nt2aa

Преобразование нуклеотидной последовательности в аминокислотную последовательность

Синтаксис

SeqAA = nt2aa(SeqNT) SeqAA = nt2aa(..., 'Frame', FrameValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'ACGTOnly', ACGTOnlyValue, ...)

Входные аргументы

`SeqNT`	Одно из следующих: Символьный вектор или строка, содержащая однобуквенные коды, определяющие нуклеотидную последовательность. Допустимые коды букв см. в таблице Отображение кодов нуклеотидных букв на целые числа. Вектор ряда целых чисел, определяющих нуклеотидную последовательность. Допустимые целые числа см. в таблице Отображение нуклеотидных целых чисел в буквенные коды. Структура MATLAB ®, содержащая `Sequence` поле, которое содержит нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная `fastaread`, `fastqread`, `emblread`, `getembl`, `genbankread`, или `getgenbank` Примечание Дефисы действительны только в том случае, если кодон, которому он принадлежит, представляет собой пробел, то есть кодон содержит все дефисы. Пример: `ACT---TGA` Совет Не использовать последовательность с дефисами при указании `'all'` для `FrameValue`.
`FrameValue`	Целое число, символьный вектор или строка, задающая рамку считывания в нуклеотидной последовательности. Варианты: `1`, `2`, `3`, или `'all'`. По умолчанию: `1`. Если `FrameValue` является `'all'`, то `SeqAA` является массивом ячеек 3 на 1.
`GeneticCodeValue`	Целое число, символьный вектор или строка, указывающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию: `1` или `'Standard'`. Совет При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени.
`AlternativeStartCodonsValue`	Контролирует трансляцию альтернативных кодонов. Варианты: `true` (по умолчанию) или `false`.
`ACGTOnlyValue`	Управляет поведением неоднозначных нуклеотидных символов (`R`, `Y`, `K`, `M`, `S`, `W`, `B`, `D`, `H`, `V`, и `N`) и неизвестные символы. `ACGTOnlyValue` может быть `true` (по умолчанию) или `false`. Если `true`, то ошибки функции, если присутствуют какие-либо из этих символов. Если `false`, то функция пытается разрешить неоднозначности. Если он не может, он возвращается `X` для пораженного кодона.

Выходные аргументы

SeqAA Аминокислотная последовательность, определяемая символьным вектором однобуквенных кодов.

Описание

SeqAA = nt2aa(SeqNT) преобразует нуклеотидную последовательность, указанную SeqNT, к аминокислотной последовательности, возвращенной в SeqAA, используя стандартный генетический код.

SeqAA = nt2aa(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования nt2aa с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

SeqAA = nt2aa(..., 'Frame', FrameValue, ...) преобразует нуклеотидную последовательность для конкретной рамки считывания в аминокислотную последовательность. Варианты: 1, 2, 3, или 'all'. По умолчанию: 1. Если FrameValue является 'all', затем вывод SeqAA является массивом ячеек 3 на 1.

SeqAA = nt2aa(..., 'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) определяет генетический код для использования при преобразовании нуклеотидной последовательности в аминокислотную последовательность. GeneticCodeValue может быть целым числом, символьным вектором или строкой, указывающей кодовый номер или кодовое имя из таблицы Генетический код. По умолчанию: 1 или 'Standard'. Картирование аминокислотно-нуклеотидного кодона для стандартного генетического кода показано в таблице Стандартный генетический код.

Совет

При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени.

SeqAA = nt2aa(..., 'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) контролирует трансляцию альтернативных стартовых кодонов. По умолчанию AlternativeStartCodonsValue имеет значение trueи если первый кодон последовательности является известным альтернативным стартовым кодоном, кодон транслируется в метионин.

Если для этой опции установлено значение false, то альтернативный стартовый кодон в начале последовательности транслируется в его соответствующую аминокислоту в генетическом коде, который вы указываете, который не обязательно может быть метионином. Например, в митохондриальном генетическом коде человека AUA и AUU известны альтернативные стартовые кодоны. Для получения дополнительной информации об альтернативных стартовых кодонах посетите https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1.

Дополнительные сведения об альтернативных стартовых кодонах см. в разделе:

www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1

Генетический код

Кодовый номер	Кодовое имя
`1`	`Standard`
`2`	`Vertebrate Mitochondrial`
`3`	`Yeast Mitochondrial`
`4`	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
`5`	`Invertebrate Mitochondrial`
`6`	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
`9`	`Echinoderm Mitochondrial`
`10`	`Euplotid Nuclear`
`11`	`Bacterial` и `Plant Plastid`
`12`	`Alternative Yeast Nuclear`
`13`	`Ascidian Mitochondrial`
`14`	`Flatworm Mitochondrial`
`15`	`Blepharisma Nuclear`
`16`	`Chlorophycean Mitochondrial`
`21`	`Trematode Mitochondrial`
`22`	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
`23`	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Стандартный генетический код

Название аминокислоты	Аминокислотный код	Нуклеотидный кодон
Аланин	`A`	`GCT GCC GCA GCG`
Аргинин	`R`	`CGT CGC CGA CGG AGA AGG`
Аспарагин	`N`	`AAT AAC`
Аспарагиновая кислота (аспартат)	`D`	`GAT GAC`
Цистеин	`C`	`TGT TGC`
Глютамин	`Q`	`CAA CAG`
Глутаминовая кислота (глутамат)	`E`	`GAA GAG`
Глицин	`G`	`GGT GGC GGA GGG`
Гистидин	`H`	`CAT CAC`
Изолейцин	`I`	`ATT ATC ATA`
Лейцин	`L`	`TTA TTG CTT CTC CTA CTG`
Лизин	`K`	`AAA AAG`
Метионин	`M`	`ATG`
Фенилаланин	`F`	`TTT TTC`
Пролин	`P`	`CCT CCC CCA CCG`
Серин	`S`	`TCT TCC TCA TCG AGT AGC`
Треонин	`T`	`ACT ACC ACA ACG`
Триптофан	`W`	`TGG`
Тирозин	`Y`	`TAT, TAC`
Валин	`V`	`GTT GTC GTA GTG`
Аспарагин или аспарагиновая кислота (аспартат)	`B`	Случайный кодон из `D` и `N`
Глутамин или глутаминовая кислота (глутамат)	`Z`	Случайный кодон из `E` и `Q`
Неизвестная аминокислота (любая аминокислота)	`X`	Случайный кодон
Остановка перевода	`*`	`TAA TAG TGA`
Разрыв неопределенной длины	`-`	`---`
Неизвестный символ (любой символ или символ, отсутствующий в таблице)	`?`	`???`

SeqAA = nt2aa(..., 'ACGTOnly', ACGTOnlyValue, ...) управляет поведением неоднозначных нуклеотидных символов (R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V, и N) и неизвестные символы. ACGTOnlyValue может быть true (по умолчанию) или false. Если true, то ошибки функции, если присутствуют какие-либо из этих символов. Если false, то функция пытается разрешить неоднозначности. Если он не может, он возвращается X для пораженного кодона.

Примеры

Пример 48. Преобразование гена ND1

Используйте getgenbank функция извлечения геномной информации для митохондриона человека из базы данных GenBank ® и сохранения ее в структуре MATLAB.

mitochondria = getgenbank('NC_012920')

mitochondria = 

                LocusName: 'NC_012920'
      LocusSequenceLength: '16569'
     LocusNumberofStrands: ''
            LocusTopology: 'circular'
        LocusMoleculeType: 'DNA'
     LocusGenBankDivision: 'PRI'
    LocusModificationDate: '05-MAR-2010'
               Definition: 'Homo sapiens mitochondrion, complete genome.'
                Accession: 'NC_012920 AC_000021'
                  Version: 'NC_012920.1'
                       GI: '251831106'
                  Project: []
                   DBLink: 'Project:30353'
                 Keywords: []
                  Segment: []
                   Source: 'mitochondrion Homo sapiens (human)'
           SourceOrganism: [4x65 char]
                Reference: {1x7 cell}
                  Comment: [24x67 char]
                 Features: [933x74 char]
                      CDS: [1x13 struct]
                 Sequence: [1x16569 char]
                SearchURL: [1x70 char]
              RetrieveURL: [1x104 char]

Определите название и местоположение первого гена в митохондрионе человека.
```
mitochondria.CDS(1).gene
```
```
ans =

ND1
```
```
mitochondria.CDS(1).location
```
```
ans =

3307..4262
```
Извлекают последовательность для гена ND1 из нуклеотидной последовательности.
```
ND1gene = mitochondria.Sequence(3307:4262);
```
Преобразование гена ND1 в геноме митохондрий человека в аминокислотную последовательность с использованием митохондриального генетического кода позвоночных.
```
protein1 = nt2aa(ND1gene,'GeneticCode', 2);
```
Используйте getgenpept функция извлечения той же аминокислотной последовательности из базы данных GenPept.
```
protein2 = getgenpept('YP_003024026', 'SequenceOnly', true);
```
Используйте isequal функция сравнения двух аминокислотных последовательностей.
```
isequal (protein1, protein2)

ans =

     1
```

Пример 49. Преобразование гена ND2

Используйте getgenbank функция извлечения нуклеотидной последовательности для митохондриона человека из базы данных GenBank.
```
mitochondria = getgenbank('NC_012920');
```
Определите название и местоположение второго гена в митохондрионе человека.
```
mitochondria.CDS(2).gene
```
```
ans =

ND2
```
```
mitochondria.CDS(2).location
```
```
ans =

4470..5511
```
Извлекают последовательность для гена ND2 из нуклеотидной последовательности.
```
ND2gene = mitochondria.Sequence(4470:5511);
```
Преобразование гена ND2 в геноме митохондрий человека в аминокислотную последовательность с использованием митохондриального генетического кода позвоночных.
```
protein1 = nt2aa(ND2gene,'GeneticCode', 2);
```
Примечание
В ND2gene нуклеотидная последовательность, первый кодон ATT, который переводится на M, в то время как последующие ATT кодоны транслируются в I. Если установить 'AlternativeStartCodons' кому false, то первый ATT кодон переводится в I, соответствующая аминокислота в митохондриальном генетическом коде позвоночного.
Используйте getgenpept функция извлечения той же аминокислотной последовательности из базы данных GenPept.
```
protein2 = getgenpept('YP_003024027', 'SequenceOnly', true);
```
Используйте isequal функция сравнения двух аминокислотных последовательностей.
```
isequal (protein1, protein2)

ans =

     1
```

Пример 50. Преобразование последовательности с неоднозначными символами

Если имеется последовательность с неоднозначными или неизвестными нуклеотидными символами, можно установить 'ACGTOnly' свойство для false чтобы иметь nt2aa функция пытается разрешить их:

nt2aa('agttgccgacgcgcncar','ACGTOnly', false)

ans =

SCRRAQ

См. также

Представлен до R2006a

Документация