seqalignviewer

Визуализируйте и отредактируйте несколько выравнивание последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

seqalignviewer
seqalignviewer(Alignment)
seqalignviewer(Alignment,Name,Value)

Описание

пример

seqalignviewer открывает приложение Sequence Alignment, где можно отобразить и в интерактивном режиме настроить несколько выравниваний последовательности.

seqalignviewer(Alignment) загружает группу, ранее умножают выровненные последовательности в приложение, где можно просмотреть и в интерактивном режиме настроить выравнивание.

seqalignviewer(Alignment,Name,Value) открывает приложение с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Совет

Если разрывы доступны после того, как вы выбрали блок из выровненных последовательностей, то существует три области, которые можно перетащить и переместить горизонтально:

  • Выбранный блок

  • Блокируйтесь слева от выбора

  • Блокируйтесь справа от выбора

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Загрузите и просмотрите файл выравнивания последовательности кратного.

seqalignviewer('aagag.aln')

Figure Biological Sequence Alignment - 1 contains 3 axes and other objects of type uipanel, uitoolbar, uimenu. Axes 1 contains 2 objects of type text, patch. Axes 2 contains 5 objects of type image, text, patch. Axes 3 contains 6 objects of type image, patch, text.

В качестве альтернативы можно нажать Sequence Alignment на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть данные о выравнивании.

Можно также сгенерировать филогенетическое дерево от выровненных последовательностей из приложения. Выберите Display> View Tree.

Входные параметры

свернуть все

Данные о нескольких упорядочивают выравнивание (MSA) в виде:

  • Структура MATLAB®, содержащая Sequence поле, такой, как возвращено fastaread, gethmmalignment, multialign, или multialignread

  • Символьный массив или вектор-столбец данных о MSA строк, содержащих, такой, как возвращено multialign

  • Вектор символов, задающий файл или URL, содержащий данные о MSA

  • 3 N символьным массивом, показывающим попарное выравнивание двух последовательностей, такой, как возвращено nwalign или swalign.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' указывает, что выровненные последовательности являются последовательностями аминокислот.

Тип выровненных последовательностей в виде 'AA' для последовательностей аминокислот или 'NT' для последовательностей нуклеотида. Если вы не задаете тип, seqalignviewer попытки определить правильный тип. Если это не может, это принять значение по умолчанию к 'AA'.

Пример: 'Alphabet','AA'

Список имен, чтобы пометить последовательности в окне выравнивания в виде массива MATLAB структур, содержащих Header или Name поле, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки. Число элементов в любом массиве должно совпасть с количеством последовательностей в данных о выравнивании Alignment.

Пример: 'SeqHeaders',names

Вопросы совместимости

развернуть все

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Смотрите также

| | | | | | | |

Темы

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте