Преобразуйте необработанные пиковые данные, чтобы достигнуть максимума список (центроидные данные)
Peaklist
= mspeaks(X
, Intensities
)
[Peaklist
, PFWHH
]
= mspeaks(X
, Intensities
)
[Peaklist
, PFWHH
, PExt
]
= mspeaks(X
, Intensities
)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'Base', BaseValue
, ...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'Levels', LevelsValue
, ...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'NoiseEstimator', NoiseEstimatorValue
,
...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'Multiplier', MultiplierValue
, ...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'Denoising', DenoisingValue
, ...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'PeakLocation', PeakLocationValue
, ...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'FWHHFilter', FWHHFilterValue
, ...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'OverSegmentationFilter', OverSegmentationFilterValue
,
...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'HeightFilter', HeightFilterValue
, ...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'ShowPlot', ShowPlotValue
, ...)
mspeaks(X
, Intensities
,
...'Style', StyleValue
, ...)
находит соответствующий peaks в сырых данных, шумных пиковых данных сигнала, и создает Peaklist
= mspeaks(X
, Intensities
)Peaklist
, матрица 2D столбца, содержа значение разделительной оси и интенсивность для каждого пика. X
вектор из разделительных стоимостей единицы для набора сигналов с peaks. Intensities
матрица значений интенсивности для набора peaks, который совместно использует ту же область значений разделительного модуля.
[
возвращает Peaklist
, PFWHH
]
= mspeaks(X
, Intensities
)PFWHH
, матрица 2D столбца указание на левые и правые местоположения полной ширины на половине высоты (FWHH) маркеры для каждого пика. Для любого пика, не разрешенного в FWHH, mspeaks
возвращает пиковые степени формы вместо этого. Когда Intensities
включает несколько сигналов, затем PFWHH
массив ячеек матриц.
[
возвращает Peaklist
, PFWHH
, PExt
]
= mspeaks(X
, Intensities
)PExt
, матрица 2D столбца указание на левые и правые местоположения пиковых степеней формы, определенных после шумоподавления вейвлета. Когда Intensities
включает несколько сигналов, затем PExt
массив ячеек матриц.
mspeaks (
вызовы X
, Intensities
PropertyName
', PropertyValue
, ...)mspeaks
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName
в одинарных кавычках. Каждый PropertyName
является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
mspeaks(
задает основу вейвлета. X
, Intensities
,
...'Base', BaseValue
, ...)
mspeaks(
задает количество уровней для разложения вейвлета. X
, Intensities
,
...'Levels', LevelsValue
, ...)
mspeaks(
задает метод, чтобы оценить порог, X
, Intensities
,
...'NoiseEstimator', NoiseEstimatorValue
,
...)T
, отфильтровывать шумные компоненты в первом разложении высокой полосы (y_h
).
mspeaks(
задает пороговый постоянный множитель. X
, Intensities
,
...'Multiplier', MultiplierValue
, ...)
mspeaks(
управляет использованием шумоподавления вейвлета, чтобы сглаживать сигнал. Выбором является X
, Intensities
,
...'Denoising', DenoisingValue
, ...)true
(значение по умолчанию) или false
.
mspeaks(
указывает, что пропорция пиковой высоты, чтобы использовать, чтобы выбрать точки использовалась для расчета центроидного значения разделительной оси соответствующего пика. X
, Intensities
,
...'PeakLocation', PeakLocationValue
, ...)PeakLocationValue
должно быть значение ≥ 0
и ≤ 1
. Значением по умолчанию является 1.0
.
mspeaks(
задает минимальную полную ширину на половине высоты (FWHH), в разделительных модулях, для peaks, о котором сообщают. Peaks с FWHH ниже этого значения исключен из выходного списка X
, Intensities
,
...'FWHHFilter', FWHHFilterValue
, ...)Peaklist
.
mspeaks(
задает минимальное расстояние, в разделительных модулях, между соседним peaks. Когда сигнал не сглаживается соответственно, несколько максимумов, может казаться, представляют тот же пик. Увеличьте это значение фильтра, чтобы соединить сверхсегментированный peaks в один пик.X
, Intensities
,
...'OverSegmentationFilter', OverSegmentationFilterValue
,
...)
mspeaks(
задает минимальную высоту для peaks, о котором сообщают. Peaks с высотами ниже этого значения исключен из выходного списка X
, Intensities
,
...'HeightFilter', HeightFilterValue
, ...)Peaklist
.
mspeaks(
управляет отображением графика оригинала и сглаживавшего сигнала, с peaks, включенным в выходную матрицу X
, Intensities
,
...'ShowPlot', ShowPlotValue
, ...)Peaklist
отмеченный.
mspeaks(
задает стиль для маркировки peaks в графике. X
, Intensities
,
...'Style', StyleValue
, ...)
mspeaks
находит peaks в данных из любого разделительного метода, который производит данные сигнала, такие как спектроскопия, ядерный магнитный резонанс (NMR), электрофорез, хроматография или масс-спектрометрия.
|
Вектор из разделительных стоимостей единицы для набора сигналов с peaks. Число элементов в векторе равняется количеству строк в матричном |
|
Матрица значений интенсивности для набора peaks, который совместно использует ту же область значений разделительного модуля. Каждая строка соответствует разделительной стоимости единицы, и каждый столбец соответствует или набору сигналов с peaks или время задержания. Количество строк равняется числу элементов в векторном |
|
Целое число от Значение по умолчанию: |
|
Целое число от Значение по умолчанию: |
|
Вектор символов, строка или скаляр, который задает метод, чтобы оценить порог,
|
|
Положительное действительное значение, которое задает пороговый постоянный множитель. Значение по умолчанию: |
|
Управляет использованием шумоподавления вейвлета, чтобы сглаживать сигнал. Выбором является Совет Если ваши данные ранее сглаживались, например, с
|
|
Значение, которое задает пропорцию пиковой высоты, чтобы использовать, чтобы выбрать точки, чтобы вычислить центроидное значение разделительной оси соответствующего пика. Значением должен быть Примечание Когда Значение по умолчанию: |
|
Положительное действительное значение, которое задает минимальную полную ширину на половине высоты (FWHH), в разделительных модулях, для peaks, о котором сообщают. Peaks с FWHH ниже этого значения исключен из выходного списка Значение по умолчанию: |
|
Положительное действительное значение, которое задает минимальное расстояние, в разделительных модулях, между соседним peaks. Когда сигнал не сглаживается соответственно, несколько максимумов, может казаться, представляют тот же пик. Увеличьте это значение фильтра, чтобы соединить сверхсегментированный peaks в один пик. Значение по умолчанию: |
|
Положительное действительное значение, которое задает минимальную высоту для peaks, о котором сообщают. Значение по умолчанию: |
|
Управляет отображением графика исходного сигнала и сглаживавшего сигнала, с peaks, включенным в выходную матрицу
|
|
Вектор символов или строка, задающая стиль для маркировки peaks в графике. Выбор:
|
|
Матрица 2D столбца, где каждая строка соответствует пику. Первый столбец содержит разделительные стоимости единицы (указание на местоположение peaks вдоль разделительной оси). Второй столбец содержит значения интенсивности. Когда |
|
Матрица 2D столбца указание на левые и правые местоположения полной ширины на половине высоты (FWHH) маркеры для каждого пика. Для любого пика, не разрешенного в FWHH, |
|
Матрица 2D столбца указание на левые и правые местоположения пиковых степеней формы, определенных после шумоподавления вейвлета. Когда |
Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит две переменные данных масс-спектрометрии, MZ_lo_res
и Y_lo_res
. MZ_lo_res
вектор из m/z значений для набора спектров. Y_lo_res
матрица значений интенсивности для набора массовых спектров, которые совместно используют ту же область значений m/z.
load sample_lo_res
Настройте базовую линию этих восьми спектров, сохраненных в Y_lo_res
.
YB = msbackadj(MZ_lo_res,Y_lo_res);
Преобразуйте необработанные данные о масс-спектрометрии в пиковый список путем нахождения соответствующего peaks в каждом спектре.
P = mspeaks(MZ_lo_res,YB);
Постройте третий спектр в YB
, матрица откорректированных базовой линией значений интенсивности, с обнаруженным отмеченным peaks.
P = mspeaks(MZ_lo_res,YB,'SHOWPLOT',3);
Сглаживайте сигнал с помощью mslowess
функция. Затем преобразуйте сглаживавшие данные в пиковый список путем нахождения соответствующего peaks и постройте третий спектр.
YS = mslowess(MZ_lo_res,YB,'SHOWPLOT',3);
P = mspeaks(MZ_lo_res,YS,'DENOISING',false,'SHOWPLOT',3);
Используйте cellfun
функция, чтобы удалить весь peaks с m/z значениями меньше чем 2 000 от восьми peaks, перечисленных в выходе P
. Затем постройте peaks третьего спектра (в красном) по его сглаживавшему сигналу (в синем).
Q = cellfun(@(p) p(p(:,1)>2000,:),P,'UniformOutput',false); figure plot(MZ_lo_res,YS(:,3),'b',Q{3}(:,1),Q{3}(:,2),'rx') xlabel('Mass/Charge (M/Z)') ylabel('Relative Intensity') axis([0 20000 -5 95])
mspeaks
преобразует необработанные пиковые данные в пиковый список (центроидные данные):
Сглаживание сигнала с помощью неподкошенного вейвлета преобразовывает с коэффициентами Daubechies
Присвоение пиковых местоположений
Оценка шума
Устранение достигает максимума, которые не удовлетворяют заданным критериям
[1] Моррис, J.S., Coombes, K.R., Koomen, J., Baggerly, K.A., и Kobayash, R. (2005) Извлечение признаков и квантификация для масс-спектрометрии в биомедицинских приложениях с помощью среднего спектра. Bioinfomatics 21:9, 1764–1775.
[2] Yasui, Y., Пепе, M., Томпсон, M.L., Адам, B.L., Мастер, G.L., Цюй, Y., Поттер, степень доктора юридических наук, Винджет, M., Thornquist, M. и Фэн, Z. (2003) А аналитическая данными стратегия открытия биомаркера белка: профилирование высоко-размерных протеомных данных для диагностики рака. Биостатистика 4:3, 449–463.
[3] Donoho, D.L., и Джонстон, I.M. (1995) Адаптация к неизвестной гладкости через уменьшение вейвлета. J. Статистик. Asso. 90, 1200–1224.
[4] Странг, G. и Нгуен, T. (1996) вейвлеты и наборы фильтров (Веллесли: Кембриджское нажатие).
[5] Coombes, K.R., Tsavachidis, S., Моррис, J.S., Baggerly, K.A., Хун, Член конгресса, и Kuerer, H.M. (2005) Улучшенное пиковое обнаружение и квантификация данных о масс-спектрометрии, полученных от улучшенной поверхностью лазерной десорбции и ионизации спектрами шумоподавления с неподкошенным дискретным вейвлетом, преобразовывают. Протеомика 5 (16), 4107–4117.
msalign
| msbackadj
| msdotplot
| msheatmap
| mslowess
| msnorm
| mspalign
| mspeaks
| msppresample
| msresample
| mssgolay
| msviewer