CuffGFFReadOptions

Набор опций для cuffgffread

Описание

A CuffGFFReadOptions содержит параметры для cuffgffread функция, которая фильтрует и преобразует файлы GFF и GTF [1].

Создание

Синтаксис

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions (имя, значение)

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions (S)

Описание

пример

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions создает CuffGFFReadOptions со значениями свойств по умолчанию.

CuffGFFReadOptions требуется пакет поддержки «Запонки» для Toolbox™ биоинформатики. Если пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

CuffGFFReadOptions поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(Name,Value) задает свойства объекта, используя один или несколько аргументов пары имя-значение. Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions('DiscardSingleExon',true) отбрасывает транскрипты, охватывающие один экзон.

cuffgffreadOpt = CuffGFFReadOptions(S) указывает необязательные параметры с использованием вектора строки или символа S.

Входные аргументы

развернуть все

`S` — `cuffgffread` варианты
строка | символьный вектор

cuffgffread параметры, заданные как строковый или символьный вектор. S должен быть в оригинале gffread синтаксис опции (префикс одним или двумя тире).

Пример: '-U'

Свойства

развернуть все

`AppendDescription` - Флаг для добавления описаний файлов `descr` признак
`false` (по умолчанию) | `true`

Флажок для добавления описаний файлов из файлов последовательности в descr атрибут выходной записи GFF, указанный как true или false. Укажите файлы последовательности с помощью SequenceInfo вариант.

Пример: true

Типы данных: logical

`CheckOppositeStrand` - Флаг для проверки противоположной цепи при проверке на наличие стоп-кодонов в кадре
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для проверки противоположной цепи при проверке на наличие стоп-кодонов в кадре, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`CheckPhase` - Флаг для настройки фазы последовательности кодирования
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для настройки фазы кодирующей последовательности при проверке на наличие стоп-кодонов в кадре, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`Cluster` - Флаг для кластеризации входных транскриптов в локусы
`true` (по умолчанию) | `false`

Флаг для кластеризации входных транскриптов в локусы, указанные как true или false. Этот параметр совпадает с параметром Merge свойство, за исключением того, что оно не разрушает полностью содержащиеся транскрипты с идентичными интронами.

Пример: false

Типы данных: logical

`CodingOnly` - Флаг для отбрасывания транскриптов без кодирующей последовательности
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для отбрасывания транскриптов без функции последовательности кодирования (CDS), указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`CollapseContainer` - Флаг для свертывания полностью содержащихся стенограмм
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для свертывания полностью содержал транскрипты, которые короче с меньшим количеством интронов, чем контейнер, указанный как true или false. Это свойство применяется только при установке Merge кому true.

Пример: true

Типы данных: logical

`CollapseFull` - Флаг для свертывания более коротких транскриптов, перекрывающихся, по крайней мере, на 80% с другим экзоном
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для свертывания более коротких транскриптов, перекрывающих по меньшей мере 80% с другим транскриптом одного экзона, указанным как true или false. Это свойство применяется только при установке Merge кому true.

Пример: true

Типы данных: logical

`CoordinateRange` - Геномный диапазон для фильтрации транскриптов
строка | символьный вектор

Геномный диапазон для фильтрации транскриптов, указанный как строковый или символьный вектор. Формат должен быть "[[<strand>]<chr>:]<start>..<end>", где start и end - геномные положения, chr является необязательным именем хромосомы или контига и необязательным strand ('+' или '-').

Пример: “+NC_000912.1:4821..7340”

Типы данных: char | string

`DiscardInvalidCDS` - Флаг для игнорирования транскриптов мРНК, либо отсутствующих стартового или стоп-кодона, либо имеющих in-frame stop кодон
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для игнорирования транскриптов мРНК, либо не имеющих стартового или стоп-кодона, либо имеющих in-frame stop-кодон, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`DiscardNonCanonicalSplice` - Флаг для игнорирования многоэкзонных транскриптов мРНК, которые имеют интрон с неканонической последовательностью сплайсинга
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для игнорирования многоэкзонных транскриптов мРНК, которые имеют интрон с неканонической последовательностью сплайсинга, указанный как true или false. Неканоническая последовательность сращивания представляет собой любую последовательность сращивания, отличную от "GT-AG", "CG-AG", или "AT-AC".

