Класс: GFFAnnotation
Возвратите массив индекса аннотаций от GFFAnnotation
объект
Idx = getIndex(AnnotObj)
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)
Idx = getIndex(___,Name,Value)
возвращает массив индекса Idx
= getIndex(AnnotObj
)Idx
, массив целых чисел, содержащих индекс каждой аннотации в AnnotObj
.
возвращает массив индекса Idx
= getIndex(AnnotObj
,StartPos
,EndPos
)Idx
для подмножества элементов, которое находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos
и EndPos
.
возвращает массив индекса Idx
= getIndex(___,Name,Value
)Idx
, использование любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value
парные аргументы.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в |
|
Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы включать ее индекс в
Значение по умолчанию: |
|
Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в |
Создайте a GFFAnnotation
объект с помощью GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');
Извлеките индексы аннотаций или функций положений 10 000 - 20 000 от ссылочной последовательности.
Idx = getIndex(GFFAnnotObj,10000,20000) Idx = 61 62 63 64 65 66 67 68 69
getData (GFFAnnotation)
| getFeatureNames (GFFAnnotation)
| getIndex (GFFAnnotation)
| getRange (GFFAnnotation)
| getReferenceNames (GFFAnnotation)
| getSubset (GFFAnnotation)
| GFFAnnotation
| GTFAnnotation