Сглаживание сигнала с пиками с помощью непараметрического метода
Yout
= mslowess(X
, Intensities
)
mslowess(..., 'Order', OrderValue
,
...)
mslowess(..., 'Span', SpanValue
,
...)
mslowess(..., 'Kernel', KernelValue
,
...)
mslowess(..., 'RobustIterations', RobustIterationsValue
,
...)
mslowess(..., 'ShowPlot', ShowPlotValue
,
...)
X | Вектор из разделительных стоимостей единицы для набора сигналов с peaks. Число элементов в векторе равняется количеству строк в матричном Intensities . Разделительный модуль может определить количество длины волны, частоты, расстояния, время или m/z в зависимости от инструмента, который генерирует данные сигнала. |
Intensities | Матрица значений интенсивности для набора peaks, который совместно использует ту же область значений разделительного модуля. Каждая строка соответствует разделительной стоимости единицы, и каждый столбец соответствует или набору сигналов с peaks или время задержания. Количество строк равняется числу элементов в векторном X . |
Совет
Используйте следующие синтаксисы с данными из любого разделительного метода, который производит данные сигнала, такие как спектроскопия, NMR, электрофорез, хроматография или масс-спектрометрия.
сглаживает необработанные данные о сигнале с шумом, Yout
= mslowess(X
, Intensities
)Intensities
, использование локально взвешенной линейной регрессии (Lowess) метод с промежутком по умолчанию 10
выборки.
Примечание
mslowess
принимает входной вектор, X
, мог не однородно расположить разделительные модули с интервалами. Поэтому раздвижное окно для сглаживания сосредоточено с помощью самых близких выборок в терминах X
значение а не в терминах X
индекс.
Примечание
Когда входной вектор, X
, не имеет повторенных значений или значений NaN, алгоритм приблизительно вдвое более быстр.
mslowess (
вызовы X
, Intensities
PropertyName
', PropertyValue
, ...)mslowess
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
mslowess(..., 'Order',
задает порядок (OrderValue
,
...)
) из более сглаженного Lowess. Введите OrderValue
1
(линейная аппроксимация полиномом или Lowess), 2
(квадратичная аппроксимация полиномом или Лесс), или 0
(эквивалентный взвешенному локальному среднему средству оценки и по-видимому быстрее, потому что только средний расчет выполняется вместо регрессии наименьших квадратов). Значением по умолчанию является 1
.
Примечание
Программное обеспечение Curve Fitting Toolbox™ также отсылает к сглаживанию Lowess порядка 2
как сглаживание Лесса.
mslowess(..., 'Span',
задает размер окна для ядра сглаживания. Если SpanValue
,
...)
больше SpanValue
1
, окно равно SpanValue
количество выборок, независимых от разделительного единичного вектора, X
. Значением по умолчанию является 10
выборки. Более высокие значения будут сглаживать сигнал больше за счет времени вычисления. Если SpanValue
меньше 1
, размер окна взят, чтобы быть частью числа точек в данных. Например, когда SpanValue
0.005
, размер окна равен 0.50
% из числа точек в X
.
mslowess(..., 'Kernel',
выбирает функцию, заданную KernelValue
,
...)KernelValue
для взвешивания наблюдаемой интенсивности. Выборки близко к сглаживавшему местоположению разделительного модуля имеют большую часть веса в определении оценки. KernelValue
может быть любой из следующих векторов символов (или строки):
'tricubic'
(значение по умолчанию) — (1 - (dist/dmax).^3).^3
'gaussian'
— exp(-(2*dist/dmax).^2)
'linear'
— 1-dist/dmax
mslowess(..., 'RobustIterations',
задает количество итераций (RobustIterationsValue
,
...)
) для устойчивой подгонки. Если RobustValue
RobustIterationsValue
0
(значение по умолчанию), никакая устойчивая подгонка не выполняется. Для устойчивого сглаживания маленькие остаточные значения в каждом промежутке перевешиваются, чтобы улучшить новую оценку. 1
или 2
устойчивые итерации обычно соответствуют, в то время как большие значения могут быть в вычислительном отношении дорогими.
Примечание
Для X
вектор, который однородно расположил с интервалами разделительные модули, неустойчивое сглаживание с OrderValue
равняйтесь 0
эквивалентно фильтрации сигнала с вектором ядра.
mslowess(..., 'ShowPlot',
строит сглаживавший сигнал по исходному сигналу. Когда вы вызываете ShowPlotValue
,
...)mslowess
без выходных аргументов сигналы построены если ShowPlotValue
false
. Когда ShowPlotValue
true
, только первый сигнал в Intensities
построен. ShowPlotValue
может также содержать индекс к одному из сигналов в Intensities
.
Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит некоторые выборочные данные.
load sample_lo_res
Сглаживайте спектры и чертите фигуру первого спектра с исходными и сглаживавшими сигналами.
YS = mslowess(MZ_lo_res,Y_lo_res,'Showplot',true);
Увеличьте масштаб области фигуры, чтобы видеть различие в исходных и сглаживавших сигналах.
axis([7350 7550 0.1 1.0])
msalign
| msbackadj
| msdotplot
| msheatmap
| mslowess
| msnorm
| mspalign
| mspeaks
| msppresample
| msresample
| mssgolay
| msviewer