Найдите острова CpG в последовательности ДНК
cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
)
cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'Window', WindowValue
, ...)
cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'MinIsland', MinIslandValue
, ...)
cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'GCmin', GCminValue
, ...)
cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'CpGoe', CpGoeValue
, ...)
cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'Plot', PlotValue
, ...)
SeqDNA | Одно из следующего:
Допустимые символы включают
|
WindowValue | Целое число, задающее размер окна для вычисления содержимого GC и отношений CpGobserved/CpGexpected. Значением по умолчанию является 100 базисы. Меньший размер окна увеличивает шум в графике. |
MinIslandValue | Целое число, задающее минимальное количество последовательных отмеченных базисов, чтобы сообщить как остров CpG. Значением по умолчанию является 200 базисы. |
GCminValue | Значение, задающее минимальный процент GC в окне, должно было отметить основу. Выбором является значение между 0 и 1 . Значением по умолчанию является 0.5 . |
CpGoeValue | Значение, задающее минимальное отношение CpGobserved/CpGexpected в каждом окне, должно было отметить основу. Выбором является значение между CPGobs/CpGexp = (NumCpGs*Length)/(NumGs*NumCs) |
PlotValue | Управляет графическим выводом содержимого GC, содержимого CpGoe, острова CpG, больше, чем минимальный островной размер и все потенциальные острова CpG для заданных критериев. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
cpgStruct | Структура MATLAB, содержащая запуск и конечные базисы островов CpG, больше, чем минимальный островной размер. |
поисковые запросы cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
)SeqDNA
, последовательность нуклеотида ДНК, для островов CpG с содержимым GC, больше, чем 50
% и отношение CpGobserved/CpGexpected, больше, чем 60
%. Это отмечает базисы, соответствующие этому критерии в движущемся окне 100
Базисы ДНК и затем возвращают результаты в cpgStruct
, структура MATLAB, содержащая запуск и конечные базисы островов CpG, больше, чем минимальный островной размер 200
базисы.
вызовы cpgStruct
= cpgisland (SeqDNA
PropertyName
', PropertyValue
, ...)cpgisland
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает размер окна для вычисления содержимого GC и отношений CpGobserved/CpGexpected. Значением по умолчанию является cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'Window', WindowValue
, ...)100
базисы. Меньший размер окна увеличивает шум в графике.
задает минимальное количество последовательных отмеченных базисов, чтобы сообщить как остров CpG. Значением по умолчанию является cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'MinIsland', MinIslandValue
, ...)200
базисы.
указывает, что минимальный процент GC в окне должен был отметить основу. Выбором является значение между cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'GCmin', GCminValue
, ...)0
и 1
. Значением по умолчанию является 0.5
.
указывает, что минимальное отношение CpGobserved/CpGexpected в каждом окне должно было отметить основу. Выбором является значение между cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'CpGoe', CpGoeValue
, ...)0
и 1
. Значением по умолчанию является 0.6
. Это отношение задано как:
CPGobs/CpGexp = (NumCpGs*Length)/(NumGs*NumCs)
управляет графическим выводом содержимого GC, содержимого CpGoe, острова CpG, больше, чем минимальный островной размер и все потенциальные острова CpG для заданных критериев. Выбором является cpgStruct
= cpgisland(SeqDNA
,
...'Plot', PlotValue
, ...)true
или false
(значение по умолчанию).
Импортируйте последовательность нуклеотида из базы данных GenBank®. Например, получите последовательность из хромосомы Человека разумного 12.
S = getgenbank('AC156455');
Вычислите острова CpG в последовательности и постройте результаты.
cpgisland(S.Sequence,'PLOT',true) ans = Starts: [4510 29359] Stops: [5468 29604]
Острова CpG, больше, чем 200 базисов в длине, перечислены, и график отображается.