Пример: true

Типы данных: logical

`DiscardSingleExon` - Флаг для игнорирования транскриптов, охватывающих один экзон
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для игнорирования транскриптов, охватывающих один экзон, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`DiscardTerminatedCDS` - Флаг для игнорирования транскриптов с кодоном in-frame stop
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для игнорирования транскриптов с внутрикадровым стоп-кодоном, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`ExtraCommand` - Дополнительные команды
`""` (по умолчанию) | символьный вектор | строка

Команды должны иметь собственный синтаксис (префикс одного или двух тире). Эта опция используется для применения флагов и флагов без документов без соответствующих свойств MATLAB ^®.

Когда программа преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, она сохраняет все нераспознанные флаги в этом свойстве.

Пример: "-E"

Типы данных: char | string

`FastaCDSFile` - Имя файла для сохранения сплайсированных кодовых последовательностей
строка | символьный вектор

Имя файла для сохранения сплайсированных кодовых последовательностей в формате FASTA, заданного как строковый или символьный вектор.

Пример: "splicedCoding.FASTA"

Типы данных: char | string

`FastaExonsFile` - Имя файла для сохранения связанных экзонов
строка | символьный вектор

Имя файла для сохранения связанных экзонов в формате FASTA, указанное как строковый или символьный вектор.

Пример: "splicedExon.FASTA"

Типы данных: char | string

`FastaProteinFile` - Имя файла для сохранения трансляции белка кодирующих последовательностей
строка | символьный вектор

Имя файла для сохранения трансляции белка кодирующих последовательностей в формате FASTA, заданного как строковый или символьный вектор.

Пример: "translated.FASTA"

Типы данных: char | string

`FirstExonOnly` - Флажок для разбора дополнительных атрибутов только из первого экзона
`false` (по умолчанию) | `true`

Флажок для анализа дополнительных атрибутов только из первого экзона, указанного как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`ForceExons` - Флажок для перечисления функций GFF нижнего уровня в качестве функций экзонов
`false` (по умолчанию) | `true`

Флажок для перечисления элементов GFF самого низкого уровня в качестве элементов экзонов в выходном файле, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`FullyContained` - Флаг для отбрасывания стенограмм, не полностью содержащихся
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для отбрасывания транскриптов, не содержащихся полностью в диапазоне, указанный как true или false. Укажите диапазон с помощью CoordinateRange вариант.

Пример: true

Типы данных: logical

`GTFOutput` - Флаг для вывода файлов транскриптов формата GTF
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для вывода файлов транскриптов формата GTF, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`IncludeAll` - Флаг для использования всех свойств объекта
`false` (по умолчанию) | `true`

Флажок для включения всех свойств объекта с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций, указанный как true или false. Свойства можно преобразовать в исходный синтаксис с помощью одного или двух тире (например, '-d 100 -e 80') с помощью getCommand. Значение по умолчанию false означает, что при звонке getCommand(optionsObject), он преобразует только указанные свойства. Если значение равно true, getCommand преобразует все доступные свойства с значениями по умолчанию для неопределенных свойств в исходный синтаксис.

Примечание

Если установить IncludeAll кому true, программа преобразует все доступные свойства со значениями по умолчанию для неопределенных свойств. Единственным исключением является то, что если значением по умолчанию свойства является NaN, Inf, [], '', или "", то программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.

Пример: true

Типы данных: logical

`MaxIntronLength` - Максимальная длина интрона для включения транскрипта в выходные данные
`Inf` (по умолчанию) | положительное целое число

Максимальная длина интрона для транскрипта, включаемого в выходной файл, заданная как положительное целое число. Inf, значение по умолчанию, не устанавливает ограничения на длину интрона.

Пример: 500

Типы данных: double

`Merge` - Флаг для слияния транскриптов с локусами
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для объединения транскриптов в локусы путем свертывания транскриптов с идентичными интронами, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`MergeCloseExons` - Флаг для объединения экзонов в один экзон
`false` (по умолчанию) | `true`

Флажок для объединения экзонов в один экзон, если он разделен менее чем 4 основными парами интронов, указанными как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`MergeInfoFile` - Имя файла для сохранения информации о дубликатах при объединении
строка | символьный вектор

Имя файла для сохранения информации о дубликатах при объединении, указанное как строковый или символьный вектор. Это свойство применяется только при установке Merge кому true.

