Изменить корень филогенетического дерева
Tree2 = reroot(Tree1)
Tree2 = reroot(Tree1, Node)
Tree2 = reroot(Tree1, Node, Distance)
| Филогенетическое дерево ( |
| Индекс узла, возвращенный методом объекта phytree getbyname. |
| Расстояние от ссылочной ветви. |
Tree2 = reroot(Tree1)Tree1) с использованием метода средней точки. Средняя точка - это местоположение, в котором средние значения длин ветвей по обе стороны дерева выравниваются. Исходный корень удаляется из дерева.
Tree2 = reroot(Tree1, Node)Tree1) к узлу ветви с использованием индекса узла (Node). Новый корень размещается на половине расстояния между узлом ветви и его родительским узлом.
Tree2 = reroot(Tree1, Node, Distance)Tree1к новому корню на заданном расстоянии (Distance) из узла ссылочной ветви (Node) к исходному корню дерева. Примечание.Новая ветвь, представляющая корень в новом дереве (Tree2) помечен 'Root'.
Создайте ультраметрическое дерево.
tr_1 = phytree([5 7;8 9;6 11; 1 2;3 4;10 12;...
14 16; 15 17;13 18])
plot(tr_1,'branchlabels',true)Отображается фигура с филогенетическим деревом.
Поместите корень в 'Branch 7'.
sel = getbyname(tr_1,'Branch 7'); tr_2 = reroot(tr_1,sel) plot(tr_2,'branchlabels',true)
Фигура филогенетического дерева отображается с корнем, перемещенным в центр ветви 7.
Переместите корень в ветвь, которая делает дерево как можно более ультраметрическим.
tr_3 = reroot(tr_2) plot(tr_3,'branchlabels',true)
Изображение нового дерева отображается с корнем, перемещенным из центра ветви 7 в ветвь 8.
