Предварительная обработка

Подготовьте необработанные данные микромассивов к анализу с помощью фоновой корректировки, нормализации и фильтрации выражения; обширная предварительная обработка Affymetrix® и данных Illumina®. Получите тестовые аннотации из файлов библиотеки

Функции

affyrmaВыполните процедуру Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA) на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов
affygcrmaВыполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) процедура на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов
affyinvarsetnormВыполните нормализацию набора инварианта ранга на тестовой интенсивности от нескольких Affymetrix CEL или Dat-файлы
affyprobeaffinitiesВычислите сродство зонда Affymetrix из их последовательностей и интенсивности зонда MM
affysnpintensitysplitРазделите информацию об интенсивности зонда SNP Affymetrix для аллелей A и B
affysnpquartetsСоставьте таблицу результатов четырехразрядного байта зонда SNP для набора зонда Affymetrix
probesetvaluesСоставьте таблицу зонда Affymetrix установленные значения интенсивности
probesetlookupИщите информацию для набора зонда Affymetrix
probesetplotПостройте зонд Affymetrix установленные значения интенсивности
probesetlinkОтобразите тестовую информацию о наборе на веб-сайте NetAffx
probelibraryinfoСоставьте таблицу тестовой информации о библиотеке набора
rmabackadjВыполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью процедуры Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA)
rmasummaryВычислите значения экспрессии гена из данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью процедуры Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA)
gcrmaВыполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка, нормализация квантиля и резюмирование средней полировки на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов
gcrmabackadjВыполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью информации о последовательности
zonebackadjВыполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью зонального метода
manormНормируйте микроданные массива
quantilenormНормализация квантиля по нескольким массивам
mainvarsetnormВыполните нормализацию набора инварианта ранга на значениях экспрессии гена от двух экспериментальных условий или фенотипов
malowessСглаженное использование микроданных массива метод Lowess
exprprofrangeВычислите область значений профилей экспрессии гена
exprprofvarВычислите отклонение профилей экспрессии гена
geneentropyfilterУдалите гены с низкими энтропийными значениями выражения
genelowvalfilterУдалите генные профили с низкими абсолютными значениями
generangefilterУдалите генные профили с маленькими областями значений профиля
genevarfilterОтфильтруйте гены с небольшим отклонением профиля
maimageПространственное изображение для микроданных массива
microplateplotОтобразите визуализацию пластины микротитра
ilmnbslookupИщите цель Illumina BeadStudio (тестовая) последовательность и информация об аннотации
magetfieldИзвлеките данные из микроструктуры массива

Рекомендуемые примеры

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте