gcrma

Выполнить корректировку фона, нормализацию квантилей и суммирование среднеполостных данных на уровне микрочипов Affymetrix

Синтаксис

ExpressionMatrix = gcrma(PMMatrix, MMMatrix, ProbeIndices, AffinPM, AffinMM) ExpressionMatrix = gcrma(PMMatrix, MMMatrix, ProbeIndices, SequenceMatrix) ExpressionMatrix = gcrma(..., 'ChipIndex', ChipIndexValue, ...) ExpressionMatrix = gcrma(..., 'OpticalCorr', OpticalCorrValue, ...) ExpressionMatrix = gcrma(..., 'CorrConst', CorrConstValue, ...) ExpressionMatrix = gcrma(..., 'Method', MethodValue, ...) ExpressionMatrix = gcrma(..., 'TuningParam', TuningParamValue, ...) ExpressionMatrix = gcrma(..., 'GSBCorr', GSBCorrValue, ...) ExpressionMatrix = gcrma(..., 'Normalize', NormalizeValue, ...) ExpressionMatrix = gcrma(..., 'Verbose', VerboseValue, ...)

Входные аргументы

`PMMatrix`	Матрица значений интенсивности, где каждая строка соответствует зонду совершенного соответствия (PM), а каждый столбец соответствует файлу Affymetrix ® CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельной микросхемы. Все микросхемы должны быть одного типа .) Совет Вы можете использовать `PMIntensities` матрица, возвращенная `celintensityread` функция.
`MMMatrix`	Матрица значений интенсивности, где каждая строка соответствует зонду несоответствия (MM), а каждый столбец соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельной микросхемы. Все микросхемы должны быть одного типа.) Совет Вы можете использовать `MMIntensities` матрица, возвращенная `celintensityread` функция.
`ProbeIndices`	Вектор столбца, содержащий индексы зонда. Зонды в наборе зондов пронумерованы от 0 до N-1, где N - количество зондов в наборе зондов. Совет Вы можете использовать `affyprobeseqread` для создания этого вектора столбца.
`AffinPM`	Столбчатый вектор сродства РМ зонда. Совет Вы можете использовать `affyprobeaffinities` для создания этого вектора столбца.
`AffinMM`	Столбчатый вектор сродства зонда MM. Совет Вы можете использовать `affyprobeaffinities` для создания этого вектора столбца.
`SequenceMatrix`	Матрица N-by-25 информации о последовательности для зондов идеального соответствия (PM) в массиве Affymetrix GeneChip ®, где N - количество зондов в массиве. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует одной из 25 позиций последовательности. Нуклеотиды в последовательностях представлены одним из следующих целых чисел: `0` Ничего `1` - A `2` - C `3` - G `4` - Т Совет Вы можете использовать `affyprobeseqread` для создания этой матрицы. Если у вас есть эта информация о последовательности в буквенном представлении, вы можете преобразовать ее в целочисленное представление с помощью `nt2int` функция.
`ChipIndexValue`	Положительное целое число, указывающее индекс столбца в `MMMatrix`, которая определяет микросхему. Эти данные интенсивности чипов используются для вычисления сродства зондов. По умолчанию: `1`.
`OpticalCorrValue`	Управляет использованием оптической фоновой коррекции значений интенсивности PM и MM в `PMMatrix` и `MMMatrix`. Варианты: `true` (по умолчанию) или `false`.
`CorrConstValue`	Значение, определяющее корреляционную константу rho для фоновой интенсивности для каждой пары зондов PM/MM. Варианты - это любое значение `≥ 0` и `≤ 1`. По умолчанию: `0.7`.
`MethodValue`	Символьный вектор или строка, определяющая метод оценки сигнала. Варианты: `'MLE'`, более быстрый, специальный метод оценки максимального правдоподобия или `'EB'`, более медленный, более формальный, эмпирический метод Байеса. По умолчанию: `'MLE'`.
`TuningParamValue`	Значение, указывающее параметр настройки, используемый методом оценки. Этот параметр настройки устанавливает нижнюю границу значений сигнала с положительной вероятностью. Выбор - это положительное значение. По умолчанию: `5` (MLE) или `0.5` (EB). Совет Информацию об определении параметров для этого параметра см. в Wu et al., 2004.
`GSBCorrValue`	Указывает, следует ли выполнять коррекцию геноспецифического связывания (GSB) с использованием данных о сродстве зондов. Варианты: `true` (по умолчанию) или `false`. Если информация о сходстве зонда отсутствует, это свойство игнорируется.
`NormalizeValue`	Определяет, выполняется ли нормализация квантования для данных, скорректированных в фоновом режиме. Варианты: `true` (по умолчанию) или `false`.
`VerboseValue`	Управляет отображением отчета о ходе выполнения, показывающего количество каждой микросхемы по мере ее завершения. Варианты: `true` (по умолчанию) или `false`.

Выходные аргументы

ExpressionMatrix Матрица значений экспрессии _log2, где каждая строка соответствует гену (набору зондов), и каждый столбец соответствует файлу Affymetrix CEL, который представляет один чип.

Описание

ExpressionMatrix = gcrma(PMMatrix, MMMatrix, ProbeIndices, AffinPM, AffinMM) Выполняет корректировку фона GCRMA, нормализацию квантования и суммирование по среднему полю для данных уровня зонда микрочипа Affymrix с использованием данных сродства зонда. ExpressionMatrix является матрицей значений экспрессии _log2, где каждая строка соответствует гену (набору зондов), и каждый столбец соответствует файлу Affymetrix CEL, который представляет один чип.

Примечание

Нет столбца в ExpressionMatrix который содержит набор зондов или информацию о гене.

