Exponenta Banner

Анализ микромассивов

Экспрессия гена и генетический различный анализ микроданных массива

Микромассивы содержат олигонуклеотид или зонды комплементарной ДНК, чтобы измерить уровни экспрессии генов по геномной шкале. Bioinformatics Toolbox™ позволяет вам предварительно обработать данные о выражении из микромассивов с помощью различной нормализации и фильтруя методы. Используйте нормированные данные, чтобы идентифицировать дифференцированно описанные гены и выполнить анализ обогащения результатов выражения с помощью Генной Онтологии. Можно также обнаружить генетические варианты, такие как изменения номера копии (CNVs) и один полиморфизм нуклеотида (SNPs) из данных о сравнительной геномной гибридизации (CGH). Визуализируйте ген и сети взаимодействия белка белка с помощью алгоритмов теории графов.

Подсвеченные темы
  • Импорт данных и управление
    Импортируйте данные и аннотации от Affymetrix® GeneChip®, Illumina®, Agilent®, Gene Expression Omnibus (GEO), ImaGene®, SPOT, GenePix® GPR и GAL; управляйте экспериментальными данными и демонстрационными метаданными на стандарт MIAME
  • Предварительная обработка
    Подготовьте необработанные микроданные массива к анализу с помощью фоновой корректировки, нормализации и фильтрации выражения; обширная предварительная обработка данных Affymetrix и Illumina. Получите тестовые аннотации из файлов библиотеки
  • Анализ выражения
    Идентифицируйте, визуализируйте и классифицируйте дифференцированно описанные гены и профили выражения
  • Анализ генетических вариаций
    Найдите, анализируйте и визуализируйте генетические варианты, такие как изменения номера копии (CNVs) и один полиморфизмы нуклеотида (SNPs)
  • Генная онтология
    Информация о Генной онтологии (GO) в реальном времени; анализ обогащения результатов микровыражения с массивами с помощью сетей Gene Ontology
  • Сетевой анализ и визуализация
    Примените основные алгоритмы теории графов к Взаимодействиям белка белка (PPI) и другим генным сетям; просмотрите сетевые отношения с помощью интерактивных карт, графиков иерархии и трасс

Рекомендуемые примеры

Visualizing Microarray Data

Визуализация микроданных массива

Различные способы исследовать и визуализировать необработанные микроданные массива. Пример использует микроданные массива от исследования экспрессии гена в мозгах мыши [1].

Открыть скрипт
Gene Expression Profile Analysis

Анализ профиля экспрессии гена

Много способов искать шаблоны в профилях экспрессии гена.

Открыть скрипт
Exploring Microarray Gene Expression Data

Исследование данных об экспрессии гена микромассивов

Идентифицируйте дифференцированно описанные гены от микроданных массива, и использует Генную Онтологию, чтобы определить значительные биологические функции, которые сопоставлены к вниз - и отрегулированные гены.

Открыть скрипт
Working with Objects for Microarray Experiment Data

Работа с объектами для данных об эксперименте микромассивов

Создайте и управляйте контейнерами MATLAB®, спроектированными для того, чтобы хранить данные из эксперимента микромассивов.

Открыть скрипт

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка