getSubset

Получите подмножество элементов от GFFAnnotation объект

Синтаксис

NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos) NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset) NewObj = getSubset(___,Name,Value)

Описание

NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов от AnnotObj это находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos и EndPos.

NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset) возвращает NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов, задан Subset, вектор из целых чисел.

NewObj = getSubset(___,Name,Value) возвращает NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов от AnnotObj, использование любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Входные параметры

`AnnotObj`	Объект `GFFAnnotation` класс.
`StartPos`	Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `StartPos` должно быть меньше чем или равно `EndPos`.
`EndPos`	Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целочисленный `EndPos` должен быть больше или быть равен `StartPos`.
`Subset`	Вектор из положительных равных целых чисел или меньше, чем количество записей в объекте. Используйте векторный `Subset` получать любой элемент или подмножество объекта.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

'Reference'

Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в AnnotObj. Только аннотации, поле ссылки которых совпадает с одним из векторов символов, включены в NewObj.

'Feature'

Вектор символов или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в AnnotObj. Только аннотации, поле функции которых совпадает с одним из векторов символов, включены в NewObj.

'Overlap'

Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в NewObj. Это значение может быть любым следующим:

Положительное целое число
'full' — Аннотация должна полностью содержаться в области значений, которая будет включена.
'start' — Положение запуска аннотации должно лечь в области значений, которая будет включена.

Значение по умолчанию: 1

Выходные аргументы

NewObj

Объект GFFAnnotation класс.

Примеры

Пример 27. Создайте подмножество данных, содержащих только функции белка из GFF-отформатированного файла

Создайте a GFFAnnotation объект с помощью GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');

Создайте подмножество данных, содержащих только функции белка.

subsetGFF1 = getSubset(GFFAnnotObj,'Feature','protein')

subsetGFF1 = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {1x9 cell}
    NumEntries: 200

Пример 28. Получите подмножества данных из объекта GFFAnnotation

Создайте a GFFAnnotation объект с помощью GFF-отформатированного файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox.

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');

Получите подмножество данных сначала к пятым элементам GFFAnnotObj.

subsetGFF2 = getSubset(GFFAnnotObj,[1:5])

subsetGFF2 = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {1x9 cell}
    NumEntries: 5

Получите только первые, пятые и восьмые элементы GFFAnnotObj.

subsetGFF3 = getSubset(GFFAnnotObj,[1 5 8])

subsetGFF3 = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {1x9 cell}
    NumEntries: 3

Советы

getSubset метод выбирает аннотации из диапазона, указанного StartPos и EndPos для всех ссылочных последовательностей в AnnotObj если вы не используете Reference аргумент пары "имя-значение", чтобы ограничить ссылочные последовательности.
После создания объекта из подмножества можно получить доступ к количеству записей, области значений ссылочной последовательности, охваченной аннотациями, именами полей и ссылочными именами. Чтобы получить доступ к значениям всех полей, создайте структуру данных с помощью getData метод.

Темы

Сохраните и управляйте аннотациями функции в объектах

Внешние веб-сайты

GFF (Общий Формат Функции) технические требования

Документация