Exponenta Banner

getnewickstr (phytree)

Создайте Newick-отформатированный вектор символов

Синтаксис

nwk = getnewickstr(Tree)
getnewickstr(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue)
getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue)

Аргументы

TreeОбъект Phytree создается с функцией phytree.
DistancesValueСвойство управлять включая или, исключая расстояния в выходе. Введите любой true (включайте расстояния), или false (исключите расстояния). Значением по умолчанию является true.
BranchNamesValueСвойство управлять включая или, исключая ветвь называет в выходе. Введите любой true (включайте имена ветви), или false (исключите имена ветви). Значением по умолчанию является false.

Описание

nwk = getnewickstr(Tree) возвращает Newick-отформатированный вектор символов филогенетического древовидного объекта (Tree).

getnewickstr(..., 'PropertyName', PropertyValue,...) задает дополнительные свойства с помощью имени свойства / пары значения.

getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue), когда DistancesValue false, исключает расстояния от выхода.

getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue), когда BranchNamesValue true, включает имена ветви в выход.

Примеры

  1. Создайте некоторые случайные последовательности.

    seqs = int2nt(ceil(rand(10)*4));

  2. Вычислите попарные расстояния.

    dist = seqpdist(seqs,'alpha','nt');

  3. Создайте филогенетическое дерево.

    tree = seqlinkage(dist);

  4. Получите Newick-отформатированный вектор символов.

    nwk  = getnewickstr(tree)

Ссылки

Информация о формате дерева Newick. 

https://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html

Смотрите также

| | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка