msheatmap

Создание псевдоколорового изображения набора масс-спектров

Синтаксис

msheatmap(MZ, Intensities) msheatmap(MZ, Times, Intensities) msheatmap(..., 'Midpoint', MidpointValue, ...) msheatmap(..., 'Range', RangeValue, ...) msheatmap(..., 'Markers', MarkersValue, ...) msheatmap(..., 'SpecIdx', SpecIdxValue, ...) msheatmap(..., 'Group', GroupValue, ...) msheatmap(..., 'Resolution', ResolutionValue, ...)

Аргументы

`MZ`	Вектор столбца общих значений масса/заряд (m/z) для набора спектров. Число элементов в векторе равно количеству строк в матрице `Intensities`. Примечание Вы можете использовать `msppresample` для создания `MZ` вектор.
`Times`	Вектор колонки времени удерживания, связанный с набором данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (ЖХ/МС) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (ГХ/МС). Число элементов в векторе равно количеству столбцов в матрице `Intensities`. Время хранения используется для маркировки `y`- ось тепловой карты. Совет Вы можете использовать `mzxml2peaks` для создания `Times` вектор.
`Intensities`	Матрица значений интенсивности для набора масс-спектров, которые имеют одинаковый диапазон m/z. Каждая строка соответствует значению m/z, и каждый столбец соответствует спектру или времени удержания. Число строк равно количеству элементов в векторе `MZ`. Число столбцов равно количеству элементов в векторе `Times`. Примечание Вы можете использовать `msppresample` для создания `Intensities` матрица.
`MidpointValue`	Значение, определяющее квантиль значений интенсивности ионов, опускающихся ниже средней точки карты цвета, что означает, что они не представляют пиков. `msheatmap` использует пользовательскую карту цветов, где крутые цвета представляют непериодические области, белые - среднюю точку, а теплые - пики. Варианты - это любое значение `≥ 0` и `≤ 1`. Значение по умолчанию: `0.99` - Для данных LC/MS или GC/MS или при вводе `T` обеспечивается. Это означает, что 1% пикселей являются теплыми цветами и представляют пики. `0.95` - Для данных без LC/MS или без GC/MS или при вводе `T` не предоставляется. Это означает, что 5% пикселей являются теплыми цветами и представляют пики. Совет Можно также изменить среднюю точку в интерактивном режиме после создания тепловой карты, щелкнув правой кнопкой мыши панель цветов, выбрав «Interactive Colormap Shift» и перетащив курсор по вертикали на панели цветов. Этот метод полезен при сравнении нескольких тепловых карт.
`RangeValue`	Вектор 1 на 2, задающий диапазон m/z для `x`- ось тепловой карты. `RangeValue` должно быть в пределах `[min(MZ) max(MZ)`]. По умолчанию - полный диапазон `[min(MZ) max(MZ)]`.
`MarkersValue`	Вектор значений m/z для маркировки на верхней горизонтальной оси тепловой карты. По умолчанию: `[]`.
`SpecIdxValue`	Одно из следующих действий: Вектор значений с тем же количеством элементов, что и столбцы (спектры) в матрице `Intensities`. Клеточный массив символьных векторов или строковых векторов с тем же количеством элементов, что и столбцы (спектры) в матрице `Intensities`. Каждое значение или символьный вектор или строка определяет метку для соответствующего спектра. Эти значения или символьные векторы или строки используются для маркировки `y`- ось тепловой карты. Примечание Если вход `Times` предусмотрено, предполагается, что `Intensities` содержит данные LC/MS или GC/MS, и `SpecIdxValue` игнорируется.
`GroupValue`	Одно из следующих действий: Вектор значений с тем же количеством элементов, что и строки в матрице `Intensities` Клеточный массив символьных векторов или строковых векторов с тем же количеством элементов, что и строки (спектры) в матрице `Intensities` Каждое значение, символьный вектор или строка указывает группу, к которой принадлежит соответствующий спектр. Спектры сортируются и объединяются в группы по `y`- ось в тепловой карте. Примечание Если вход `Times` предусмотрено, предполагается, что `Intensities` содержит данные LC/MS или GC/MS, и `GroupValue` игнорируется.
`ResolutionValue`	Значение, определяющее разрешение по горизонтали изображения карты теплопередачи. Увеличьте это значение, чтобы расширить сведения. Уменьшите это значение, чтобы уменьшить использование памяти. Значение по умолчанию: `0.5` - Когда `MZ` содержит > 2500 элементов. `0.05` - Когда `MZ` содержит < = 2500 элементов.

