Exponenta Banner
exponenta event banner

samsort

Сортировка файлов SAM

свернуть все на странице

Синтаксис

sortedFile = samsort (inFile)
samsort (inFile, outFile)

Описание

пример

sortedFile = samsort(inFile) сортировка файла SAM inFile и возвращает имя отсортированного SAM-файла sortedFile. Функция сначала сортирует записи выравнивания по имени ссылочной последовательности, а затем по положению в привязке.

пример

samsort(inFile,outFile) виды inFile и создает отсортированный SAM-файл с именем outFile.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Сортировать образец файла SAM. Отсортированный файл имеет то же базовое имя, что и входной файл, но с расширением ".sorted.sam". По умолчанию отсортированный файл сохраняется в текущей папке.

sortedFile = samsort("ex1.sam")
sortedFile = 
"ex1.sorted.sam"

Можно изменить имя выходного файла, указав его в качестве второго ввода.

samsort("ex1.sam","sortedEx1.sam")
ans = 
"sortedEx1.sam"

Можно также сохранить выходной файл в существующем каталоге, предоставив информацию о пути к файлу. 

mkdir("./OutputEx1SAM");
samsort("ex1.sam","./OutputEx1SAM/sortedEx1.sam")
ans = 
"./OutputEx1SAM/sortedEx1.sam"

Входные аргументы

свернуть все

Имя входного SAM-файла для сортировки, указанного как строковый или символьный вектор. Можно указать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь расширение .sam.

Пример: "./InputData/ex1.sam"

Типы данных: char | string

Имя выходного SAM-файла, указанного как строковый или символьный вектор. Можно указать имя файла или путь и имя файла. Имя файла должно иметь расширение .sam. Файл сохраняется в текущей папке по умолчанию, если не указана информация о пути. Если указан путь к файлу, перед запуском функции должны существовать перечисленные каталоги.

Пример: "./OutputData/ex1Sorted.sam"

Типы данных: char | string

Выходные аргументы

свернуть все

Имя выходного SAM-файла, возвращаемого в виде строки. sortedFile имеет то же базовое имя, что и inFile но с расширением .sorted.sam. По умолчанию файл сохраняется в текущей папке.

См. также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Представлен в R2019b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка