bowtie2build

Создайте Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей

Описание

пример

bowtie2build(referenceFileNames,indexBaseName) сборки индексные файлы Bowtie2 от ссылочной информации о последовательности, сохраненной в файлах FASTA, заданы referenceFileNames.

bowtie2build требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

bowtie2build поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

bowtie2build(___,buildOptions) использует дополнительные опции, заданные buildOptions. Задайте эти опции после всех других входных параметров.

пример

flag = bowtie2build(___) возвращает выход flag из функции с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже предоставлен тулбокс.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если сборка индекса успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Можно задать различные варианты при помощи Bowtie2BuildOptions возразите или путем передачи в Галстуке-бабочке 2 строк синтаксиса. Например, можно задать, обеспечить ли создание большого индекса, даже если ссылка меньше четырех миллиардов нуклеотидов долго можно следующим образом.

buildOpt = Bowtie2BuildOptions;

Установите ForceLargeIndex опция к истине.

buildOpt.ForceLargeIndex = true;

Создайте индексные файлы с помощью заданной опции.

bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large',buildOpt);

В качестве альтернативы можно передать в Галстуке-бабочке 2 строки синтаксиса.

flag = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large2','--large-index');

Входные параметры

свернуть все

Имена файлов со ссылочной информацией о последовательности в виде строки, вектора символов, массива строк или массива ячеек из символьных векторов.

Пример: 'Dmel_chr4.fa'

Типы данных: char | string | cell

Базовое имя (префикс) файлов справочного указателя в виде вектора символов или строки. Индексные файлы находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Опции, чтобы создать индексные файлы в виде вектора символов, строки или Bowtie2BuildOptions объект. Вектор символов или строка должны быть в Галстуке-бабочке 2 синтаксисами опции (снабженный префиксом одним или двумя тире) [1].

Для Bowtie2BuildOptions объект, только модифицированные свойства используются, чтобы запустить функцию.

Пример: '--trim5 10 -s 5'

Выходные аргументы

свернуть все

Статус выхода функции, возвращенной как целое число. flag 0 если функция запускается без ошибок или предупреждения. В противном случае это является ненулевым.

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Введенный в R2018a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте