Класс: BioMap
Установка начальных позиций выровненных последовательностей чтения в BioMap объект
NewObj = setStart(BioObj, Start)
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)
NewObj = setStart(BioObj, Start)NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с Start свойство имеет значение Startвектор положительных целых чисел, задающий начальные позиции выровненных считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. Изменение Start свойство сдвигает выровненные последовательности.
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с Start свойство подмножества элементов, для которого установлено значение Startвектор положительных целых чисел, задающий начальные позиции выровненных считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. Задает начальные позиции только для элементов объекта, указанных в Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Вектор положительных целых чисел, задающий начальные позиции выровненных считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих действий для указания подмножества элементов в
Примечание Отношение один к одному должно существовать между числом и порядком элементов в |
|
Объект |
Построить BioMap объект, а затем задайте подмножество значений начала последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Start property of the second element to a new value
BMObj1 = setStart(BMObj1, 5, 2);Обновление начальных позиций в существующем BioMap объект, использовать тот же объект, что и вход BioObj и выходные данные NewObj.
При изменении последовательностей или сигнатур в объекте может потребоваться setStart для изменения Start для соответствующего смещения выравнивания измененных последовательностей.
Альтернатива использованию setStart метод обновления существующего объекта заключается в использовании индексации точек с помощью Start свойство:
BioObj.Start(Indices) = NewStart
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек символьных векторов, содержащих заголовки последовательностей. NewStart - вектор целых чисел, задающий начальные позиции выровненных считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. Indices и NewStart должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.