Создайте Newick-отформатированный вектор символов
nwk
= getnewickstr(Tree
)
getnewickstr(..., 'PropertyName
', PropertyValue
,...)
getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue
)
getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue
)
Tree | Объект Phytree создается с функцией phytree . |
DistancesValue | Свойство управлять включая или, исключая расстояния в выходе. Введите любой true (включайте расстояния), или false (исключите расстояния). Значением по умолчанию является true . |
BranchNamesValue | Свойство управлять включая или, исключая ветвь называет в выходе. Введите любой true (включайте имена ветви), или false (исключите имена ветви). Значением по умолчанию является false . |
возвращает Newick-отформатированный вектор символов филогенетического древовидного объекта (nwk
= getnewickstr(Tree
)Tree
).
getnewickstr(..., '
задает дополнительные свойства с помощью имени свойства / пары значения.PropertyName
', PropertyValue
,...)
getnewickstr(..., 'Distances',
, когда DistancesValue
)DistancesValue
false
, исключает расстояния от выхода.
getnewickstr(..., 'BranchNames',
, когда BranchNamesValue
)BranchNamesValue
true
, включает имена ветви в выход.
Создайте некоторые случайные последовательности.
seqs = int2nt(ceil(rand(10)*4));
Вычислите попарные расстояния.
dist = seqpdist(seqs,'alpha','nt');
Создайте филогенетическое дерево.
tree = seqlinkage(dist);
Получите Newick-отформатированный вектор символов.
nwk = getnewickstr(tree)
Информация о формате дерева Newick.
get
| getbyname
| getcanonical
| phytree
| phytreeread
| phytreeviewer
| phytreewrite
| seqlinkage