Exponenta Banner
exponenta event banner

bamsort

Сортировка файлов BAM

свернуть все на странице

Синтаксис

sortedFile = bamsort (inFile)
bamsort (inFile, outFile)

Описание

пример

sortedFile = bamsort(inFile) сортировка файла BAM inFile и возвращает имя отсортированного BAM-файла sortedFile. Функция сначала сортирует записи выравнивания по имени ссылочной последовательности, а затем по положению в привязке.

пример

bamsort(inFile,outFile) виды inFile и создает отсортированный файл BAM с именем outFile.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Сортируйте образец файла BAM. Отсортированный файл имеет то же базовое имя, что и входной файл, но с расширением ".sorted.bam". По умолчанию отсортированный файл сохраняется в текущей папке.

sortedFile = bamsort("ex1.bam")
sortedFile = 
"ex1.sorted.bam"

Можно изменить имя выходного файла, указав его в качестве второго ввода.

bamsort("ex1.bam","sortedEx1.bam")
ans = 
"sortedEx1.bam"

Можно также сохранить выходной файл в существующем каталоге, предоставив информацию о пути к файлу. 

mkdir("./OutputEx1BAM");
bamsort("ex1.bam","./OutputEx1BAM/sortedEx1.bam")
ans = 
"./OutputEx1BAM/sortedEx1.bam"

Входные аргументы

свернуть все

Имя входного файла BAM для сортировки, указанное как строковый или символьный вектор. Можно указать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь расширение .bam.

Пример: "./InputData/ex1.bam"

Типы данных: char | string

Имя выходного BAM-файла, указанного как строковый или символьный вектор. Можно указать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь расширение .bam. Файл сохраняется в текущей папке по умолчанию, если не указана информация о пути. Если указан путь к файлу, перед запуском функции должны существовать перечисленные каталоги.

Пример: "./OutputData/ex1Sorted.bam"

Типы данных: char | string

Выходные аргументы

свернуть все

Имя выходного BAM-файла, возвращаемого в виде строки. sortedFile имеет то же базовое имя, что и inFile но с расширением .sorted.bam. По умолчанию файл сохраняется в текущей папке.

См. также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Представлен в R2019b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка