Exponenta Banner

msheatmap

Создайте псевдоцветное изображение набора массовых спектров

Синтаксис

msheatmap(MZ, Intensities)
msheatmap(MZ, Times, Intensities)
msheatmap(..., 'Midpoint', MidpointValue, ...)
msheatmap(..., 'Range', RangeValue, ...)
msheatmap(..., 'Markers', MarkersValue, ...)
msheatmap(..., 'SpecIdx', SpecIdxValue, ...)
msheatmap(..., 'Group', GroupValue, ...)
msheatmap(..., 'Resolution', ResolutionValue, ...)

Аргументы

MZВектор-столбец общей массы/заряда (m/z) значения для набора спектров. Число элементов в векторе равняется количеству строк в матричном Intensities.

Примечание

Можно использовать msppresample функция, чтобы создать MZ вектор.

TimesВектор-столбец времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. Число элементов в векторе равняется количеству столбцов в матричном Intensities. Времена задержания используются, чтобы маркировать y- ось карты тепла.

Совет

Можно использовать mzxml2peaks функция, чтобы создать Times вектор.

Intensities Матрица значений интенсивности для набора массовых спектров, которые совместно используют ту же область значений m/z. Каждая строка соответствует m/z значению, и каждый столбец соответствует время задержания или спектру. Количество строк равняется числу элементов в векторном MZ. Количество столбцов равняется числу элементов в векторном Times.

Примечание

Можно использовать msppresample функция, чтобы создать Intensities матрица.

MidpointValueЗначение, задающее квантиль ионных значений интенсивности, чтобы упасть ниже средней точки палитры, означая, они не представляют peaks. msheatmap использует пользовательскую палитру, где холодные цвета представляют непиковые области, белый представляет среднюю точку, и теплые цвета представляют peaks. Выбором является любое значение ≥ 0 и ≤ 1. Значение по умолчанию:

  • 0.99 — Для LC/MS или данных GC/MS или когда вход T обеспечивается. Это означает, что 1% пикселей является теплыми цветами и представляет peaks.

  • 0.95 — Для non-LC/MS или non-GC/MS данных или когда вход T не обеспечивается. Это означает, что 5% пикселей являются теплыми цветами и представляют peaks.

Совет

Можно также изменить среднюю точку в интерактивном режиме после создания карты тепла путем щелчка правой кнопкой по цветной полосе, выбора Interactive Colormap Shift, и затем перетаскивания нажатия кнопки курсор вертикально на цветной полосе. Этот метод полезен при сравнении нескольких карт тепла.

RangeValueВектор 1 на 2, указывающий m/z диапазон для x- ось карты тепла. RangeValue должен быть в [min (MZ) макс. (MZ)]. Значением по умолчанию является полный спектр [min (MZ) макс. (MZ)].
MarkersValueВектор из m/z значений, чтобы отметить на главной горизонтальной оси карты тепла. Значением по умолчанию является [].
SpecIdxValue

Любое из следующего:

  • Вектор из значений с тем же числом элементов как столбцы (спектры) в матричном Intensities.

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки с тем же числом элементов как столбцы (спектры) в матричном Intensities.

Каждое значение или вектор символов или строка задают метку для соответствующего спектра. Эти значения или векторы символов или строки используются, чтобы маркировать y- ось карты тепла.

Примечание

Если вход Times обеспечивается, это принято тот Intensities содержит LC/MS или данные GC/MS и SpecIdxValue проигнорирован.

GroupValueЛюбое из следующего:

  • Вектор из значений с тем же числом элементов как строки в матричном Intensities

  • Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки с тем же числом элементов как строки (спектры) в матричном Intensities

Каждое значение, вектор символов или строка задают группу, которой принадлежит соответствующий спектр. Спектры отсортированы и объединены в группы вдоль y- ось в карте тепла.

Примечание

Если вход Times обеспечивается, это принято тот Intensities содержит LC/MS или данные GC/MS и GroupValue проигнорирован.

ResolutionValueЗначение, задающее горизонтальное разрешение тепла, сопоставляет изображение. Увеличьте это значение, чтобы улучшить детали. Уменьшите это значение, чтобы уменьшать использование памяти. Значение по умолчанию:

  • 0.5 — Когда MZ содержит> 2 500 элементов.

  • 0.05 — Когда MZ содержит <= 2 500 элементов.