Пример: "duplicates.txt"

Типы данных: char | string

`PreserveAttributes` - Флаг для сохранения всех атрибутов в выходных данных
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для сохранения всех атрибутов в выходном файле, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`Pseudo` - Флаг для фильтрации записей, содержащих «псевдо»
`true` (по умолчанию) | `false`

Флаг для фильтрации записей, содержащих слово «псевдо», указанное как true или false.

Пример: false

Типы данных: logical

`ReplacementTable` - Имя файла, содержащего таблицу замены
строка | символьный вектор

Имя файла, содержащего таблицу замены, заданную как строковый или символьный вектор. Таблица должна иметь два столбца, где первый столбец содержит исходные идентификаторы транскрипта, а второй столбец содержит новые идентификаторы транскрипта. Ниже приводится пример таблицы.

origTranscript1	newTranscript1
origTranscript2	newTranscript2
origTranscript3	newTranscript3

Если предоставляется таблица замены, функция заменяет идентификаторы транскриптов, найденные в первом столбце, новыми идентификаторами транскриптов из второго столбца и отфильтровывает те транскрипты, которые не найдены.

Пример: "replaceTbl.txt"

Типы данных: char | string

`SequenceFile` - Название файла формата FASTA, содержащего геномные последовательности
строка | символьный вектор

Имя файла формата FASTA, содержащего геномные последовательности для всех входных сопоставлений, указанных как строковый или символьный вектор.

Пример: "seqs.fasta"

Типы данных: char | string

`SequenceInfo` - Имя файла с разделителями табуляции с дополнительной информацией о последовательности ввода
строка | символьный вектор

Имя файла, разделенного табуляцией, с дополнительной информацией о каждой последовательности ввода, указанной как строковый или символьный вектор. Этот файл должен содержать три столбца: столбец имени последовательности, столбец длины последовательности и столбец описания последовательности. Если AppendDescription является trueописание последовательности включается в качестве атрибута в выходной файл GFF.

Пример: "seqinfo.txt"

Типы данных: char | string

`UrlDecode` - Флаг для декодирования символов в именах атрибутов в кодировке URL
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для декодирования символов в кодировке URL в именах атрибутов, указанный как true или false. Например, «transcript% 20description» декодируется в «transcript description».

Пример: true

Типы данных: logical

`UseEnsemblConversion` - Флаг для использования GTF-to-GFF3 метода преобразования из Ensembl
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для использования метода преобразования GTF-to-GFF3 из Ensembl, указанного как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`UseNonTranscript` - Флаг для включения нетранскриптовых записей GFF в выходной файл
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для включения нетранскриптовых GFF-записей в выходной файл, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`UseTrackName` - Флаг для использования имени дорожки во втором столбце выходной строки GFF
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для использования имени дорожки во втором столбце выходной строки GFF, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

`Version` - Поддерживаемая версия
последовательность

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия программного обеспечения оригинальных запонок, возвращаемая в виде строки.

Пример: "2.2.1"

Типы данных: string

`WriteCoordinates` - Флаг для записи координат экзонов, спроецированных на сращиваемую последовательность
`false` (по умолчанию) | `true`

Флаг для записи координат экзона, спроецированных на сращиваемую последовательность, указанный как true или false. Это свойство применяется только в том случае, если FastaExonsFile или FastaCDSFile указывается.

