Считайте несколько файл выравнивания последовательности
S
= multialignread(File
)
[Headers
, Sequences
]
= multialignread(File
)
... = multialignread(File
,
'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue
)
... = multialignread(File
,
'TimeOut', TimeOutValue
)
File | Несколько упорядочивают файл выравнивания, заданный одним из следующего:
Можно считать типы файлов выравнивания последовательности общего множителя, такие как ClustalW ( |
IgnoreGapsValue | Средства управления, удаляющие символы разрыва, такие как '-' или '.' , от последовательностей. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
S | Массив структур MATLAB, содержащий следующие поля:
|
Headers | Массив ячеек, содержащий информацию о заголовке из файла. |
Sequences | Массив ячеек, содержащий аминокислоту или последовательности нуклеотида. |
файл выравнивания последовательности кратного чтений. Файл содержит несколько линий последовательности, которые запускаются с заголовка последовательности, сопровождаемого дополнительным номером (не используемый S
= multialignread(File
)multialignread
) и раздел последовательности. Несколько последовательностей повреждаются в блоки с тем же количеством блоков для каждой последовательности. Чтобы просмотреть пример, несколько упорядочивают файл выравнивания, вводят open aagag.aln
в командной строке MATLAB.
Выход, S
, массив структур где
содержит информацию о заголовке и S
.Header
содержит последовательности нуклеотида или аминокислота.S
.Sequence
[
читает файл в отдельные переменные, Headers
, Sequences
]
= multialignread(File
)Headers
и Sequences
, которые являются массивами ячеек, содержащими информацию о заголовке и аминокислоту или последовательности нуклеотида, соответственно.
... = multialignread(
управляет удалением любого символа разрыва, такого как File
,
'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue
)'-'
или '.'
, от последовательностей. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
... = multialignread(
устанавливает тайм-аут связи (в секундах) считывать данные из удаленного файла или URL.File
,
'TimeOut', TimeOutValue
)
Считайте выравнивание последовательности кратного полибелка затычки для нескольких деформаций HIV.
gagaa = multialignread('aagag.aln') gagaa = 1x16 struct array with fields: Header Sequence
fastaread
| gethmmalignment
| multialign
| multialignwrite
| seqalignviewer
| seqconsensus
| seqdisp
| seqprofile