Синтаксис

Аргументы

Описание

D = pdist(Tree) прибыль Dвектор, содержащий патристические расстояния между каждой возможной парой листовых узлов Tree, объект филогенетического дерева. Патристические расстояния вычисляются путем следования путям через ветви дерева и добавления патристических расстояний ветвей, первоначально созданных с помощью seqlinkage функция.

Выходной вектор D расположен в порядке ((2,1), (3,1), ..., (M,1), (3,2), ..., (M,2), ..., (M,M-1)) (нижний левый треугольник полного Mоколо-M матрица расстояний). Чтобы получить расстояние между Iи J3-е узлы (I > J), используйте формулу D((J-1)*(M-J/2)+I-J). M - количество листьев.

[D, C] = pdist(Tree) возврат в Cиндекс ближайших общих родительских узлов для каждой возможной пары узлов запроса.

pdist(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования pdist с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

pdist(..., 'Nodes', NodesValue, ...) определяет узлы, включенные в расчет. Варианты: 'leaves' (по умолчанию) или 'all'. Когда NodesValue является 'leaves', выход упорядочен, как и ранее, но M - общее количество узлов в дереве (NumLeaves+NumBranches).

pdist(..., 'Squareform', SquareformValue, ...) управляет созданием квадратной матрицы. Варианты: true или false (по умолчанию). Когда SquareformValue является true, pdist преобразует выходные данные в матрицу квадратного формата, так что D(I,J) обозначает расстояние между Iи J3-й узел. Выходная матрица симметрична и имеет нулевую диагональ.

pdist(..., 'Criteria', CriteriaValue, ...) изменяет критерии, используемые для связывания пар. CriteriaValue может быть 'distance' (по умолчанию) или 'levels'.

См. также

phytree | phytreeread | phytreeviewer | seqlinkage | seqpdist