Найдите палиндромы в последовательности
[
Position
, Length
]
= palindromes(SeqNT
)
[Position
, Length
, Pal
]
= palindromes(SeqNT
)
... = palindromes(SeqNT
,
..., 'Length', LengthValue
, ...)
... = palindromes(SeqNT
,
..., 'Complement', ComplementValue
, ...)
SeqNT | Одно из следующего:
|
LengthValue | Целое число, задающее минимальную длину для палиндромов. Значением по умолчанию является 6 . |
ComplementValue | Управляет возвратом дополнительных палиндромов, то есть, где элементы совпадают со своими дополнительными парами A-T (или U ) и C-G вместо точного соответствия нуклеотида. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
[
находит все палиндромы в последовательности Position
, Length
]
= palindromes(SeqNT
)SeqNT
с длиной, больше, чем или равный 6
, и возвращает начальные значения индекса, Position
, и длины палиндромов, Length
.
[
также возвращает массив ячеек, Position
, Length
, Pal
]
= palindromes(SeqNT
)Pal
, из палиндромов.
... = палиндромы (
вызовы SeqNT
PropertyName
', PropertyValue
, ...)palindromes
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = palindromes(
находит все палиндромы дольше, чем или равный SeqNT
,
..., 'Length', LengthValue
, ...)LengthValue
. Значением по умолчанию является 6
.
... = palindromes(
управляет возвратом дополнительных палиндромов, то есть, где элементы совпадают со своими дополнительными парами SeqNT
,
..., 'Complement', ComplementValue
, ...)A-T
(или A-U
) и C-G
вместо точного соответствия нуклеотида. Выбор для ComplementValue
true
или false
(значение по умолчанию).
Найдите палиндромы в простой последовательности нуклеотида.
[p,l,s] = palindromes('GCTAGTAACGTATATATAAT')
p =
11
12
l =
7
7
s =
'TATATAT'
'ATATATA'
Найдите дополнительные палиндромы в простой последовательности нуклеотида.
[pc,lc,sc] = palindromes('TAGCTTGTCACTGAGGCCA',... 'Complement',true) pc = 8 lc = 7 sc = 'TCACTGA'
Найдите палиндромы в случайной последовательности нуклеотида.
a = randseq(100) a = TAGCTTCATCGTTGACTTCTACTAA AAGCAAGCTCCTGAGTAGCTGGCCA AGCGAGCTTGCTTGTGCCCGGCTGC GGCGGTTGTATCCTGAATACGCCAT [pos,len,pal]=palindromes(a) pos = 74 len = 6 pal = 'GCGGCG'
regexp
| seqcomplement
| seqrcomplement
| seqreverse
| strfind