Exponenta Banner
exponenta event banner

msbackadj

Правильная базовая линия сигнала с пиками

свернуть все на странице

Синтаксис

yOut = msbackadj (X, интенсивности)
yOut = msbackadj (X, интенсивности, имя, значение)

Описание

пример

yOut = msbackadj(X,Intensities) корректирует переменную базовую линию необработанного сигнала с пиками путем выполнения следующих шагов.

  1. Оцените базовую линию в нескольких сдвинутых окнах шириной 200 единиц разделения.

  2. Регресс изменяющейся базовой линии к оконным точкам с помощью сплайновой аппроксимации.

  3. Настройка базовой линии пиковых сигналов, подаваемых на вход Intensities.

  4. Возврат скорректированных значений интенсивности в выходной матрице yOut.

пример

yOut = msbackadj(X,Intensities,Name,Value) задает дополнительные параметры, заданные одним или несколькими аргументами пары имя-значение. Например, msbackadj(X,Intensities,'WindowSize',300) устанавливает ширину окна сдвига в 300 единиц разделения.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Загрузить образец данных массовых характеристик, включая MZ_lo_res, вектор значений m/z и Y_lo_res, матрица значений интенсивности.

load sample_lo_res

Отрегулируйте базовую линию группы спектрограмм и покажите только третий спектр и его оценочный фон.

YB = msbackadj(MZ_lo_res,Y_lo_res,'ShowPlot',3);

Figure contains an axes. The axes with title Signal ID: 3 contains 3 objects of type line. These objects represent Original Signal, Regressed baseline, Estimated baseline points.

Оценка базовой линии для каждого спектра в Y_lo_res использование анонимной функции для описания m/z-зависимого параметра. Затем постройте график оценочного фона для четвертого спектра.

wf = @(mz) 200 + .001 .* mz;
msbackadj(MZ_lo_res,Y_lo_res,'StepSize',wf,'ShowPlot',4);

Figure contains an axes. The axes with title Signal ID: 4 contains 3 objects of type line. These objects represent Original Signal, Regressed baseline, Estimated baseline points.

Входные аргументы

свернуть все

Значения единиц разделения для набора сигналов с пиками, заданными как вектор.

Число элементов в векторе равно количеству строк в Intensities. Блок разделения может количественно определять длину волны, частоту, расстояние, время или отношение m/z в зависимости от прибора, который генерирует данные сигнала.

Типы данных: double

Значения интенсивности для набора пиков, которые имеют общий диапазон единиц разделения, заданные как числовая матрица.

Каждая строка соответствует значению единицы разделения, и каждый столбец соответствует либо набору сигналов с пиками, либо времени удержания. Число строк равно количеству элементов в X. Данные сигнала могут поступать из любого метода разделения, такого как спектроскопия, ЯМР, электрофорез, хроматография или масс-спектрометрия.

Типы данных: double

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример:

Смещение размера окна, заданного как положительный скаляр или дескриптор функции. По умолчанию msbackadj оценивает точки базовой линии для окон шириной 200 единиц разделения.

Если указать дескриптор функции, функция вычисляется в соответствующем X и возвращает переменную ширину окна. Указание дескриптора функции полезно, когда разрешение сигнала отличается в различных областях.

Результат msbackadj зависит от размера окна и размера шага. Определите параметры на основе ширины ваших пиков в сигнале и наличия возможных дрейфов. При наличии более широких пиков к концу сигнала рассмотрите возможность использования переменных размеров окон и/или шагов.

Пример: 'WindowSize',300

Типы данных: double | function_handle

Размер шага для окна сдвига, заданный как положительный скаляр или дескриптор функции. По умолчанию msbackadj оценивает базовые точки для окон, размещаемых каждые 200 единиц разделения.

Если указать дескриптор функции, функция вычисляется по соответствующим значениям единиц разделения и возвращает расстояние между соседними окнами.

Пример: 'StepSize',150

Типы данных: double | function_handle

Метод регрессии расчетных точек окна в мягкую кривую, указанный как одно из следующих значений.

  • 'pchip' - Фасонно-сохраняющая кусочно-кубическая интерполяция. Интерполированное значение в точке запроса основано на сохраняющей форму кусочно-кубической интерполяции значений в соседних точках сетки.

  • 'linear' - Линейная интерполяция. Интерполированное значение в точке запроса основано на линейной интерполяции значений в соседних точках сетки в каждом соответствующем измерении.

  • 'spline' - интерполяция сплайна. Интерполированное значение в точке запроса основано на кубической интерполяции значений в соседних точках сетки в каждом соответствующем измерении.

Пример: 'RegressionMethod','linear'

Типы данных: char | string

Метод поиска вероятного значения базовой линии (фона) в каждом окне, указанный как одно из следующих:

  • 'quantile' - Значение квантиля устанавливается равным 10%.

  • 'em' - Каждый образец является независимым и одинаково распределенным (i.i.d) розыгрышем любого из двух нормальных распределенных классов (фон или пики). Поскольку метка класса скрыта, распределения оцениваются с помощью алгоритма Expectation-Maximization. Конечным базовым значением является среднее значение фонового класса.

Пример: 'EstimationMethod','em'

Типы данных: char | string

Метод сглаживания кривой расчетных точек, указанный как одно из следующих:

  • 'none' - Сглаживание отсутствует.

  • 'lowess' - Линейная посадка.

  • 'loess' - Квадратичная посадка.

  • 'rlowess' - Надежная линейная посадка.

  • 'rloess' - Надежная квадратичная посадка.

Пример: 'SmoothMethod','lowess'

Типы данных: char | string

Квантильное значение, указанное как положительный скаляр между 0 и 1.

Пример: 'QuantileValue',0.2

Типы данных: double

Флаг для сохранения высоты самого высокого пика в сигнале, указанный как true или false. По умолчанию высоты пиков не сохраняются.

Пример: 'PreserveHeights',true

Типы данных: logical

Флажок для отображения регрессионной базовой линии, исходного сигнала и расчетных точек базовой линии, указанных как true, false, или положительное целое число.

По умолчанию используется следующее поведение:

  • При звонке msbackadj без выходного аргумента отображается график. Только первый сигнал с входа Intensities выводится на печать.

  • При звонке msbackadj с аргументом вывода график не отображается. Но вы можете получить график, также настройки 'ShowPlot' кому true.

Можно также указать индекс для одного из сигналов (столбцов) в Intensities для отображения соответствующего графика этого сигнала.

Пример: 'ShowPlot',5

Типы данных: double | logical

Выходные аргументы

свернуть все

Скорректированные значения интенсивности, возвращаемые в виде матрицы.

См. также

| | | | | | | | | | |

Темы

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка