Exponenta Banner
exponenta event banner

Выравнивание последовательности

Визуализация и редактирование нескольких последовательных трасс

развернуть все на странице

Описание

Приложение «Выравнивание последовательностей» позволяет визуализировать и редактировать несколько трасс последовательностей.

Вы можете:

  • Проверьте выравнивание последовательности и выполните корректировки вручную.

  • Просмотрите информацию о последовательности последствий и экспортируйте ее в файл или рабочую область MATLAB ®.

  • Создание филогенетического дерева из выровненных последовательностей.

Sequence Alignment app

Открыть приложение «Выравнивание последовательностей»

  • MATLAB Toolstrip: На вкладке Приложения в разделе Вычислительная биология щелкните значок приложения.

  • командная строка MATLAB: Enter seqalignviewer.

Примеры

развернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Загрузите и просмотрите файл трассы с несколькими последовательностями.

seqalignviewer('aagag.aln')

Figure Biological Sequence Alignment - 1 contains 3 axes and other objects of type uipanel, uitoolbar, uimenu. Axes 1 contains 2 objects of type text, patch. Axes 2 contains 5 objects of type image, text, patch. Axes 3 contains 6 objects of type image, patch, text.

Можно также щелкнуть Последовательность выравнивания на вкладке Приложения, чтобы открыть приложение и просмотреть данные выравнивания.

Можно также создать филогенетическое дерево из выровненных последовательностей в приложении. Выберите меню «Отображение» > «Просмотреть дерево».

Связанные примеры

Программное использование

развернуть все

seqalignviewer открывает приложение «Выравнивание последовательностей».

seqalignviewer(Alignment) загружает данные выравнивания нескольких последовательностей Alignment в приложение. Alignment может быть одним из следующих:

  • Структура MATLAB, содержащая Sequence поле, например, возвращенное fastaread, gethmmalignment, multialign, или multialignread

  • Массив символов MATLAB, содержащий данные MSA, например, возвращенные multialign

  • Строка, указывающая файл или URL-адрес, содержащий данные MSA

  • Массив 3-by-N символов, показывающий попарное выравнивание двух последовательностей, таких как массив, возвращаемый nwalign или swalign.

seqalignviewer('close') закрывает приложение.

См. также

Приложения

Функции

Представлен в R2012b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка