ilmnbsread

Считывание данных экспрессии генов, экспортированных из программного обеспечения Illumina BeadStudio

Синтаксис

IlmnStruct = ilmnbsread(File) IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'Columns', ColumnsValue, ...) IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...) IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...)

Входные аргументы

`File`	Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла, разделенные табуляцией, или файл данных выражений, разделенных запятыми, экспортированный из ПО Illumina ® BeadStudio™. Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска ^MATLAB ® или в текущей папке.
`ColumnsValue`	Массив ячеек, указывающий имена столбцов для чтения. По умолчанию - все имена столбцов.
`HeaderOnlyValue`	Управляет заполнением только `Header`, `ColumnNames`, и `TextColumnNames` поля в `IlmnStruct`. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).
`CleanColNamesValue`	Управляет преобразованием любого `ColumnNames` содержит пробелы или символы, которые нельзя использовать в качестве имен переменных MATLAB, для допустимых имен переменных MATLAB. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

IlmnStruct

Структура MATLAB, содержащая данные, экспортированные из программного обеспечения Illumina BeadStudio.

Описание

IlmnStruct = ilmnbsread(File) читает File, файл данных выражений с разделителями табуляции или запятыми, экспортированный из программы Illumina BeadStudio, и создает IlmnStruct, структура MATLAB, содержащая следующие поля.

Область	Описание
`Header`	Символьный вектор, содержащий описание данных.
`TargetID`	Клеточный массив, содержащий уникальные идентификаторы мишеней на микрочипе экспрессии гена Illumina.
`ColumnNames`	Массив ячеек, содержащий имена столбцов, содержащих числовые данные в файле с разделителями табуляции, экспортированном из программы Illumina BeadStudio.
`Data`	Матрица, содержащая числовые данные микрочипов для каждой мишени на микрочипе экспрессии гена Illumina. Примечание `ColumnNames` и `Data` имеют одинаковое количество столбцов.
`TextColumnNames`	Массив ячеек, содержащий имена столбцов, содержащих нечисловые данные в файле с разделителями табуляции, экспортированном из программы Illumina BeadStudio. Это поле может быть пустым.
`TextData`	Клеточный массив, содержащий нечисловые данные микрочипов (такие как аннотации) для каждой мишени на микрочипе экспрессии гена Illumina. Это поле может быть пустым. Примечание `TextColumnNames` и `TextData` имеют одинаковое количество столбцов.

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования ilmnbsread с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'Columns', ColumnsValue, ...) считывает данные только из столбцов, указанных ColumnsValue, массив ячеек имен столбцов. По умолчанию данные считываются из всех столбцов.

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...) контролирует население только Header, ColumnNames, и TextColumnNames поля в IlmnStruct. Варианты: true или false (по умолчанию).

IlmnStruct = ilmnbsread(File, ...'CleanColNames', CleanColNamesValue, ...) управляет преобразованием любого ColumnNames содержит пробелы или символы, которые нельзя использовать в качестве имен переменных MATLAB, для допустимых имен переменных MATLAB. Варианты: true или false (по умолчанию).

Совет

Используйте 'CleanColNames' если вы планируете использовать ColumnNames поле в виде имен переменных.

Примеры

Примечание

Файл экспрессии генов, TumorAdjacent-probe-raw.txt используется в следующем примере и не поставляется с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™.

Считывайте содержимое файла с разделителями табуляции, экспортированного из программного обеспечения Illumina BeadStudio в структуру MATLAB.

ilmnStruct = ilmnbsread('TumorAdjacent-probe-raw.txt')

ilmnStruct = 

             Header: [1x1 struct]
           TargetID: {22184x1 cell}
        ColumnNames: {1x37 cell}
               Data: [22184x37 double]
    TextColumnNames: {1x23 cell}
           TextData: {22184x23 cell}

См. также

Представлен в R2008a

Документация