imageneread

Считывание данных микрочипов из файла результатов ImaGene

Синтаксис

imagenedata = imageneread(File) imagenedata = imageneread(..., 'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...)

Аргументы

`File`	Файл с форматированием результатов ImaGene ®. Введите символьный вектор или строку, указывающую имя файла или путь и имя файла.
`CleanColNamesValue`	Управляет преобразованием любого `ColumnNames` содержит пробелы или символы, которые нельзя использовать в качестве имен переменных MATLAB ®, для допустимых имен переменных MATLAB. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Описание

imagenedata = imageneread(File) считывает данные результатов ImaGene из File и создает imagenedata, структура MATLAB, содержащая следующие поля.

Область
`HeaderAA`
`Data`
`Blocks`
`Rows`
`Columns`
`Fields`
`IDs`
`ColumnNames`
`Indices`
`Shape`

imagenedata = imageneread(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования imageneread с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

imagenedata = imageneread(..., 'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...) управляет преобразованием любого ColumnNames содержит пробелы или символы, которые нельзя использовать в качестве имен переменных MATLAB, для допустимых имен переменных MATLAB. Варианты: true или false (по умолчанию).

Область Indices структуры содержит индексы, которые можно использовать для печати тепловых карт данных с помощью функции image или imagesc.

Дополнительные сведения о формате ImaGene и примерах см. в документации ImaGene.

Примеры

В следующем примере файл cy3.txt не предоставляется.

Прочитайте образец файла результатов ImaGene. Обратите внимание, что пример файла, cy3.txt, не поставляется с программным обеспечением Toolbox™ биоинформатики.
```
cy3Data = imageneread('cy3.txt');
```
Постройте график среднего сигнала.
```
maimage(cy3Data,'Signal Mean');
```
Прочитайте образец файла результатов ImaGene. Обратите внимание, что пример файла, cy5.txt, не поставляется с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox.
```
cy5Data = imageneread('cy5.txt');
```

Создайте график регистрации медианы сигнала из двух файлов результатов ImaGene.

sigMedianCol = find(strcmp('Signal Median',cy3Data.ColumnNames));
cy3Median = cy3Data.Data(:,sigMedianCol);
cy5Median = cy5Data.Data(:,sigMedianCol);
maloglog(cy3Median,cy5Median,'title','Signal Median');

См. также

gprread | ilmnbsread | maboxplot | maimage | sptread

Представлен до R2006a

Документация