Пример: true

Типы данных: logical

Функции объекта

`getCommand`	Преобразовать свойства объекта в исходный синтаксис параметров
`getOptionsTable`	Возвращать таблицу со всеми свойствами и эквивалентными параметрами в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Создание объекта CuffGFFReadOptions

Создать CuffGFFReadOptions со значениями по умолчанию.

opt = CuffGFFReadOptions;

Создайте объект, используя пары имя-значение.

opt2 = CuffGFFReadOptions('DiscardSingleExon',true,'FastaExonsFile','exons.fa');

Создайте объект с помощью исходного синтаксиса.

opt3 = CuffGFFReadOptions('-U -w exons.fa')

Преобразовать GTF в формат GFF

Преобразование файла GTF в файл GFF с сохранением всех атрибутов.

cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrABOut.gff','PreserveAttributes',true)

Можно также задать параметры с помощью объекта. Например, укажите вывод в формате GTF.

opt = CuffGFFReadOptions;
opt.GTFOutput = true;
opt.PreserveAttributes = true;
cuffgffread('gyrAB.gtf','gyrABOut.gtf',opt);

При наличии объекта options можно извлечь эквивалентные исходные опции для всех свойств объекта с помощью getOptionsTable.

getOptionsTable(opt)

ans =

  33×3 table

                                        PropertyName                FlagName        FlagShortName
                                 ___________________________    ________________    _____________

    AppendDescription            'AppendDescription'            '-A'                    ''       
    CheckOppositeStrand          'CheckOppositeStrand'          '-B'                    ''       
    CheckPhase                   'CheckPhase'                   '-H'                    ''       
    Cluster                      'Cluster'                      '--cluster-only'        ''       
    CodingOnly                   'CodingOnly'                   '-C'                    ''       
    CollapseContainer            'CollapseContainer'            '-K'                    ''       
    CollapseFull                 'CollapseFull'                 '-Q'                    ''       
    CoordinateRange              'CoordinateRange'              '-r'                    ''       
    DiscardInvalidCDS            'DiscardInvalidCDS'            '-J'                    ''       
    DiscardNonCanonicalSplice    'DiscardNonCanonicalSplice'    '-N'                    ''       
    DiscardSingleExon            'DiscardSingleExon'            '-U'                    ''       
    DiscardTerminatedCDS         'DiscardTerminatedCDS'         '-V'                    ''       
    FastaCDSFile                 'FastaCDSFile'                 '-x'                    ''       
    FastaExonsFile               'FastaExonsFile'               '-w'                    ''       
    FastaProteinFile             'FastaProteinFile'             '-y'                    ''       
    FirstExonOnly                'FirstExonOnly'                '-G'                    ''       
    ForceExons                   'ForceExons'                   '--force-exons'         ''       
    FullyContained               'FullyContained'               '-R'                    ''       
    GTFOutput                    'GTFOutput'                    '-T'                    ''       
    MaxIntronLength              'MaxIntronLength'              '-i'                    ''       
    Merge                        'Merge'                        '--merge'               '-M'     
    MergeCloseExons              'MergeCloseExons'              '-Z'                    ''       
    MergeInfoFile                'MergeInfoFile'                '-d'                    ''       
    PreserveAttributes           'PreserveAttributes'           '-F'                    ''       
    Pseudo                       'Pseudo'                       '--no-pseudo'           ''       
    ReplacementTable             'ReplacementTable'             '-m'                    ''       
    SequenceFile                 'SequenceFile'                 '-g'                    ''       
    SequenceInfo                 'SequenceInfo'                 '-s'                    ''       
    UrlDecode                    'UrlDecode'                    '-D'                    ''       
    UseEnsemblConversion         'UseEnsemblConversion'         '-L'                    ''       
    UseNonTranscript             'UseNonTranscript'             '-O'                    ''       
    UseTrackName                 'UseTrackName'                 '-t'                    ''       
    WriteCoordinates             'WriteCoordinates'             '-W'                    ''

Ссылки

[1] Трапнелл, Коул, Брайан А Уильямс, Гео Пертеа, Али Мортазави, Гордон Кван, Марике Дж. ван Барен, Стивен Л Зальцберг, Барбара Дж. Уолд и Лиор Пэхтер. «Сборка и количественная оценка транскриптов с помощью РНК-Seq выявляет необъявленные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток». Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010 года): 511-15.

