Рисование филогенетического дерева
plot(Tree)
plot(Tree, ActiveBranches)
H = plot(...)
plot(..., 'Type', TypeValue, ...)
plot(..., 'Orientation', OrientationValue, ...)
plot(..., 'Rotation', RotationValue, ...)
plot(..., 'BranchLabels', BranchLabelsValue, ...)
plot(..., 'LeafLabels', LeafLabelsValue, ...)
plot(..., 'TerminalLabels', TerminalLabelsValue, ...)
plot(..., 'LLRotation', LLRotationValue, ...)
Tree | Созданный объект филогенетического дерева, например, созданный с помощью phytree функция конструктора. |
ActiveBranches | Логический массив размера |
TypeValue | Символьный вектор или строка, задающая метод построения филогенетического дерева. Возможны следующие варианты:
|
OrientationValue | Символьный вектор или строка, указывающая положение корневого узла и, следовательно, ориентацию филограммы или дерева кладограммы, когда
|
RotationValue | Скаляр между |
BranchLabelsValue | Управляет отображением меток ветвей рядом с узлами ветвей. Варианты: |
LeafLabelsValue | Управляет отображением меток листа рядом с узлами листа. Варианты:
|
TerminalLabels | Управляет отображением меток клемм над метками засечек оси, когда |
LLRotationValue | Управляет поворотом меток листа так, чтобы текст выравнивался по корневому узлу, когда |
H | Структура с дескрипторами для семи элементов графика. Структура включает следующие поля:
Совет Используйте |
plot( рисует объект филогенетического дерева на фигуру в виде филограммы. Значительные расстояния между ветвями и узлами находятся в горизонтальном направлении. Вертикальные расстояния произвольны и не имеют значения. Tree)
plot( скрывает неактивные ветви и все их потомки в окне «Рисунок». Tree, ActiveBranches)ActiveBranches является логическим массивом размера numBranchesоколо-1 с указанием активных ветвей.
H = plot(...) возвращает структуру с дескрипторами для семи элементов графа.
plot(..., 'Type', задает метод визуализации филогенетического дерева. Выбор следующий.TypeValue, ...)
| Тип визуализации | Описание |
|---|---|
'square' (по умолчанию) |
|
'angular' |
|
'radial' |
|
'equalangle' |
Совет Этот тип визуализации скрывает значимость корневого узла и подчеркивает кластеры, тем самым делая его полезным для визуальной оценки кластеров и обнаружения отклонений. |
'equaldaylight' |
Совет Этот тип визуализации скрывает значимость корневого узла и подчеркивает кластеры, тем самым делая его полезным для визуальной оценки кластеров и обнаружения отклонений. |
plot(..., 'Orientation', указывает ориентацию корневого узла и, следовательно, ориентацию филограммы или кладограммы филогенетического дерева в окне «Рисунок», когда OrientationValue, ...)'Type' свойство - 'square' или 'angular'.
plot(..., 'Rotation', определяет угол поворота (в градусах) филогенетического дерева в окне «Рисунок», когда RotationValue, ...)'Type' свойство - 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Варианты - это скаляр между 0 (по умолчанию) и 360.
plot(..., 'BranchLabels', скрывает или отображает метки ветвей рядом с узлами ветвей. Варианты: BranchLabelsValue, ...)true или false (по умолчанию).
plot(..., 'LeafLabels', скрывает или отображает метки листьев рядом с узлами листьев. Варианты: LeafLabelsValue, ...)true или false. Значение по умолчанию:
true - Когда 'Type' свойство - 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'
false - Когда 'Type' свойство - 'square' или 'angular'
plot(..., 'TerminalLabels', скрывает или отображает метки клемм над метками засечек оси, когда TerminalLabelsValue, ...)'Type' свойство - 'square' или 'angular'. Варианты: true (по умолчанию) или false.
plot(..., 'LLRotation', управляет поворотом меток листа так, что текст выравнивается по корневому узлу, когда LLRotationValue, ...)'Type' свойство - 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Варианты: true или false (по умолчанию).
% Create a phytree object from a file
tr = phytreeread('pf00002.tree')
% Plot the tree and return a structure with handles to the
% graphic elements of the phytree object
h = plot(tr,'Type','radial')
% Modify the font size and color of the leaf node labels % by using one of the handles in the return structure set(h.leafNodeLabels,'FontSize',6,'Color',[1 0 0])