rmabackadj

Выполните фоновую корректировку данных на уровне зондов микрочипов Affymetrix с помощью процедуры RMA (Rability Multi-array Average)

Синтаксис

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMData) BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Method', MethodValue, ...) BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Truncate', TruncateValue, ...) BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...)

Входные аргументы

`PMData`	Матрица значений интенсивности, где каждая строка соответствует зонду совершенного соответствия (PM), а каждый столбец соответствует файлу Affymetrix ® CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельной микросхемы. Все микросхемы должны быть одного типа.)
`MethodValue`	Задает метод оценки параметров модели корректировки фона. Введите либо `'RMA'` (для использования метода оценки, описанного Bolstad, 2005) или `'MLE'` (для оценки параметров с использованием максимального правдоподобия). По умолчанию: `'RMA'`.
`TruncateValue`	Определяет модель фонового шума. Введите либо `true` (используйте усеченное гауссово распределение) или `false` (использовать неусеченное гауссово распределение). По умолчанию: `true`.
`ShowplotValue`	Управляет построением гистограммы, показывающей распределение значений интенсивности зонда PM (синий) и функции распределения свернутой вероятности (красный), с оцененными параметрами mu, sigma и alpha. Введите либо `'all'` (постройте гистограмму для каждого столбца или чипа) или укажите подмножество столбцов (чипов), введя номер столбца, список чисел или диапазон чисел.

Выходные аргументы

BackAdjustedMatrix Матрица скорректированных по фону значений интенсивности зонда.

Описание

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMData) возвращает скорректированные по фону значения интенсивности зонда в матрице, PMData. Обратите внимание, что каждая строка в PMData соответствует зонду идеального соответствия (PM) и каждому столбцу в PMData соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельной микросхемы. Все микросхемы должны быть одного типа.) Подробная информация о корректировке фона описана в Bolstad, 2005.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования rmabackadj с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Method', MethodValue, ...) определяет метод оценки параметров модели корректировки фона. Когда MethodValue является 'RMA', rmabackadj реализует метод оценки, описанный Bolstad, 2005. Когда MethodValue является 'MLE', rmabackadj оценивает параметры с использованием максимального правдоподобия. По умолчанию: 'RMA'.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Truncate', TruncateValue, ...) определяет используемую модель фонового шума. Когда TruncateValue является false, rmabackadj использует неусеченный гауссов в качестве модели фонового шума. По умолчанию: true.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...) позволяет построить гистограмму, показывающую распределение значений интенсивности зонда PM (синий) и функции распределения свернутой вероятности (красный) с оценочными параметрами mu, sigma и alpha. Когда ShowplotValue является 'all', rmabackadj строит гистограмму для каждого столбца или кристалла. Когда ShowplotValue - число, список чисел или диапазон чисел, rmabackadj строит гистограмму для указанного номера столбца (микросхемы).

Например:

(..., 'Showplot', 3,...) строит графики значений интенсивности в столбце 3 PMData.
(..., 'Showplot', [3,5,7],...) строит графики значений интенсивности в столбцах 3, 5 и 7 PMData.
(..., 'Showplot', 3:9,...) строит графики значений интенсивности в столбцах от 3 до 9 PMData.

Примеры

Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, который содержит данные уровня зонда Affymetrix, в том числе pmMatrixматрица значений интенсивности зонда PM из нескольких файлов CEL.
```
load prostatecancerrawdata
```
Произведите фоновую регулировку значений интенсивности зонда PM в матрице, pmMatrix, создание новой матрицы, BackgroundAdjustedMatrix.
```
 BackgroundAdjustedMatrix = rmabackadj(pmMatrix);
```
Выполните фоновую корректировку значений интенсивности зонда PM только в столбце 3 матрицы, pmMatrix, создание новой матрицы, BackgroundAdjustedChip3.
```
 BackgroundAdjustedChip3 = rmabackadj(pmMatrix(:,3));
```

prostatecancerrawdata.mat файл, использованный в предыдущем примере, содержит данные Best et al., 2005.

Ссылки

[1] Иризарри, Р.А., Хоббс, Б., Коллин, Ф., Бизер-Барклай, Ю.Д., Антонеллис, К.Ж., Шерф, У., Скорость, Т.П. (2003). Исследование, нормализация и резюме данных уровня зонда олигонуклеотидного массива высокой плотности. Биостатистика 4, 249-264.

[2] Болстад, Б. (2005). «affy: встроенные методы обработки» https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/ inst/doc/builtinMethods.pdf

[3] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собирается, Я., Эриксон, Х. С., Георгевич, Л., Тангреа, М. А., Дюрей, П.Х., Гонсалес, С., Веласко, А., Линехан, В.М., Матусик, Р.Дж., Прайс, Д.К., Фигг, В.Д., Эммерт-Бак, М.Р., и Чуакки, Р.Ф. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после терапии андрогенной абляцией. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.

См. также

Представлен в R2006a

Документация