Постройте набор пиковых списков от набора данных GC/MS или LC/MS
msdotplot(
Peaklist
, Times
)
msdotplot(FigHandle
, Peaklist
, Times
)
msdotplot(..., 'Quantile', QuantileValue
)
PlotHandle
= msdotplot(...)
Peaklist | Массив ячеек пиковых списков, где каждым элементом является матрица 2D столбца с m/z значениями в первом столбце и ионными значениями интенсивности во втором столбце. Каждый элемент соответствует время задержания или спектру. Совет Можно использовать |
Times | Вектор времен задержания сопоставлен с набором данных GC/MS или LC/MS. Число элементов в Times равняется числу элементов в массиве ячеек Peaklist .Совет Можно использовать |
FigHandle | Обработайте к создать Окну фигуры такой как один созданный msheatmap функция. |
QuantileValue | Значение, которое задает процент. Когда peaks оценивается интенсивностью, только те, которые ставят выше этого процента, построены. Выбором является любое значение ≥ 0 и ≤ 1 . Значением по умолчанию является 0 . Например, установка QuantileValue = 0 графики весь peaks и установка QuantileValue = 0.8 графики только 20%-й самый интенсивный peaks. |
PlotHandle | Обработайте к серийному объекту линии (график фигуры). |
msdotplot(
строит набор пиковых списков от жидкостной хроматографии / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных, представленный Peaklist
, Times
)Peaklist
, массив ячеек пиковых списков, где каждым элементом является матрица 2D столбца с m/z значениями в первом столбце и ионными значениями интенсивности во втором столбце и Times
, вектор времен задержания сопоставлен со спектрами. Peaklist
и Times
имейте то же число элементов. Данные отображены на графике в любую существующую фигуру, сгенерированную msheatmap
функция; в противном случае данные отображены на графике в новое Окно рисунка.
msdotplot(
строит набор пиковых списков в оси, содержавшиеся в создать Окне фигуры с указателем FigHandle
, Peaklist
, Times
)FigHandle
.
Совет
Этот синтаксис полезен, чтобы наложить точечную диаграмму сверху карты тепла данных о масс-спектрометрии, созданных с msheatmap
функция.
msdotplot(..., 'Quantile',
графики только самый интенсивный peaks, в частности те в проценте выше заданного QuantileValue
)QuantileValue
. Выбором является любое значение ≥ 0
и ≤ 1
. Значением по умолчанию является 0
. Например, установка QuantileValue
= 0 графики весь peaks и установка
QuantileValue
= 0.8 графики только 20%-й самый интенсивный peaks.
возвращает указатель на серийный объект линии (график фигуры). Можно использовать этот указатель в качестве входа к PlotHandle
= msdotplot(...)get
функционируйте, чтобы отобразить список свойств графика. Можно использовать этот указатель в качестве входа к set
функционируйте, чтобы изменить свойства графика, включая показ и сокрытие точек.
Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит переменные данных LC/MS, включая peaks
и ret_time
peaks
массив ячеек пиковых списков, где каждым элементом является матрица 2D столбца m/z значений и ионных значений интенсивности, и каждый элемент соответствует время задержания или спектру. ret_time
вектор-столбец времен задержания, сопоставленных с набором данных LC/MS.
load lcmsdata
Создайте точечную диаграмму только с 5%-м самым интенсивным peaks.
msdotplot(ms_peaks,ret_time,'Quantile',0.95)
Передискретизируйте данные, затем создайте карту тепла данных LC/MS.
[MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000); msheatmap(MZ,ret_time,log(Y))
Наложите точечную диаграмму на карте тепла, и затем увеличьте масштаб, чтобы видеть деталь.
msdotplot(ms_peaks,ret_time) axis([480 532 375 485])
msalign
| msbackadj
| msdotplot
| msheatmap
| mslowess
| msnorm
| mspalign
| mspeaks
| msppresample
| msresample
| mssgolay
| msviewer