bowtie2inspect

Смотрите Галстук-бабочку 2 индексных файла

Описание

пример

bowtie2inspect(indexBaseName,outputFileName) смотрит индексные файлы Bowtie2 с префиксным indexBaseName, проверяет последовательности исходной ссылки, используемые, чтобы создать индекс, и сохраняет ссылочные последовательности в выходном файле outputFileName.

bowtie2inspect требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

bowtie2inspect поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

bowtie2inspect(___,inspectOptions) использует дополнительные опции, заданные inspectOptions. Задайте опции после всех других входных параметров.

пример

flag = bowtie2inspect(___) возвращает выход flag из функции с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Получите информацию о ссылочной последовательности, используемой, чтобы создать соответствующие индексные файлы при помощи bowtie2inspect. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию, выходной файл Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, используемой, чтобы создать индекс.

Можно также получить итоговую информацию о ссылочном имени и длинах вместо фактической последовательности.

Создайте объект опций.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Установите Summary свойство к true.

inspectOpt.Summary = true;

Запустите функцию снова с помощью заданной опции.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary.fa',inspectOpt);

Если контроль индекса успешен, функция возвращает 0, и выходной файл теперь содержит итоговую информацию ссылочной последовательности.

В качестве альтернативы можно передать в Галстуке-бабочке 2 строки синтаксиса вместо того, чтобы использовать объект опции.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary2.fa','-s');

Входные параметры

свернуть все

Базовое имя (префикс) файлов справочного указателя в виде вектора символов или строки. Индексные файлы находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имя выходного файла в виде строки или вектора символов. По умолчанию выходной файл содержит ссылочные последовательности, которые используются, чтобы создать индексные файлы.

Пример: 'refSeq.fa'

Типы данных: char | string

Опции, чтобы смотреть индексные файлы в виде вектора символов, строки или Bowtie2InspectOptions объект. Вектор символов или строка должны быть в Галстуке-бабочке 2 синтаксисами опции (снабженный префиксом одним или двумя тире) [1].

Для Bowtie2InspectOptions объект, только модифицированные свойства используются, чтобы запустить функцию.

Пример: '--trim5 10 -s 5'

Выходные аргументы

свернуть все

Статус выхода функции, возвращенной как целое число. flag 0 если функция запускается без ошибок или предупреждения. В противном случае это является ненулевым.

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Введенный в R2018a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте