Exponenta Banner
exponenta event banner

галстук-бабочка

Отображение коротких чтений в ссылочную последовательность с помощью преобразования Берроуза-Уилера

свернуть все на странице

Синтаксис

bowtie (indexBaseName, чтение, outputFileName)
bowtie (indexBaseName, чтение, outputFileName, имя, значение)

Описание

пример

bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName) выравнивает операции чтения, указанные в reads к индексированной ссылке, указанной indexBaseNameи записывает результаты в файл в формате BAM outputFileName.

Примечание

bowtie выполняется только на платформах Mac и UNIX ®.

bowtie(indexBaseName,reads,outputFileName,Name,Value) выравнивает чтения с помощью дополнительных параметров, заданных одним или несколькими аргументами пары имя-значение.

Примеры

свернуть все

Загрузите геном кишечной палочки из NCBI.

getgenbank('NC_008253','tofile','NC_008253.fna','SequenceOnly',true)

Построение индекса Bowtie с базовым именем ECOLI.

bowtiebuild('NC_008253.fna','ECOLI')

Найти путь к примеру файла FASTQ ecoli100.fq, которая имеет короткие чтения E. Coli.

fastqfile = which('ecoli100.fq')

Выровнять короткие чтения в ecoli100.fq к построенному индексу с базовым именем ECOLI.

bowtie('ECOLI',fastqfile,'ecoli100.bam')

Доступ к сопоставленным чтениям с помощью BioMap.

bm = BioMap('ecoli100.bam')

bm = 

BioMap with properties:

    SequenceDictionary: {'gi|110640213|ref|NC_008253.1|'}
             Reference: [73x1 File indexed property]
             Signature: [73x1 File indexed property]
                 Start: [73x1 File indexed property]
        MappingQuality: [73x1 File indexed property]
                  Flag: [73x1 File indexed property]
          MatePosition: [73x1 File indexed property]
               Quality: [73x1 File indexed property]
              Sequence: [73x1 File indexed property]
                Header: [73x1 File indexed property]
                 NSeqs: 73
                  Name: ''

Входные аргументы

свернуть все

Имя индексированного ссылочного файла для краткого выравнивания для чтения, заданного как символьный вектор или строка, содержащая путь и базовое имя индексного файла Bowtie.

Короткие чтения для выравнивания по индексированной ссылке, заданной как символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, указывающих один или несколько файлов в формате FASTQ с входными считываниями.

Имя выходного файла, содержащего результаты короткой трассы чтения, заданного как символьный вектор или строка. По умолчанию выходной файл имеет формат BAM и bowtie автоматически добавляет .bam если оно отсутствует в имени файла.

Чтобы указать выходной файл в формате SAM, используйте аргумент пары имя-значение BamFileOutput,false. В этом случае bowtie автоматически добавляет .sam если оно отсутствует в имени файла.

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'BamFileOutput',false,'Paired',true указывает, что выходной файл имеет формат SAM, и bowtie выполняет попарно считанное выравнивание.

Индикатор формата выходного файла, указанный как пара, разделенная запятыми, состоящая из 'BamFileOutput' и либо true или false.

  • Если true (по умолчанию), то выходной файл имеет формат BAM с .bam расширение.

  • Если false, то выходной файл имеет формат SAM с .sam расширение.

bowtie автоматически добавляет соответствующее расширение файла, если оно отсутствует во входном аргументе outputFileName.

Пример: 'BamFileOutput',false

Типы данных: logical

Индикатор производительности совмещения с парным считыванием, определяемый как пара, разделенная запятыми, состоящая из 'Paired' и либо true или false (значение по умолчанию). Если false, то bowtie выполняет попарно считанное выравнивание с использованием нечетных элементов в reads как восходящие пары и четные элементы в reads в качестве нижестоящих пар.

Пример: 'Paired',true

Типы данных: logical

Дополнительный bowtie параметры, указанные как символьный вектор или строка для любого допустимого bowtie варианты. Напечатать bowtie('--help') для доступных опций.

Пример: 'BowtieOptions','-k 5 -m 4'

Совет

  • Более подробную информацию об алгоритме Bowtie (версия 0.12.7) можно найти по адресу http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml.

  • Некоторые предварительно созданные индексные файлы для модельных организмов можно загрузить непосредственно из репозитория Bowtie.

См. также

| | | | | | |

Представлен в R2012b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка