dnds

Оценка синонимичных и несинонимичных показателей замещения

Синтаксис

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Method', MethodValue, ...) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Window', WindowValue, ...) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'AdjustStops', AdjustStopsValue, ...) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Verbose', VerboseValue, ...)

Входные аргументы

`SeqNT1`, `SeqNT2`	Нуклеотидные последовательности. Введите символьный вектор, строку или структуру с полем `Sequence`.
`GeneticCodeValue`	Свойство для указания генетического кода. Введите кодовый номер, символьный вектор или строку с кодовым именем из таблицы Генетический код. Если используется кодовое имя, его можно усечь до первых двух символов. По умолчанию: `1` или `Standard`.
`MethodValue`	Символьный вектор или строка, задающая метод вычисления коэффициентов замещения. Возможны следующие варианты: `NG` (по умолчанию) - метод Неи-Годжобори (1986) использует число синонимичных и несинонимичных замен и число потенциально синонимичных и несинонимичных сайтов. На основе модели Джукса-Кантора. `LWL` - Метод Ли-У-Лу (1985) использует число переходных и поперечных замен на трех различных уровнях вырождения генетического кода. На основе двухпараметрической модели Кимуры. `PBL` - метод Памило-Бьянки-Ли (1993) аналогичен методу Ли-У-Ло, но с коррекцией смещения. Используйте этот метод, если число переходов намного больше числа поперечных.
`WindowValue`	Целое число, указывающее размер скользящего окна в кодонах для вычисления скоростей замещения и дисперсий.
`AdjustStopsValue`	Управляет исключением стоп-кодонов из вычислений. Варианты: `true` (по умолчанию) или `false`.
`VerboseValue`	Свойство контролировать отображение кодонов, рассматриваемых в вычислениях, и их аминокислотные трансляции. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию). Совет Определить `true` для использования этого дисплея для проверки вручную выравнивания кодонов двух входных последовательностей. Наличие стоп-кодонов (``) в аминокислотной трансляции может указывать, что `SeqNT1`* и `SeqNT2` не выровнены по кодонам.

Выходные аргументы

`Dn`	Несинонимическая (ые) частота (ы) замещения.
`Ds`	Синонимичная (ые) частота (ы) замещения.
`Vardn`	Отклонение для несинонимических коэффициентов замещения.
`Vards`	Дисперсия для синонимичных скоростей замещения.

Описание

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2) оценивает синонимичные и несинонимичные скорости замещения на сайт между двумя гомологичными нуклеотидными последовательностями, SeqNT1 и SeqNT2, сравнивая кодоны с использованием метода Nei-Gojobori.

dnds возвращает:

Dn - Несинонимическая (ые) частота (ы) замещения.
Ds - Синонимичная (ые) частота (ы) замещения.
Vardn - Отклонение для несинонимических коэффициентов замещения.
Vards - Дисперсия для синонимичных скоростей замены.

Этот анализ:

Предполагает, что нуклеотидные последовательности, SeqNT1 и SeqNT2, являются кодонноориентированными, то есть не имеют сдвигов кадров
Совет
Если ваши последовательности не выровнены по кодонам, используйте nt2aa функция, чтобы преобразовать их в аминокислотные последовательности, используйте nwalign для их глобального выравнивания, затем используйте seqinsertgaps функция выделения соответствующих нуклеотидных последовательностей, выровненных по кодону. Например, см. Оценка синонимических и несинонимических скоростей замещения между двумя нуклеотидными последовательностями.
Исключает кодоны, которые включают неоднозначные нуклеотидные символы или пробелы
Рассматривает количество кодонов в более короткой из двух нуклеотидных последовательностей

Внимание

Если SeqNT1 и SeqNT2 слишком короткие или слишком расходящиеся, насыщение может быть достигнуто, и dnds прибыль NaNs и предупреждающее сообщение.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования dnds с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) вычисляет синонимичность и несинонимичность замещения с использованием указанного генетического кода. Введите кодовый номер, символьный вектор или строку с кодовым именем из таблицы Генетический код. Если используется кодовое имя, его можно усечь до первых двух символов. По умолчанию: 1 или Standard.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Method', MethodValue, ...) позволяет вычислять синонимичные и несинонимичные скорости замещения с помощью следующих алгоритмов:

NG (по умолчанию) - метод Неи-Годжобори (1986) использует число синонимичных и несинонимичных замен и число потенциально синонимичных и несинонимичных сайтов. На основе модели Джукса-Кантора.
LWL - Метод Ли-У-Лу (1985) использует число переходных и поперечных замен на трех различных уровнях вырождения генетического кода. На основе двухпараметрической модели Кимуры.
PBL - метод Памило-Бьянки-Ли (1993) аналогичен методу Ли-У-Ло, но с коррекцией смещения. Используйте этот метод, если число переходов намного больше числа поперечных.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Window', WindowValue, ...) выполняет вычисления по скользящему окну, заданному в кодонах. Каждый вывод представляет собой массив, содержащий скорость или дисперсию для каждого окна.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'AdjustStops', AdjustStopsValue, ...) управляет исключением стоп-кодонов из расчетов. Варианты: true (по умолчанию) или false.

Совет

Когда 'AdjustStops' свойство имеет значение true, выполняются следующие условия:

Стоп-кодоны исключены из таблиц частот.
Пути, содержащие стоп-кодоны, не учитываются в методе Неи-Годжобори.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Verbose', VerboseValue, ...) контролирует отображение кодонов, рассматриваемых в расчетах, и их аминокислотные трансляции. Варианты: true или false (по умолчанию).

Совет

Определить true чтобы использовать этот дисплей для проверки вручную выравнивания кодонов двух входных последовательностей, SeqNT1 и SeqNT2. Наличие стоп-кодонов (*) в аминокислотной трансляции может указывать, что SeqNT1 и SeqNT2 не выровнены по кодонам.

Примеры

свернуть все

Оценка синонимических и несинонимических скоростей замещения между двумя нуклеотидными последовательностями

Открыть сценарий в реальном времени

Этот пример показывает, как оценить синонимичные и несинонимичные скорости замещения между двумя нуклеотидными последовательностями, которые не выровнены по кодонам.

В этом примере используются две нуклеотидные последовательности, представляющие ген HEXA человека (регистрационный номер NM_000520) и ген HEXA мыши (регистрационный номер AK080777).

Если у вас есть подключение к Интернету в реальном времени, вы можете использовать getgenbank функция для извлечения информации о последовательности из хранилища данных NCBI и загрузки данных в MATLAB ®.

humanHEXA = getgenbank('NM_000520');
mouseHEXA = getgenbank('AK080777');

Для удобства MATLAB предоставляет эти две последовательности в следующем файле мата. Следует отметить, что данные в общедоступных базах данных часто обновляются и обрабатываются, и результаты в этом примере могут немного отличаться при использовании последних данных.

load hexosaminidase.mat

Извлекают кодирующие области из двух нуклеотидных последовательностей.

humanHEXA_cds = featureparse(humanHEXA,'feature','CDS','Sequence',true);
mouseHEXA_cds = featureparse(mouseHEXA,'feature','CDS','Sequence',true);

Выравнивают аминокислотные последовательности, преобразованные из нуклеотидных последовательностей.

[sc,al] = nwalign(nt2aa(humanHEXA_cds),nt2aa(mouseHEXA_cds),'extendgap',1);

Используйте seqinsertgaps функция для копирования зазоров из выровненных аминокислотных последовательностей в их соответствующие нуклеотидные последовательности, таким образом, выравнивая их кодонами.

humanHEXA_aligned = seqinsertgaps(humanHEXA_cds,al(1,:))

humanHEXA_aligned = 
'atgacaagctccaggctttggttttcgctgctgctggcggcagcgttcgcaggacgggcgacggccctctggccctggcctcagaacttccaaacctccgaccagcgctacgtcctttacccgaacaactttcaattccagtacgatgtcagctcggccgcgcagcccggctgctcagtcctcgacgaggccttccagcgctatcgtgacctgcttttcggttccgggtcttggccccgtccttacctcacagggaaacggcatacactggagaagaatgtgttggttgtctctgtagtcacacctggatgtaaccagcttcctactttggagtcagtggagaattataccctgaccataaatgatgaccagtgtttactcctctctgagactgtctggggagctctccgaggtctggagacttttagccagcttgtttggaaatctgctgagggcacattctttatcaacaagactgagattgaggactttccccgctttcctcaccggggcttgctgttggatacatctcgccattacctgccactctctagcatcctggacactctggatgtcatggcgtacaataaattgaacgtgttccactggcatctggtagatgatccttccttcccatatgagagcttcacttttccagagctcatgagaaaggggtcctacaaccctgtcacccacatctacacagcacaggatgtgaaggaggtcattgaatacgcacggctccggggtatccgtgtgcttgcagagtttgacactcctggccacactttgtcctggggaccaggtatccctggattactgactccttgctactctgggtctgagccctctggcacctttggaccagtgaatcccagtctcaataatacctatgagttcatgagcacattcttcttagaagtcagctctgtcttcccagatttttatcttcatcttggaggagatgaggttgatttcacctgctggaagtccaacccagagatccaggactttatgaggaagaaaggcttcggtgaggacttcaagcagctggagtccttctacatccagacgctgctggacatcgtctcttcttatggcaagggctatgtggtgtggcaggaggtgtttgataataaagtaaagattcagccagacacaatcatacaggtgtggcgagaggatattccagtgaactatatgaaggagctggaactggtcaccaaggccggcttccgggcccttctctctgccccctggtacctgaaccgtatatcctatggccctgactggaaggatttctacatagtggaacccctggcatttgaaggtacccctgagcagaaggctctggtgattggtggagaggcttgtatgtggggagaatatgtggacaacacaaacctggtccccaggctctggcccagagcaggggctgttgccgaaaggctgtggagcaacaagttgacatctgacctgacatttgcctatgaacgtttgtcacacttccgctgtgaattgctgaggcgaggtgtccaggcccaacccctcaatgtaggcttctgtgagcaggagtttgaacagacctga'

mouseHEXA_aligned = seqinsertgaps(mouseHEXA_cds,al(3,:))

mouseHEXA_aligned = 
'atggccggctgcaggctctgggtttcgctgctgctggcggcggcgttggcttgcttggccacggcactgtggccgtggccccagtacatccaaacctaccaccggcgctacaccctgtaccccaacaacttccagttccggtaccatgtcagttcggccgcgcaggcgggctgcgtcgtcctcgacgaggcctttcgacgctaccgtaacctgctcttcggttccggctcttggccccgacccagcttctcaaataaacagcaaacgttggggaagaacattctggtggtctccgtcgtcacagctgaatgtaatgaatttcctaatttggagtcggtagaaaattacaccctaaccattaatgatgaccagtgtttactcgcctctgagactgtctggggcgctctccgaggtctggagactttcagtcagcttgtttggaaatcagctgagggcacgttctttatcaacaagacaaagattaaagactttcctcgattccctcaccggggcgtactgctggatacatctcgccattacctgccattgtctagcatcctggatacactggatgtcatggcatacaataaattcaacgtgttccactggcacttggtggacgactcttccttcccatatgagagcttcactttcccagagctcaccagaaaggggtccttcaaccctgtcactcacatctacacagcacaggatgtgaaggaggtcattgaatacgcaaggcttcggggtatccgtgtgctggcagaatttgacactcctggccacactttgtcctgggggccaggtgcccctgggttattaacaccttgctactctgggtctcatctctctggcacatttggaccggtgaaccccagtctcaacagcacctatgacttcatgagcacactcttcctggagatcagctcagtcttcccggacttttatctccacctgggaggggatgaagtcgacttcacctgctggaagtccaaccccaacatccaggccttcatgaagaaaaagggcttt---actgacttcaagcagctggagtccttctacatccagacgctgctggacatcgtctctgattatgacaagggctatgtggtgtggcaggaggtatttgataataaagtgaaggttcggccagatacaatcatacaggtgtggcgggaagaaatgccagtagagtacatgttggagatgcaagatatcaccagggctggcttccgggccctgctgtctgctccctggtacctgaaccgtgtaaagtatggccctgactggaaggacatgtacaaagtggagcccctggcgtttcatggtacgcctgaacagaaggctctggtcattggaggggaggcctgtatgtggggagagtatgtggacagcaccaacctggtccccagactctggcccagagcgggtgccgtcgctgagagactgtggagcagtaacctgacaactaatatagactttgcctttaaacgtttgtcgcatttccgttgtgagctggtgaggagaggaatccaggcccagcccatcagtgtaggctgctgtgagcaggagtttgagcagacttga'

Оценить скорости синонимических и несинонимических замен нуклеотидных последовательностей, выровненных по кодону, а также показать кодоны, рассмотренные в расчетах, и их аминокислотные трансляции.

[nonsynSubRate,synSubRate] = dnds(humanHEXA_aligned,mouseHEXA_aligned,'verbose',true)

DNDS: 
Codons considered in the computations:
ATGACAAGCTCCAGGCTTTGGTTTTCGCTGCTGCTGGCGGCAGCGTTCGCAGGACGGGCGACGGCCCTCTGGCCCTGGCCTCAGAACTTCCAAACCTCCGACCAGCGCTACGTCCTTTACCCGAACAACTTTCAATTCCAGTACGATGTCAGCTCGGCCGCGCAGCCCGGCTGCTCAGTCCTCGACGAGGCCTTCCAGCGCTATCGTGACCTGCTTTTCGGTTCCGGGTCTTGGCCCCGTCCTTACCTCACAGGGAAACGGCATACACTGGAGAAGAATGTGTTGGTTGTCTCTGTAGTCACACCTGGATGTAACCAGCTTCCTACTTTGGAGTCAGTGGAGAATTATACCCTGACCATAAATGATGACCAGTGTTTACTCCTCTCTGAGACTGTCTGGGGAGCTCTCCGAGGTCTGGAGACTTTTAGCCAGCTTGTTTGGAAATCTGCTGAGGGCACATTCTTTATCAACAAGACTGAGATTGAGGACTTTCCCCGCTTTCCTCACCGGGGCTTGCTGTTGGATACATCTCGCCATTACCTGCCACTCTCTAGCATCCTGGACACTCTGGATGTCATGGCGTACAATAAATTGAACGTGTTCCACTGGCATCTGGTAGATGATCCTTCCTTCCCATATGAGAGCTTCACTTTTCCAGAGCTCATGAGAAAGGGGTCCTACAACCCTGTCACCCACATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCACGGCTCCGGGGTATCCGTGTGCTTGCAGAGTTTGACACTCCTGGCCACACTTTGTCCTGGGGACCAGGTATCCCTGGATTACTGACTCCTTGCTACTCTGGGTCTGAGCCCTCTGGCACCTTTGGACCAGTGAATCCCAGTCTCAATAATACCTATGAGTTCATGAGCACATTCTTCTTAGAAGTCAGCTCTGTCTTCCCAGATTTTTATCTTCATCTTGGAGGAGATGAGGTTGATTTCACCTGCTGGAAGTCCAACCCAGAGATCCAGGACTTTATGAGGAAGAAAGGCTTCGAGGACTTCAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGCTGCTGGACATCGTCTCTTCTTATGGCAAGGGCTATGTGGTGTGGCAGGAGGTGTTTGATAATAAAGTAAAGATTCAGCCAGACACAATCATACAGGTGTGGCGAGAGGATATTCCAGTGAACTATATGAAGGAGCTGGAACTGGTCACCAAGGCCGGCTTCCGGGCCCTTCTCTCTGCCCCCTGGTACCTGAACCGTATATCCTATGGCCCTGACTGGAAGGATTTCTACATAGTGGAACCCCTGGCATTTGAAGGTACCCCTGAGCAGAAGGCTCTGGTGATTGGTGGAGAGGCTTGTATGTGGGGAGAATATGTGGACAACACAAACCTGGTCCCCAGGCTCTGGCCCAGAGCAGGGGCTGTTGCCGAAAGGCTGTGGAGCAACAAGTTGACATCTGACCTGACATTTGCCTATGAACGTTTGTCACACTTCCGCTGTGAATTGCTGAGGCGAGGTGTCCAGGCCCAACCCCTCAATGTAGGCTTCTGTGAGCAGGAGTTTGAACAGACC
ATGGCCGGCTGCAGGCTCTGGGTTTCGCTGCTGCTGGCGGCGGCGTTGGCTTGCTTGGCCACGGCACTGTGGCCGTGGCCCCAGTACATCCAAACCTACCACCGGCGCTACACCCTGTACCCCAACAACTTCCAGTTCCGGTACCATGTCAGTTCGGCCGCGCAGGCGGGCTGCGTCGTCCTCGACGAGGCCTTTCGACGCTACCGTAACCTGCTCTTCGGTTCCGGCTCTTGGCCCCGACCCAGCTTCTCAAATAAACAGCAAACGTTGGGGAAGAACATTCTGGTGGTCTCCGTCGTCACAGCTGAATGTAATGAATTTCCTAATTTGGAGTCGGTAGAAAATTACACCCTAACCATTAATGATGACCAGTGTTTACTCGCCTCTGAGACTGTCTGGGGCGCTCTCCGAGGTCTGGAGACTTTCAGTCAGCTTGTTTGGAAATCAGCTGAGGGCACGTTCTTTATCAACAAGACAAAGATTAAAGACTTTCCTCGATTCCCTCACCGGGGCGTACTGCTGGATACATCTCGCCATTACCTGCCATTGTCTAGCATCCTGGATACACTGGATGTCATGGCATACAATAAATTCAACGTGTTCCACTGGCACTTGGTGGACGACTCTTCCTTCCCATATGAGAGCTTCACTTTCCCAGAGCTCACCAGAAAGGGGTCCTTCAACCCTGTCACTCACATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCAAGGCTTCGGGGTATCCGTGTGCTGGCAGAATTTGACACTCCTGGCCACACTTTGTCCTGGGGGCCAGGTGCCCCTGGGTTATTAACACCTTGCTACTCTGGGTCTCATCTCTCTGGCACATTTGGACCGGTGAACCCCAGTCTCAACAGCACCTATGACTTCATGAGCACACTCTTCCTGGAGATCAGCTCAGTCTTCCCGGACTTTTATCTCCACCTGGGAGGGGATGAAGTCGACTTCACCTGCTGGAAGTCCAACCCCAACATCCAGGCCTTCATGAAGAAAAAGGGCTTTACTGACTTCAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGCTGCTGGACATCGTCTCTGATTATGACAAGGGCTATGTGGTGTGGCAGGAGGTATTTGATAATAAAGTGAAGGTTCGGCCAGATACAATCATACAGGTGTGGCGGGAAGAAATGCCAGTAGAGTACATGTTGGAGATGCAAGATATCACCAGGGCTGGCTTCCGGGCCCTGCTGTCTGCTCCCTGGTACCTGAACCGTGTAAAGTATGGCCCTGACTGGAAGGACATGTACAAAGTGGAGCCCCTGGCGTTTCATGGTACGCCTGAACAGAAGGCTCTGGTCATTGGAGGGGAGGCCTGTATGTGGGGAGAGTATGTGGACAGCACCAACCTGGTCCCCAGACTCTGGCCCAGAGCGGGTGCCGTCGCTGAGAGACTGTGGAGCAGTAACCTGACAACTAATATAGACTTTGCCTTTAAACGTTTGTCGCATTTCCGTTGTGAGCTGGTGAGGAGAGGAATCCAGGCCCAGCCCATCAGTGTAGGCTGCTGTGAGCAGGAGTTTGAGCAGACT
Translations:
M  T  S  S  R  L  W  F  S  L  L  L  A  A  A  F  A  G  R  A  T  A  L  W  P  W  P  Q  N  F  Q  T  S  D  Q  R  Y  V  L  Y  P  N  N  F  Q  F  Q  Y  D  V  S  S  A  A  Q  P  G  C  S  V  L  D  E  A  F  Q  R  Y  R  D  L  L  F  G  S  G  S  W  P  R  P  Y  L  T  G  K  R  H  T  L  E  K  N  V  L  V  V  S  V  V  T  P  G  C  N  Q  L  P  T  L  E  S  V  E  N  Y  T  L  T  I  N  D  D  Q  C  L  L  L  S  E  T  V  W  G  A  L  R  G  L  E  T  F  S  Q  L  V  W  K  S  A  E  G  T  F  F  I  N  K  T  E  I  E  D  F  P  R  F  P  H  R  G  L  L  L  D  T  S  R  H  Y  L  P  L  S  S  I  L  D  T  L  D  V  M  A  Y  N  K  L  N  V  F  H  W  H  L  V  D  D  P  S  F  P  Y  E  S  F  T  F  P  E  L  M  R  K  G  S  Y  N  P  V  T  H  I  Y  T  A  Q  D  V  K  E  V  I  E  Y  A  R  L  R  G  I  R  V  L  A  E  F  D  T  P  G  H  T  L  S  W  G  P  G  I  P  G  L  L  T  P  C  Y  S  G  S  E  P  S  G  T  F  G  P  V  N  P  S  L  N  N  T  Y  E  F  M  S  T  F  F  L  E  V  S  S  V  F  P  D  F  Y  L  H  L  G  G  D  E  V  D  F  T  C  W  K  S  N  P  E  I  Q  D  F  M  R  K  K  G  F  E  D  F  K  Q  L  E  S  F  Y  I  Q  T  L  L  D  I  V  S  S  Y  G  K  G  Y  V  V  W  Q  E  V  F  D  N  K  V  K  I  Q  P  D  T  I  I  Q  V  W  R  E  D  I  P  V  N  Y  M  K  E  L  E  L  V  T  K  A  G  F  R  A  L  L  S  A  P  W  Y  L  N  R  I  S  Y  G  P  D  W  K  D  F  Y  I  V  E  P  L  A  F  E  G  T  P  E  Q  K  A  L  V  I  G  G  E  A  C  M  W  G  E  Y  V  D  N  T  N  L  V  P  R  L  W  P  R  A  G  A  V  A  E  R  L  W  S  N  K  L  T  S  D  L  T  F  A  Y  E  R  L  S  H  F  R  C  E  L  L  R  R  G  V  Q  A  Q  P  L  N  V  G  F  C  E  Q  E  F  E  Q  T  
M  A  G  C  R  L  W  V  S  L  L  L  A  A  A  L  A  C  L  A  T  A  L  W  P  W  P  Q  Y  I  Q  T  Y  H  R  R  Y  T  L  Y  P  N  N  F  Q  F  R  Y  H  V  S  S  A  A  Q  A  G  C  V  V  L  D  E  A  F  R  R  Y  R  N  L  L  F  G  S  G  S  W  P  R  P  S  F  S  N  K  Q  Q  T  L  G  K  N  I  L  V  V  S  V  V  T  A  E  C  N  E  F  P  N  L  E  S  V  E  N  Y  T  L  T  I  N  D  D  Q  C  L  L  A  S  E  T  V  W  G  A  L  R  G  L  E  T  F  S  Q  L  V  W  K  S  A  E  G  T  F  F  I  N  K  T  K  I  K  D  F  P  R  F  P  H  R  G  V  L  L  D  T  S  R  H  Y  L  P  L  S  S  I  L  D  T  L  D  V  M  A  Y  N  K  F  N  V  F  H  W  H  L  V  D  D  S  S  F  P  Y  E  S  F  T  F  P  E  L  T  R  K  G  S  F  N  P  V  T  H  I  Y  T  A  Q  D  V  K  E  V  I  E  Y  A  R  L  R  G  I  R  V  L  A  E  F  D  T  P  G  H  T  L  S  W  G  P  G  A  P  G  L  L  T  P  C  Y  S  G  S  H  L  S  G  T  F  G  P  V  N  P  S  L  N  S  T  Y  D  F  M  S  T  L  F  L  E  I  S  S  V  F  P  D  F  Y  L  H  L  G  G  D  E  V  D  F  T  C  W  K  S  N  P  N  I  Q  A  F  M  K  K  K  G  F  T  D  F  K  Q  L  E  S  F  Y  I  Q  T  L  L  D  I  V  S  D  Y  D  K  G  Y  V  V  W  Q  E  V  F  D  N  K  V  K  V  R  P  D  T  I  I  Q  V  W  R  E  E  M  P  V  E  Y  M  L  E  M  Q  D  I  T  R  A  G  F  R  A  L  L  S  A  P  W  Y  L  N  R  V  K  Y  G  P  D  W  K  D  M  Y  K  V  E  P  L  A  F  H  G  T  P  E  Q  K  A  L  V  I  G  G  E  A  C  M  W  G  E  Y  V  D  S  T  N  L  V  P  R  L  W  P  R  A  G  A  V  A  E  R  L  W  S  S  N  L  T  T  N  I  D  F  A  F  K  R  L  S  H  F  R  C  E  L  V  R  R  G  I  Q  A  Q  P  I  S  V  G  C  C  E  Q  E  F  E  Q  T

nonsynSubRate = 0.0933

synSubRate = 0.5181

Ссылки

Li, W., Wu, C. и Luo, C. (1985). Новый метод оценки синонимических и несинонимических скоростей замещения нуклеотидов с учетом относительной вероятности изменения нуклеотидов и кодонов. Молекулярная биология и эволюция 2 (2), 150-174.

[2] Неи, М. и Годжобори, Т. (1986). Простые методы оценки числа синонимических и несинонимических нуклеотидных замен. Молекулярная биология и эволюция 3 (5), 418-426 .

Nei, M. и Jin, L. (1989). Дисперсии среднего числа нуклеотидных замен внутри и между популяциями. Молекулярная биология и эволюция 6 (3), 290-300.

[4] Неи, М. и Кумар, С. (2000). Синонимичные и несинонимичные нуклеотидные замены "в Molecular Evolution and Phylogenetics (Oxford University Press).

[5] Памило, П. и Бьянки, Н. (1993). Эволюция генов Zfx и Zfy: скорости и взаимозависимость между генами. Молекулярная биология и эволюция 10 (2), 271-281.

См. также

featureparse | nwalign | seqinsertgaps

Темы

Представлен до R2006a

Документация