Просмотр последовательностей и аннотаций NGS
Приложение Genomics Viewer позволяет просматривать и исследовать интегрированные геномные данные с помощью встроенной версии [1][2] Integrative Genomics Viewer (IGV). Геномные данные включают выравнивания чтения NGS, варианты генома и сегментированные данные номера копии.
С помощью приложения можно:
Визуализация данных короткого чтения (.BAM или .CRAM) выровнены по опорной последовательности и сравнивают несколько наборов данных, выровненных по общей опорной последовательности.
Просмотр покрытия различных областей ссылочной последовательности.
Исследовать качество и другие детали выровненных чтений.
Отображение неквантативных аннотаций генома (.BED, .GFF, .GFF3, и .GTF).
Нагружать конструктивные варианты (.VCF) и визуализировать генетические изменения, такие как вставки и удаления.
Просмотр данных номера сегментированной копии (.SEG) и количественные геномные данные (.WIG, .BIGWIG, и .BEDGRAPH), такие как пики ChIP и покрытие выравнивания.
Приложению требуется подключение к Интернету.
MATLAB ® Toolstrip: На вкладке Приложения в разделе Вычислительная биология щелкните значок приложения.
командная строка MATLAB: Enter genomicsViewer.
[1] Робинсон, Дж., Х. Торвальдсдоттир, У. Винклер, М. Гуттман, Э. Ландер, Г. Гетц, Ж. Месиров. 2011. Средство просмотра интегративной геномики. Биотехнология природы. 29:24–26.
[2] Торвальдсдоттир, Х., Дж. Робинсон, Дж. Месиров. 2013. Integrative Genomics Viewer (IGV): высокопроизводительная визуализация и исследование данных геномики. Брифинги по биоинформатике. 14:178–192.