См. также

cuffcompare | cufflinks

Темы

Пакеты поддержки ПО инструментария для биоинформатики

Внешние веб-сайты

Манжеты вручную

Представлен в R2019a

Документация

CuffGFFReadOptions

Описание

Создание

Синтаксис

Описание

Входные аргументы

S — cuffgffread варианты строка | символьный вектор

Свойства

AppendDescription - Флаг для добавления описаний файлов descr признак false (по умолчанию) | true

CheckOppositeStrand - Флаг для проверки противоположной цепи при проверке на наличие стоп-кодонов в кадре false (по умолчанию) | true

CheckPhase - Флаг для настройки фазы последовательности кодирования false (по умолчанию) | true

Cluster - Флаг для кластеризации входных транскриптов в локусы true (по умолчанию) | false

CodingOnly - Флаг для отбрасывания транскриптов без кодирующей последовательности false (по умолчанию) | true

CollapseContainer - Флаг для свертывания полностью содержащихся стенограмм false (по умолчанию) | true

CollapseFull - Флаг для свертывания более коротких транскриптов, перекрывающихся, по крайней мере, на 80% с другим экзоном false (по умолчанию) | true

CoordinateRange - Геномный диапазон для фильтрации транскриптов строка | символьный вектор

DiscardInvalidCDS - Флаг для игнорирования транскриптов мРНК, либо отсутствующих стартового или стоп-кодона, либо имеющих in-frame stop кодон false (по умолчанию) | true

DiscardSingleExon - Флаг для игнорирования транскриптов, охватывающих один экзон false (по умолчанию) | true

DiscardTerminatedCDS - Флаг для игнорирования транскриптов с кодоном in-frame stop false (по умолчанию) | true

ExtraCommand - Дополнительные команды "" (по умолчанию) | символьный вектор | строка

FastaCDSFile - Имя файла для сохранения сплайсированных кодовых последовательностей строка | символьный вектор

FastaExonsFile - Имя файла для сохранения связанных экзонов строка | символьный вектор

FastaProteinFile - Имя файла для сохранения трансляции белка кодирующих последовательностей строка | символьный вектор

FirstExonOnly - Флажок для разбора дополнительных атрибутов только из первого экзона false (по умолчанию) | true

ForceExons - Флажок для перечисления функций GFF нижнего уровня в качестве функций экзонов false (по умолчанию) | true

FullyContained - Флаг для отбрасывания стенограмм, не полностью содержащихся false (по умолчанию) | true

GTFOutput - Флаг для вывода файлов транскриптов формата GTF false (по умолчанию) | true

IncludeAll - Флаг для использования всех свойств объекта false (по умолчанию) | true

MaxIntronLength - Максимальная длина интрона для включения транскрипта в выходные данные Inf (по умолчанию) | положительное целое число

Merge - Флаг для слияния транскриптов с локусами false (по умолчанию) | true

MergeCloseExons - Флаг для объединения экзонов в один экзон false (по умолчанию) | true

MergeInfoFile - Имя файла для сохранения информации о дубликатах при объединении строка | символьный вектор

PreserveAttributes - Флаг для сохранения всех атрибутов в выходных данных false (по умолчанию) | true

Pseudo - Флаг для фильтрации записей, содержащих «псевдо» true (по умолчанию) | false

ReplacementTable - Имя файла, содержащего таблицу замены строка | символьный вектор

SequenceFile - Название файла формата FASTA, содержащего геномные последовательности строка | символьный вектор

SequenceInfo - Имя файла с разделителями табуляции с дополнительной информацией о последовательности ввода строка | символьный вектор

UrlDecode - Флаг для декодирования символов в именах атрибутов в кодировке URL false (по умолчанию) | true

UseEnsemblConversion - Флаг для использования GTF-to-GFF3 метода преобразования из Ensembl false (по умолчанию) | true

UseNonTranscript - Флаг для включения нетранскриптовых записей GFF в выходной файл false (по умолчанию) | true

UseTrackName - Флаг для использования имени дорожки во втором столбце выходной строки GFF false (по умолчанию) | true

Version - Поддерживаемая версия последовательность

WriteCoordinates - Флаг для записи координат экзонов, спроецированных на сращиваемую последовательность false (по умолчанию) | true

Функции объекта

Примеры

Создание объекта CuffGFFReadOptions

Преобразовать GTF в формат GFF

Ссылки

См. также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка

`S` — `cuffgffread` варианты
строка | символьный вектор

`AppendDescription` - Флаг для добавления описаний файлов `descr` признак
`false` (по умолчанию) | `true`

`CheckOppositeStrand` - Флаг для проверки противоположной цепи при проверке на наличие стоп-кодонов в кадре
`false` (по умолчанию) | `true`

`CheckPhase` - Флаг для настройки фазы последовательности кодирования
`false` (по умолчанию) | `true`

`Cluster` - Флаг для кластеризации входных транскриптов в локусы
`true` (по умолчанию) | `false`

`CodingOnly` - Флаг для отбрасывания транскриптов без кодирующей последовательности
`false` (по умолчанию) | `true`

`CollapseContainer` - Флаг для свертывания полностью содержащихся стенограмм
`false` (по умолчанию) | `true`

`CollapseFull` - Флаг для свертывания более коротких транскриптов, перекрывающихся, по крайней мере, на 80% с другим экзоном
`false` (по умолчанию) | `true`

`CoordinateRange` - Геномный диапазон для фильтрации транскриптов
строка | символьный вектор

`DiscardInvalidCDS` - Флаг для игнорирования транскриптов мРНК, либо отсутствующих стартового или стоп-кодона, либо имеющих in-frame stop кодон
`false` (по умолчанию) | `true`

`DiscardSingleExon` - Флаг для игнорирования транскриптов, охватывающих один экзон
`false` (по умолчанию) | `true`

`DiscardTerminatedCDS` - Флаг для игнорирования транскриптов с кодоном in-frame stop
`false` (по умолчанию) | `true`

`ExtraCommand` - Дополнительные команды
`""` (по умолчанию) | символьный вектор | строка

`FastaCDSFile` - Имя файла для сохранения сплайсированных кодовых последовательностей
строка | символьный вектор

`FastaExonsFile` - Имя файла для сохранения связанных экзонов
строка | символьный вектор

`FastaProteinFile` - Имя файла для сохранения трансляции белка кодирующих последовательностей
строка | символьный вектор

`FirstExonOnly` - Флажок для разбора дополнительных атрибутов только из первого экзона
`false` (по умолчанию) | `true`

`ForceExons` - Флажок для перечисления функций GFF нижнего уровня в качестве функций экзонов
`false` (по умолчанию) | `true`

`FullyContained` - Флаг для отбрасывания стенограмм, не полностью содержащихся
`false` (по умолчанию) | `true`

`GTFOutput` - Флаг для вывода файлов транскриптов формата GTF
`false` (по умолчанию) | `true`

`IncludeAll` - Флаг для использования всех свойств объекта
`false` (по умолчанию) | `true`

`MaxIntronLength` - Максимальная длина интрона для включения транскрипта в выходные данные
`Inf` (по умолчанию) | положительное целое число

`Merge` - Флаг для слияния транскриптов с локусами
`false` (по умолчанию) | `true`

`MergeCloseExons` - Флаг для объединения экзонов в один экзон
`false` (по умолчанию) | `true`

`MergeInfoFile` - Имя файла для сохранения информации о дубликатах при объединении
строка | символьный вектор

`PreserveAttributes` - Флаг для сохранения всех атрибутов в выходных данных
`false` (по умолчанию) | `true`

`Pseudo` - Флаг для фильтрации записей, содержащих «псевдо»
`true` (по умолчанию) | `false`

`ReplacementTable` - Имя файла, содержащего таблицу замены
строка | символьный вектор

`SequenceFile` - Название файла формата FASTA, содержащего геномные последовательности
строка | символьный вектор

`SequenceInfo` - Имя файла с разделителями табуляции с дополнительной информацией о последовательности ввода
строка | символьный вектор

`UrlDecode` - Флаг для декодирования символов в именах атрибутов в кодировке URL
`false` (по умолчанию) | `true`

`UseEnsemblConversion` - Флаг для использования GTF-to-GFF3 метода преобразования из Ensembl
`false` (по умолчанию) | `true`

`UseNonTranscript` - Флаг для включения нетранскриптовых записей GFF в выходной файл
`false` (по умолчанию) | `true`

`UseTrackName` - Флаг для использования имени дорожки во втором столбце выходной строки GFF
`false` (по умолчанию) | `true`

`Version` - Поддерживаемая версия
последовательность

`WriteCoordinates` - Флаг для записи координат экзонов, спроецированных на сращиваемую последовательность
`false` (по умолчанию) | `true`