Описание

msheatmap(MZ, Intensities) отображает псевдоколорное изображение тепловой карты интенсивностей для спектров в матрице Intensities.

msheatmap(MZ, Times, Intensities) отображает псевдоколорное изображение тепловой карты интенсивностей для спектров в матрице Intensities, используя время удержания в векторе Times для маркировки y-axis.

msheatmap(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования msheatmap с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

msheatmap(..., 'Midpoint', MidpointValue, ...) задает квантиль значений интенсивности ионов, опускающихся ниже средней точки карты цветов, что означает, что они не представляют пиков. msheatmap использует пользовательскую карту цветов, где крутые цвета представляют непериодические области, белые - среднюю точку, а теплые - пики. Варианты - это любое значение между 0 и 1. Значение по умолчанию:

0.99 - Для данных LC/MS или GC/MS или при вводе T обеспечивается. Это означает, что 1% пикселей являются теплыми цветами и представляют пики.
0.95 - Для данных без LC/MS или без GC/MS или при вводе T не предоставляется. Это означает, что 5% пикселей являются теплыми цветами и представляют пики.

Совет

Можно также изменить среднюю точку в интерактивном режиме после создания тепловой карты, щелкнув правой кнопкой мыши на цветовой панели, выбрав «Interactive Colormap Shift», а затем перетащив курсор вертикально на цветовой панели. Этот метод полезен при сравнении нескольких тепловых карт.

msheatmap(..., 'Range', RangeValue, ...) задает диапазон m/z для x- ось тепловой карты. RangeValue является вектором 1 на 2, который должен находиться в пределах [min(MZ) max(MZ)]. По умолчанию - полный диапазон [min(MZ) max(MZ)].

msheatmap(..., 'Markers', MarkersValue, ...) размещение маркеров вдоль верхней горизонтальной оси тепловой карты для значений m/z, указанных в векторе MarkersValue. По умолчанию: [].

msheatmap(..., 'SpecIdx', SpecIdxValue, ...) маркирует спектры вдоль y- ось в тепловой карте. Метки определяются SpecIdxValueвектор значений, массив ячеек символьных векторов или строковый вектор. Число значений или символьных векторов или строк совпадает с числом столбцов (спектров) в матрице Intensities. Каждое значение или символьный вектор или строка определяет метку для соответствующего спектра.

msheatmap(..., 'Group', GroupValue, ...) сортирует и объединяет спектры в группы вдоль y- ось в тепловой карте. Группы определяются GroupValueвектор значений, массив ячеек символьных векторов или строковый вектор. Число значений, символьных векторов или строк совпадает с числом строк в матрице Intensities. Каждое значение или символьный вектор или строка определяет группу, к которой принадлежит соответствующий спектр. По умолчанию: [1:numSpectra].

msheatmap(..., 'Resolution', ResolutionValue, ...) задает разрешение по горизонтали изображения карты теплопередачи. Увеличьте это значение, чтобы расширить сведения. Уменьшите это значение, чтобы уменьшить использование памяти. Значение по умолчанию:

0,5 - Когда MZ содержит > 2500 элементов.
0,05 - Когда MZ содержит < = 2500 элементов.

Примеры

Пример 46. Данные SELDI-TOF

Загрузите выборку данных SELDI-TOF.
```
load sample_lo_res
```
Создайте вектор из четырех значений m/z для маркировки вдоль верхней горизонтальной оси тепловой карты.
```
M = [3991.4 4598 7964 9160];
```
Отображение тепловой карты с маркерами m/z и ограниченным диапазоном m/z.
```
msheatmap(MZ_lo_res,Y_lo_res,'markers',M,'range',[3000 10000])
```
Снова отобразите тепловую карту, сгруппировав каждый спектр в одну из двух групп.
```
TwoGroups = [1 1 2 2 1 1 2 2];
msheatmap(MZ_lo_res,Y_lo_res,'markers',M,'group',TwoGroups)
```

Пример 47. Данные жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (ЖХ/МС)

Загрузить данные выборки LC/MS.
```
load lcmsdata
```
Выполните повторную выборку списков пиков для создания вектора значений m/z и матрицы значений интенсивности.
```
[MZ, Intensities] = msppresample(ms_peaks, 5000);
```
Отображение тепловой карты, показывающей масс-спектры в разное время удержания.
```
msheatmap(MZ, ret_time, log(Intensities))
```

См. также

Темы

Представлен до R2006a

Документация