Содержите опции, чтобы смотреть Галстук-бабочку 2 индексных файла
Bowtie2InspectOptions
объект содержит опции, чтобы запуститься bowtie2inspect
функция, которая смотрит Галстук-бабочку 2 индексных файла.
создает inspectOptions
= Bowtie2InspectOptionsBowtie2InspectOptions
объект со значениями свойств по умолчанию.
Bowtie2InspectOptions
требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.
Примечание
Bowtie2InspectOptions
поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
свойства наборов с помощью одной или нескольких пар "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, inspectOptions
= Bowtie2InspectOptions(Name,Value)inspectOptions = Bowtie2InspectOptions('Summary',true)
задает, чтобы возвратить сводные данные содержимого индекса вместо ссылочных последовательностей.
getBowtie2Command | Переведите свойства объектов в Галстук-бабочку 2 опции |
getBowtie2Table | Получите таблицу со свойствами объектов и эквивалентным Галстуком-бабочкой 2 опции |
run | Смотрите Галстук-бабочку 2 индексных файла |
[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.
bowtie2
| Bowtie2AlignOptions
| bowtie2build
| Bowtie2BuildOptions
| bowtie2inspect