Sequence Alignment

Визуализируйте и отредактируйте несколько выравниваний последовательности

Описание

Приложение Sequence Alignment позволяет вам визуализировать и отредактировать несколько выравниваний последовательности.

Вы можете:

Смотрите выравнивание последовательности и внесите ручные корректировки.
Просмотрите информацию о последовательности последствия и экспортируйте ее в рабочую область MATLAB^® или файл.
Сгенерируйте филогенетическое дерево от выровненных последовательностей.

Откройте приложение Sequence Alignment

Панель инструментов MATLAB: На вкладке Apps, под Computational Biology, кликают по значку приложения.
Командная строка MATLAB: Войти seqalignviewer.

Примеры

развернуть все

Просмотрите кратное файл Sequence Alignment

Скрипт Open Live Script

Загрузите и просмотрите файл выравнивания последовательности кратного.

seqalignviewer('aagag.aln')

Figure Biological Sequence Alignment - 1 contains 3 axes and other objects of type uipanel, uitoolbar, uimenu. Axes 1 contains 2 objects of type text, patch. Axes 2 contains 5 objects of type image, text, patch. Axes 3 contains 6 objects of type image, patch, text.

В качестве альтернативы можно нажать Sequence Alignment на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть данные о выравнивании.

Можно также сгенерировать филогенетическое дерево от выровненных последовательностей из приложения. Выберите Display> View Tree.

Связанные примеры

Просмотрите и выровняйте несколько последовательностей

Программируемое использование

развернуть все

`seqalignviewer`

seqalignviewer открывает приложение Sequence Alignment.

`seqalignviewer(Alignment)`

seqalignviewer(Alignment) загрузки несколько данных о выравнивании последовательности Alignment в приложение. Alignment может быть одно из следующего:

Структура MATLAB, содержащая Sequence поле, такой, как возвращено fastaread, gethmmalignment, multialign, или multialignread
Символьный массив MATLAB, содержащий данные о MSA, такой, как возвращено multialign
Строка, задающая файл или URL, который содержит данные о MSA
3 N символьным массивом, показывающим попарное выравнивание двух последовательностей, такие как массив, возвращенный nwalign или swalign.

`seqalignviewer('close')`

seqalignviewer('close') закрывает приложение.

Смотрите также

Приложения

NGS Browser | Sequence Viewer

Функции

seqalignviewer

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.