Описание

msheatmap(MZ, Intensities) отображает изображение карты тепла псевдоцвета интенсивности для спектров в матричном Intensities.

msheatmap(MZ, Times, Intensities) отображает изображение карты тепла псевдоцвета интенсивности для спектров в матричном Intensities, использование времен задержания в векторном Times маркировать yось.

msheatmap (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы msheatmap с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

msheatmap(..., 'Midpoint', MidpointValue, ...) задает квантиль ионных значений интенсивности, чтобы упасть ниже средней точки палитры, означая, что они не представляют peaks. msheatmap использует пользовательскую палитру, где холодные цвета представляют непиковые области, белый представляет среднюю точку, и теплые цвета представляют peaks. Выбором является любое значение между 0 и 1. Значение по умолчанию:

  • 0.99 — Для LC/MS или данных GC/MS или когда вход T обеспечивается. Это означает, что 1% пикселей является теплыми цветами и представляет peaks.

  • 0.95 — Для non-LC/MS или non-GC/MS данных или когда вход T не обеспечивается. Это означает, что 5% пикселей являются теплыми цветами и представляют peaks.

Совет

Можно также изменить среднюю точку в интерактивном режиме после создания карты тепла путем щелчка правой кнопкой по цветной полосе, выбора Interactive Colormap Shift, затем перетаскивание нажатия кнопки курсор вертикально на цветной полосе. Этот метод полезен при сравнении нескольких карт тепла.

msheatmap(..., 'Range', RangeValue, ...) указывает m/z диапазон для x- ось карты тепла. RangeValue вектор 1 на 2, который должен быть в [min (MZ) макс. (MZ)]. Значением по умолчанию является полный спектр [min (MZ) макс. (MZ)].

msheatmap(..., 'Markers', MarkersValue, ...) маркеры мест вдоль главной горизонтальной оси тепла сопоставляют для m/z значений, заданных в векторном MarkersValue. Значением по умолчанию является [].

msheatmap(..., 'SpecIdx', SpecIdxValue, ...) помечает спектры вдоль y- ось в карте тепла. Метки заданы SpecIdxValue, вектор из значений, массива ячеек из символьных векторов или вектора строки. Количество значений или векторов символов или строк совпадает с количеством столбцов (спектры) в матричном Intensities. Каждое значение или вектор символов или строка задают метку для соответствующего спектра.

msheatmap(..., 'Group', GroupValue, ...) виды и спектры объединений в группы вдоль y- ось в карте тепла. Группы заданы GroupValue, вектор из значений, массива ячеек из символьных векторов или вектора строки. Количество значений, векторов символов или строк совпадает с количеством строк в матричном Intensities. Каждое значение или вектор символов или строка задают группу, которой принадлежит соответствующий спектр. Значением по умолчанию является [1:numSpectra].

msheatmap(..., 'Resolution', ResolutionValue, ...) задает горизонтальное разрешение изображения карты тепла. Увеличьте это значение, чтобы улучшить детали. Уменьшите это значение, чтобы уменьшать использование памяти. Значение по умолчанию:

  • 0.5 — Когда MZ содержит> 2 500 элементов.

  • 0.05 — когда MZ содержит <= 2 500 элементов.

Примеры

Пример 46. Данные SELDI-TOF

  1. Загрузите выборочные данные SELDI-TOF.

    load sample_lo_res

  2. Создайте вектор из четырех m/z значений, чтобы отметить вдоль главной горизонтальной оси карты тепла.

    M = [3991.4 4598 7964 9160];

  3. Отобразите карту тепла с m/z маркерами и ограниченной областью значений m/z.

    msheatmap(MZ_lo_res,Y_lo_res,'markers',M,'range',[3000 10000])

  4. Отобразите карту тепла, снова группирующую каждый спектр в одну из двух групп.

    TwoGroups = [1 1 2 2 1 1 2 2];
msheatmap(MZ_lo_res,Y_lo_res,'markers',M,'group',TwoGroups)

Пример 47. Жидкостная хроматография / Масс-спектрометрия (LC/MS) Данные

  1. Загрузите выборочные данные LC/MS.

    load lcmsdata

  2. Передискретизируйте пиковые списки, чтобы создать вектор из m/z значений и матрицу значений интенсивности.

    [MZ, Intensities] = msppresample(ms_peaks, 5000);

  3. Отобразите карту тепла, показывающую массовые спектры в различные времена задержания. 

    msheatmap(MZ, ret_time, log(Intensities))

Смотрите также

| | | | | | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка