Можно хранить все данные об эксперименте микромассивов и информацию в одном объекте путем сборки следующего в объект ExpressionSet:
Один объект ExptData, содержащий значения выражения от микромассива, экспериментирует в одном или нескольких объектах DataMatrix
Один объект MetaData, содержащий демонстрационные метаданные в двух массивах набора данных
Один объект MetaData, содержащий метаданные функции в двух массивах набора данных
Один объект MIAME, содержащий описания эксперимента
Следующая диаграмма иллюстрирует типичный объект ExpressionSet и его объекты компонента.
Каждый элемент (объект DataMatrix) в объекте ExpressionSet имеет имя элемента. Кроме того, всегда существует один объект DataMatrix, именем элемента которого является Expressions
.
Объект ExpressionSet позволяет вам сохранить, справиться, и подмножество данные из эксперимента экспрессии гена микромассивов. Объект ExpressionSet включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и данные об изменении, метаданные и другая информация об эксперименте микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать данные. Для списка свойств и методов, смотрите класс ExpressionSet.
Примечание
Следующая процедура принимает, что вы выполнили пример кода в предыдущих разделах:
Импортируйте bioma
пакет так, чтобы ExpressionSet
функция конструктора доступна.
import bioma.*
Создайте объект ExpressionSet из EDObj
, объект ExptData, MDObj2
, объект MetaData, содержащий демонстрационную переменную информацию и MIAMEObj
, объект MIAME.
ESObj = ExpressionSet(EDObj, 'SData', MDObj2, 'EInfo', MIAMEObj1);
Отобразите информацию об объекте ExpressionSet, ESObj
.
ESObj ExpressionSet Experiment Data: 500 features, 26 samples Element names: Expressions Sample Data: Sample names: A, B, ...,Z (26 total) Sample variable names and meta information: Gender: Gender of the mouse in study Age: The number of weeks since mouse birth Type: Genetic characters Strain: The mouse strain Source: The tissue source for RNA collection Feature Data: none Experiment Information: use 'exptInfo(obj)'
Для полной информации при построении объектов ExpressionSet смотрите класс ExpressionSet.
К свойствам доступа объекта ExpressionSet используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname
Например, чтобы определить количество выборок в объекте ExpressionSet:
ESObj.NSamples ans = 26
Примечание
Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта ExpressionSet, смотрите класс ExpressionSet.
Чтобы использовать методы объекта ExpressionSet, используйте любой из следующих синтаксисов:
objectname.methodname
или
methodname(objectname)
Например, чтобы получить демонстрационные имена переменных из объекта ExpressionSet:
ESObj.sampleVarNames ans = 'Gender' 'Age' 'Type' 'Strain' 'Source'
Получать информацию об эксперименте, содержавшуюся в объекте ExpressionSet:
exptInfo(ESObj) ans = Experiment description Author name: Mika,,Silvennoinen Riikka,,Kivelä Maarit,,Lehti Anna-Maria,,Touvras Jyrki,,Komulainen Veikko,,Vihko Heikki,,Kainulainen Laboratory: XYZ Lab Contact information: Mika,,Silvennoinen URL: PubMedIDs: 17003243 Abstract: A 90 word abstract is available Use the Abstract property. Experiment Design: A 234 word summary is available Use the ExptDesign property. Other notes: [1x80 char]
Примечание
Для полного списка методов объекта ExpressionSet смотрите класс ExpressionSet.