Выполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью зонального метода
BackAdjustedData
= zonebackadj(Data
)
[BackAdjustedData
, ZoneStruct
]
= zonebackadj(Data
)
[BackAdjustedData
, ZoneStruct
, Background
]
= zonebackadj(Data
)
... = zonebackadj(Data
,
...'NumZones', NumZonesValue
, ...)
... = zonebackadj(Data
,
...'Percent', PercentValue
, ...)
... = zonebackadj(Data
,
...'SmoothFactor', SmoothFactorValue
, ...)
... = zonebackadj(Data
,
...'NoiseFrac', NoiseFracValue
, ...)
... = zonebackadj(Data
,
...'CDF', CDFValue
, ...)
... = zonebackadj(Data
,
...'Mask', MaskValue
, ...)
... = zonebackadj(Data
,
...'Showplot', ShowplotValue
, ...)
Data | Любое из следующего:
|
NumZonesValue | Скалярный или двухэлементный вектор, который задает количество зон, чтобы использовать в фоновом режиме корректировку. Если скаляр, это должно быть квадратное число. Если двухэлементный вектор, первый элемент задает количество строк, и второй элемент задает количество столбцов в неквадратной сетке. Значением по умолчанию является 16 . |
PercentValue | Значение, которое задает процент, P , таким образом, что самый низкий P процент оцениваемых значений интенсивности от каждой зоны используется, чтобы оценить фон для той зоны. Значением по умолчанию является 2 . |
SmoothFactorValue | Значение, которое задает коэффициент сглаживания, используемый в вычислении взвешенного среднего вкладов каждой зоны к фону точки. Значением по умолчанию является 100 . |
NoiseFracValue | Значение, которое задает шумовую часть, NF , таким образом, что настроенное фоном значение дано max((Intensity - WeightedBackground), NF*LocalNoiseEstimate) . Значением по умолчанию является 0.5 . |
CDFValue | Любое из следующего:
|
MaskValue | Логический вектор, который задает, который в фоновом режиме оценивают ячейки к маске и не использованию. В векторе, 0 = not masked и 1 = masked . Значениями по умолчанию являются значения в Masked столбец Probes поле файла CEL. |
ShowplotValue | Управляет графическим выводом изображения фоновых оценок. Выбором является |
BackAdjustedData | Матричный или массив ячеек векторов, содержащих настроенные фоном тестовые значения интенсивности. |
ZoneStruct | Структура MATLAB, содержащая центры зон раньше, выполняла фоновую корректировку и оценки фоновых значений в центре каждой зоны. |
Background | Матричный или массив ячеек векторов, содержащих предполагаемые фоновые значения для каждого зонда. |
возвращает настроенную фоном тестовую интенсивность в BackAdjustedData
= zonebackadj(Data
)Data
, который содержит тестовую интенсивность из файлов Affymetrix CEL. Детали фоновой корректировки описаны в Статистическом Документе Описания Алгоритмов.
[
также возвращается, структура, содержащая центры зон раньше, выполняла фоновую корректировку и оценки фоновых значений в центре каждой зоны. BackAdjustedData
, ZoneStruct
]
= zonebackadj(Data
)
[
также возвращает матричный или массив ячеек векторов, содержащих предполагаемые фоновые значения для каждого зонда. BackAdjustedData
, ZoneStruct
, Background
]
= zonebackadj(Data
)
... = zonebackadj (
вызовы Data
PropertyName
', PropertyValue
, ...)zonebackadj
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = zonebackadj(
задает количество зон, чтобы использовать в фоновом режиме корректировку. Data
,
...'NumZones', NumZonesValue
, ...)NumZonesValue
может быть или скаляр, который является квадратным числом или двухэлементным массивом, в котором первый элемент задает количество строк, и второй элемент задает количество столбцов в неквадратной сетке. Значением по умолчанию является 16
.
... = zonebackadj(
задает процент, Data
,
...'Percent', PercentValue
, ...)P
, таким образом, что самый низкий P
процент оцениваемых значений интенсивности от каждой зоны используется, чтобы оценить фон для той зоны. Значением по умолчанию является 2
.
... = zonebackadj(
задает коэффициент сглаживания, используемый в вычислении взвешенного среднего вкладов каждой зоны к фону точки, таким образом обеспечивая плавный переход между зонами. Значением по умолчанию является Data
,
...'SmoothFactor', SmoothFactorValue
, ...)100
.
... = zonebackadj(
задает шумовую часть, такую, что настроенное фоном значение дано Data
,
...'NoiseFrac', NoiseFracValue
, ...)max((Intensity - WeightedBackground), NF*LocalNoiseEstimate)
, где NF
NoiseFracValue
. Значением по умолчанию является 0.5
.
... = zonebackadj(
задает файл библиотеки Affymetrix CDF или структуру, которая задает ячейки управления, которые не используются в фоновом режиме оценки.Data
,
...'CDF', CDFValue
, ...)
... = zonebackadj(
указывает, что логический вектор из этого задает, какие ячейки к маске и не использованию в фоновом режиме оценивает. В векторе, Data
,
...'Mask', MaskValue
, ...)0 = not masked
и 1 = masked
. Значениями по умолчанию являются значения в Masked
столбец Probes
поле файла CEL.
... = zonebackadj(
строит изображение фоновых оценок. Выбором является Data
,
...'Showplot', ShowplotValue
, ...)true
или false
(значение по умолчанию).
[1] Статистический документ описания алгоритмов, https://www.affymetrix.com/support/technical/whitepapers/ sadd_whitepaper.pdf
affyinvarsetnorm
| affyread
| celintensityread
| gcrma
| gcrmabackadj
| probelibraryinfo
| probesetlink
| probesetlookup
| probesetvalues
| quantilenorm
| rmabackadj
| rmasummary