Выполнение процедуры RMA для данных уровня зонда микрочипа Affymetrix
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile)
Expression = affyrma(ProbeStructure)
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile, ...'CELPath', CELPathValue, ...)
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile, ...'CDFPath', CDFPathValue, ...)
Expression = affyrma(..., 'Method', MethodValue, ...)
Expression = affyrma(..., 'Truncate', TruncateValue, ...)
Expression = affyrma(..., 'Median', MedianValue, ...)
Expression = affyrma(..., 'Output', OutputValue, ...)
Expression = affyrma(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...)
Expression = affyrma(..., 'Verbose', VerboseValue, ...)
CELFiles | Любое из следующих действий:
|
CDFFile | Одно из следующих действий:
|
ProbeStructure | Структура MATLAB ®, содержащая информацию из файлов CEL, включая интенсивности зондов, индексы зондов и идентификаторы наборов зондов, возвращаемые |
CELPathValue | Символьный вектор или строка, указывающая путь и папку, в которых указаны файлы |
CDFPathValue | Символьный вектор или строка, указывающая путь и папку, в которой указан файл |
MethodValue | Задает метод оценки параметров модели корректировки фона. Варианты: |
TruncateValue | Определяет модель фонового шума. Варианты: |
MedianValue | Задает использование медианы ранжированных значений вместо среднего значения для нормализации. Варианты: |
OutputValue | Указывает масштаб возвращаемых значений экспрессии генов. Возможны следующие варианты:
В последнем случае данные преобразуются, как определено функцией. |
ShowplotValue | Управляет построением гистограммы, показывающей распределение значений интенсивности зонда PM (синий) и функции распределения свернутой вероятности (красный), с оцененными параметрами mu, sigma и alpha. Введите либо Например:
|
VerboseValue | Управляет отображением состояния чтения файлов и обработки RMA. Варианты: |
Expression | Объект DataMatrix, содержащий значения экспрессии генов на основе log2, которые были скорректированы в фоновом режиме, нормализованы и суммированы с использованием процедуры RMA. Каждая строка в |
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile)Expressionобъект DataMatrix, содержащий значения экспрессии гена на основе log2 в матрице, идентификаторы наборов зондов в качестве имен строк и имена файлов CEL в качестве имен столбцов. Обратите внимание, что каждая строка в Expression соответствует гену (набору зондов), и каждый столбец соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельной микросхемы. Все микросхемы должны быть одного типа.)
CELFiles - символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, содержащих имена CEL-файлов. CDFFile - символьный вектор или строка, задающая имя файла CDF. Если установить CELFiles кому '*'затем считывает все файлы CEL в текущей папке. Если установить CELFiles кому ' 'затем открывается диалоговое окно «Выбор файлов CEL», в котором можно выбрать файлы CEL.
Примечание
Подробные сведения о чтении файлов и обработке RMA см. в разделе celintensityread, rmabackadj, quantilenorm, и rmasummary.
Expression = affyrma(ProbeStructure)ProbeStructure, структура MATLAB, содержащая информацию из файлов CEL, включая интенсивности зондов, индексы зондов и идентификаторы наборов зондов, возвращаемые celintensityread функция и возвращает Expression.
Expression = affyrma(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)affyrma с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
указывает путь и папку, в которых файлы указаны Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile, ...'CELPath', CELPathValue, ...)CELFiles хранятся.
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile, ...'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile хранится.
Expression = affyrma(..., 'Method', MethodValue, ...)MethodValue является 'RMA', affyrma реализует метод оценки, описанный Bolstad, 2005. Когда MethodValue является 'MLE', affyrma оценивает параметры с использованием максимального правдоподобия. По умолчанию: 'RMA'.
Expression = affyrma(..., 'Truncate', TruncateValue, ...)TruncateValue является false, affyrma использует неусеченный гауссов в качестве модели фонового шума. По умолчанию: true.
Expression = affyrma(..., 'Median', MedianValue, ...)true или false (по умолчанию).
Expression = affyrma(..., 'Output', OutputValue, ...)OutputValue могут быть:
'log'
'log2'
'log10'
'linear'
@functionname
В последнем случае данные преобразуются, как определено функцией. functionname. По умолчанию: 'log2'.
Expression = affyrma(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...)ShowplotValue является 'all', rmabackadj строит гистограмму для каждого столбца или кристалла. Когда ShowplotValue - число, список чисел или диапазон чисел, rmabackadj строит гистограмму для указанного номера столбца (микросхемы).
Например:
(..., 'Showplot', 3,...) строит график значений интенсивности в столбце 3.
(..., 'Showplot', [3,5,7],...) строит графики значений интенсивности в столбцах 3, 5 и 7.
(..., 'Showplot', 3:9,...) выводит на график значения интенсивности в столбцах, 3 к 9.
Expression = affyrma(..., 'Verbose', VerboseValue, ...)true (по умолчанию) или false.
В следующем примере предполагается наличие HG_U95Av2.CDF файл библиотеки, хранящийся в D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenomeи что текущая папка указывает на расположение, содержащее файлы CEL, связанные с этим файлом библиотеки CDF. В этом примере affyrma функция считывает все файлы CEL в текущей папке и файл CDF в указанной папке. Он также выполняет процедуры корректировки фона RMA, нормализации квантования и суммирования значений интенсивности зонда PM и возвращает объект DataMatrix, содержащий метаданные и обработанные данные.
Expression = affyrma('*', 'HG_U95Av2.CDF',...
'CDFPath', 'D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome');
[1] Иризарри, Р.А., Хоббс, Б., Коллин, Ф., Бизер-Барклай, Ю.Д., Антонеллис, К.Ж., Шерф, У., Скорость, Т.П. (2003). Исследование, нормализация и резюме данных уровня зонда олигонуклеотидного массива высокой плотности. Биостатистика. 4, 249–264.
[2] Мостеллер, Ф. и Туки, Дж. (1977). Анализ и регрессия данных (Reading, Massachusetts: Addison-Wesley Publishing Company), стр. 165-202.
[3] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собирается, Я., Эриксон, Х. С., Георгевич, Л., Тангреа, М. А., Дюрей, П.Х., Гонсалес, С., Веласко, А., Линехан, В.М., Матусик, Р.Дж., Прайс, Д.К., Фигг, В.Д., Эммерт-Бак, М.Р., и Чуакки, Р.Ф. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после терапии андрогенной абляцией. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.
[4] Болстад, Б. (2005). «affy: встроенные методы обработки» https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/ inst/doc/builtinMethods.pdf
affygcrma | celintensityread | gcrma | mafdr | mattest | quantilenorm | rmabackadj | rmasummary