ExpressionMatrix = gcrma(PMMatrix, MMMatrix, ProbeIndices, SequenceMatrix) Выполняет корректировку фона GCRMA, нормализацию квантования и надежное среднее множество массивов (RMA) суммирования на данных уровня зонда микрочипа Affymetrix, используя данные последовательности зондов для вычисления данных сродства зондов. ExpressionMatrix является матрицей значений экспрессии _log2, где каждая строка соответствует гену (набору зондов), и каждый столбец соответствует файлу Affymetrix CEL, который представляет один чип.

Примечание

Если AffinPM и AffinMM данные о сродстве и SequenceMatrix данные последовательности недоступны, вы по-прежнему можете использовать gcrma путем ввода пустой матрицы для этих входных данных в синтаксис.

ExpressionMatrix = gcrma( ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования gcrma с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не чувствителен к регистру. Эти пары имя/значение свойства следующие:

ExpressionMatrix = gcrma(..., 'ChipIndex', ChipIndexValue, ...) вычисляет аффинности зонда на основе данных интенсивности зонда ММ из микросхемы с заданным индексом столбца в MMMatrix. Дефолт ChipIndexValue является 1. Если AffinPM и AffinMM предоставлены данные сходства, это свойство игнорируется.

ExpressionMatrix = gcrma(..., 'OpticalCorr', OpticalCorrValue, ...) управляет использованием оптической фоновой коррекции на значениях интенсивности PM и MM в PMMatrix и MMMatrix. Варианты: true (по умолчанию) или false.

ExpressionMatrix = gcrma(..., 'CorrConst', CorrConstValue, ...) определяет константу корреляции rho для фоновой интенсивности для каждой пары зондов PM/MM. Варианты - это любое значение ≥ 0 и ≤ 1. По умолчанию: 0.7.

ExpressionMatrix = gcrma(..., 'Method', MethodValue, ...) определяет метод оценки сигнала. Варианты: MLE, более быстрый, специальный метод оценки максимального правдоподобия или EB, более медленный, более формальный, эмпирический метод Байеса. По умолчанию: MLE.

ExpressionMatrix = gcrma(..., 'TuningParam', TuningParamValue, ...) задает параметр настройки, используемый методом оценки. Этот параметр настройки устанавливает нижнюю границу значений сигнала с положительной вероятностью. Выбор - это положительное значение. По умолчанию: 5 (MLE) или 0.5 (EB).

Совет

Информацию об определении параметров для этого параметра см. в Wu et al., 2004.

ExpressionMatrix = gcrma(..., 'GSBCorr', GSBCorrValue, ...) указывает, следует ли выполнять коррекцию специфического связывания генов (GSB) с использованием данных о сродстве зондов. Варианты: true (по умолчанию) или false. Если информация о сходстве зонда отсутствует, это свойство игнорируется.

ExpressionMatrix = gcrma(..., 'Normalize', NormalizeValue, ...) управляет тем, выполняется ли нормализация квантования для скорректированных в фоновом режиме данных. Варианты: true (по умолчанию) или false.

ExpressionMatrix = gcrma(..., 'Verbose', VerboseValue, ...) управляет отображением отчета о ходе выполнения, показывающего количество каждой микросхемы по мере ее завершения. Варианты: true (по умолчанию) или false.

Примеры

Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, который содержит данные Affymetrix из исследования рака предстательной железы. Переменные в MAT-файле включают seqMatrixматрица, содержащая информацию о последовательности для PM-зондов, pmMatrix и mmMatrix, матрицы, содержащие значения интенсивности зонда PM и MM, и probeIndicesвектор столбца, содержащий информацию индексации зонда.
```
load prostatecancerrawdata
```
Вычислите сродства зондов Affymetrix PM и MM по их последовательностям и интенсивностям зондов MM.
```
[apm, amm] = affyprobeaffinities(seqMatrix, mmMatrix(:,1),...
             'ProbeIndices', probeIndices);
```
Выполните корректировку фона GCRMA, нормализацию квантования и надежное среднее множество массивов (RMA) для данных уровня зонда микрочипа Affymetrix и создайте матрицу значений выражений.
```
expdata = gcrma(pmMatrix, mmMatrix, probeIndices, seqMatrix);
```

prostatecancerrawdata.mat файл, используемый в этом примере, содержит данные Best et al., 2005.

Ссылки

[1] Ву, З., Иризарри, Р.А., Джентльмен, Р., Мурильо, Ф.М., и Спенсер, Ф. (2004). Основанная на модели корректировка фона для массивов олигонуклеотидной экспрессии. Журнал Американской статистической ассоциации 99 (468), 909-917.

[2] Ву, З. и Иризарри, Р.А. (2005). Стохастические модели, вдохновленные теорией гибридизации для коротких олигонуклеотидных массивов. Работа РЕКОМБ в 2004 году. J Comput Biol. 12 (6), 882-93.

[3] Ву, З. и Иризарри, Р.А. (2005). Статистическая основа для анализа данных на уровне зондов микрочипов. Университет Джона Хопкинса, рабочие документы по биостатистике 73.

[4] Скорость, Т. (2006). Фоновые модели и GCRMA. Лекция 10, статистика 246, Калифорнийский университет в Беркли.

[5] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собирается, Я., Эриксон, Х. С., Георгевич, Л., Тангреа, М. А., Дюрей, П.Х., Гонсалес, С., Веласко, А., Линехан, В.М., Матусик, Р.Дж., Прайс, Д.К., Фигг, В.Д., Эммерт-Бак, М.Р., и Чуакки, Р.Ф. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после терапии андрогенной абляцией. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.

См. также

Представлен в R2007a

Документация