Содержите опции, чтобы создать Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей
Bowtie2BuildOptions
объект содержит опции, чтобы запуститься bowtie2build
функция, которая создает Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей.
создает buildOptions
= Bowtie2BuildOptionsBowtie2BuildOptions
объект со значениями свойств по умолчанию.
Bowtie2BuildOptions
требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.
Примечание
Bowtie2BuildOptions
поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
свойства наборов с помощью одной или нескольких пар "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, buildOptions
= Bowtie2BuildOptions(Name,Value)buildOptions = Bowtie2BuildOptions('ForceLargeIndex',true)
задает, чтобы обеспечить создание большого индекса, даже если ссылка меньше 4 миллиардов нуклеотидов долго.
getBowtie2Command | Переведите свойства объектов в Галстук-бабочку 2 опции |
getBowtie2Table | Получите таблицу со свойствами объектов и эквивалентным Галстуком-бабочкой 2 опции |
run | Создайте Галстук-бабочку 2 индексных файла |
[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.
bowtie2
| Bowtie2AlignOptions
| bowtie2build
| bowtie2inspect
| Bowtie2InspectOptions