Класс: BioMap
Установить сигнатуру (информацию об трассе) для BioMap объект
NewObj = setSignature(BioObj, Signature)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature)NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с Signature свойство имеет значение Signatureмассив ячеек векторов символов в формате CIGAR, каждый из которых представляет то, как последовательность считывания выравнивается с эталонной последовательностью.
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с Signature свойство подмножества элементов, для которого установлено значение Signature, массив ячеек векторов символов в формате CIGAR, каждый из которых представляет последовательность считывания, заданную Subset, выровнять по ссылочной последовательности. Он задает сигнатуру только для элементов объекта, указанных Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Массив ячеек векторов символов в формате CIGAR, каждый из которых представляет, как последовательность считывания выравнивается по ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. |
|
Одно из следующих действий для указания подмножества элементов в
Примечание Отношение один к одному должно существовать между числом и порядком элементов в |
|
Объект |
Построить BioMap и затем задайте подмножество сигнатур:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Signature property of the second element to a new value
BMObj1 = setSignature(BMObj1, {'36M'}, 2);Обновление подписей в существующей BioMap объект, использовать тот же объект, что и вход BioObj и выходные данные NewObj.
При изменении последовательностей или начальных положений в объекте может потребоваться setSignature для изменения Signature свойство модифицированных последовательностей соответственно.
Альтернатива использованию setSignature метод обновления существующего объекта заключается в использовании индексации точек с помощью Signature свойство:
BioObj.Signature(Indices) = NewSignature
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек символьных векторов, содержащих заголовки последовательностей. NewSignature является символьным вектором или массивом ячеек символьных векторов в формате CIGAR, каждый из которых представляет то, как последовательность считывания выравнивается с эталонной последовательностью. Подпись может быть пустой. Indices и NewSignature должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.