Exponenta Banner
exponenta event banner

bowtiebuild

Создание индекса с помощью преобразования Берроуза-Уилера

свернуть все на странице

Синтаксис

bowtiebuild (вход, имя базы индекса)
bowtiebuild (вход, indexBaseName, 'BowtiaBuildOptions', параметры)

Описание

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName) строит индекс с использованием ссылочной последовательности (последовательностей) вinputи сохраняет его в индексный файл indexBaseName.

Примечание

bowtiebuild выполняется только на платформах Mac и UNIX ®.

пример

bowtiebuild(input,indexBaseName,'BowtieBuildOptions',options) указывает дополнительные параметры.

Примеры

свернуть все

Загрузите геном кишечной палочки из NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Построение индекса Bowtie с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Входные аргументы

свернуть все

Файлы в формате FASTA со ссылочными последовательностями для индексирования, заданными как символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов. Используйте массив ячеек символьных векторов или строковых векторов для указания нескольких файлов.

Имя индексированного ссылочного файла, заданного как символьный вектор или строка, содержащая путь и базовое имя для результирующего индексного файла Bowtie.

Дополнительный bowtiebuild параметры, указанные как символьный вектор или строка для любого допустимого bowtiebuild варианты. Напечатать bowtiebuild('--help') для доступных опций.

Пример: '-t 5 -C'

Совет

  • Более подробную информацию об алгоритме Bowtie (версия 0.12.7) можно найти по адресу http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.

  • Некоторые предварительно созданные индексные файлы для модельных организмов можно загрузить непосредственно из репозитория Bowtie.

См. также

| | | | | |

Представлен в R2012b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка