Exponenta Banner
exponenta event banner

sptread

Считывание данных из файла SPOT

Синтаксис

SPOTData = sptread(File)
SPOTData = sptread(File, 'CleanColNames', CleanColNamesValue)

Аргументы

File

Символьный вектор или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл ссылки имеет формат SPOT (текстовый файл ASCII). Если указано только имя файла, этот файл должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке MATLAB.

CleanColNamesValue

Управляет использованием допустимых имен переменных MATLAB.

Описание

SPOTData = sptread(File) читает File, файл в формате SPOT и создает SPOTData, структура MATLAB, содержащая следующие поля:

Header
Data
Blocks
Columns
Rows
IDs
ColumnNames
Indices
Shape

SPOTData = sptread(File, 'CleanColNames', CleanColNamesValue) управляет использованием допустимых имен переменных MATLAB. Имена столбцов в файле в формате SPOT содержат точки и некоторые символы, которые нельзя использовать в именах переменных MATLAB. Если в функции планируется использовать имена столбцов в качестве имен переменных, используйте эту опцию с CleanColNames установить в значение true и функция вернет поле ColumnNames с допустимыми именами переменных.

Indices поле структуры включает индексы, которые можно использовать для печати тепловых карт данных.

Примеры

  1. Прочтите образец файла SPOT и постройте график средней интенсивности переднего плана для канала 635 нм. Обратите внимание, что пример файла spotdata.txt не поставляется с программным обеспечением Toolbox™ биоинформатики.

    spotStruct = sptread('spotdata.txt')
maimage(spotStruct,'Rmedian');

  2. Можно также создать аналогичный график с помощью более простых графических команд.

    Rmedian = magetfield(spotStruct,'Rmedian');
imagesc(Rmedian(spotStruct.Indices));
colormap bone
colorbar

См. также

| | | | | | | | |

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка