment showalignment(gag)
Заметьте, что для нескольких выравниваний последовательности, высоко сохраненные положения появляются в красных и сохраненных положениях, появляются в пурпурном.
Совет
Чтобы просмотреть выравнивание нескольких-последовательностей и взаимодействовать с ним, используйте seqalignviewer функция.
Больше о
Альтернативы
Можно также отобразить кратное или попарное выравнивание последовательности с помощью seqalignviewer функция. Выравнивание отображается в окне Biological Sequence Alignment, где можно просмотреть и в интерактивном режиме настроить выравнивание последовательности.
Вопросы совместимости
Смотрите также
blosum | dayhoff | fastaread | gethmmalignment | gonnet | localalign | multialign | multialignread | nuc44 | nwalign | pam | seqalignviewer | showalignment | swalign