bowtie2

Сопоставьте чтения последовательности со ссылочной последовательностью

Описание

пример

bowtie2(indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName) сопоставляет чтения секвенирования от reads1 и reads2 против ссылочной последовательности и записей результаты к выходному файлу outputFileName. Вход indexBaseName представляет базовое имя (префикс) файлов справочного указателя.

bowtie2 требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

bowtie2 поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

bowtie2(___,alignOptions) использует дополнительные опции, заданные alignOptions. Задайте эти опции после всех других входных параметров.

пример

flag = bowtie2(___) возвращает выход flag из функции с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже предоставлен тулбокс.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если сборка индекса успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Иногда индексные файлы существуют, и вы хотите знать, что ссылочная последовательность раньше создавала индекс. В этом случае используйте bowtie2inspect функция, чтобы получить больше информации о ссылке.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию, выходной файл Dmel_chr4_retrieved.fa содержит последовательность ссылки. Можно также получить итоговую информацию о ссылочном имени и длинах вместо фактической последовательности. Для получения дополнительной информации на доступных параметрах, смотрите Bowtie2InspectOptions.

Если индекс готов, сопоставьте последовательности чтения со ссылкой с помощью bowtie2 функция. Парный конец считал файлы (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже предоставлены тулбокс.

bowtie2('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam');

Выход является SAM-отформатированным файлом, который содержит результаты отображения.

Можно задать различные опции выравнивания путем передачи в Галстуке-бабочке 2 строк синтаксиса или использования Bowtie2AlignOptions объект.

Предположим, что вы хотите обрезать некоторые остатки от 3' закончите перед выравниванием. Во-первых, создайте Bowtie2AlignOptions объект.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Обрежьте четыре остатка от 3' закончите перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;

Сопоставьте чтения со ссылкой с помощью заданной опции выравнивания.

flag = bowtie2('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_trimmed.sam',alignOpt);

Входные параметры

свернуть все

Базовое имя (префикс) файлов справочного указателя в виде вектора символов или строки. Индексные файлы находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имена файлов с первыми чтениями помощника или одно концом читают в виде вектора символов или строки.

Для данных парного конца, последовательностей в reads1 должен соответствовать файл для файла и чтение для чтения к последовательностям в reads2.

Пример: 'SRR6008575_10k_1.fq'

Типы данных: char | string

Имена файлов со вторым помощником читают в виде вектора символов или строки.

Задайте reads2 как пустой символьный вектор или строка ('' или "") если данные состоят из чтений одно конца только.

Пример: 'SRR6008575_10k_2.fq'

Типы данных: char | string

Имя выходного файла в виде вектора символов или строки. Этот файл содержит результаты отображения.

Пример: 'SRR6008575_10k_chr4.sam'

Типы данных: char | string

Опции выравнивания в виде вектора символов, строки или Bowtie2AlignOptions объект. Вектор символов или строка должны быть в Галстуке-бабочке 2 синтаксисами опции (снабженный префиксом одним или двумя тире) [1].

Для Bowtie2AlignOptions объект, только модифицированные свойства используются, чтобы запустить функцию.

Пример: '--trim5 10 -s 5'

Выходные аргументы

свернуть все

Статус выхода функции, возвращенной как целое число. flag 0 если функция запускается без ошибок или предупреждения. В противном случае это является ненулевым.

Ссылки

[1] Langmead, Бен и Стивен Л Залцберг. “Быстро Содержащий разрывы считанное Выравнивание с Галстуком-бабочкой 2”. Методы природы 9, № 4 (апрель 2012): 357–59. https://doi.org/10.1038/nmeth.1923.

Введенный в R2018a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте