Частота отображения изменений числа копий ДНК на нескольких выборках
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Threshold', ThresholdValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Group', GroupValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Subgrp', SubgrpValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Subplot', SubplotValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Cutoff', CutoffValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Chromosome', ChromosomeValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'IncludeX', IncludeXValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'IncludeY', IncludeYValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Color', ColorValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'YLim', YLimValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Titles', TitlesValue, ...)
CGHData | Основанные на массивах сравнительные данные геномной гибридизации (aCGH) в любой из следующих форм:
|
ThresholdValue | Положительная скалярная величина или вектор, который задает порог прибылей/потерь. Клон рассматривается как коэффициент усиления, если его отношение log2 выше The
По умолчанию это |
GroupValue | Задает группы образцов для вычисления частоты. Варианты:
По умолчанию это одна группа всех выборок в |
SubgrpValue | Управляет анализом выборок по подгруппам. Варианты true (по умолчанию) или false. |
SubplotValue | Управляет отображением всех графиков в одном окне рисунка при анализе нескольких подгрупп. Варианты true (по умолчанию) или false (отображает графики в отдельных окнах). |
CutoffValue | Скалярный или двухэлементный числовой вектор, который задает срез, который управляет графическим изображением только клонов с коэффициентами усиления или потерь, большими или равными CutoffValue. Если вектор с двумя элементами, первый элемент является срезом для усилений, а второй элемент - для потерь. По умолчанию это 0. |
ChromosomeValue | Одно число хромосом или вектор чисел хромосом, которые определяют хромосомы, для которых можно отображать частотные графики. По умолчанию все хромосомы в CGHData. |
IncludeXValue | Контролирует включение X-хромосомы в анализ. Варианты true (по умолчанию) или false. |
IncludeYValue | Контролирует включение Y-хромосомы в анализ. Варианты true или false (по умолчанию). |
ChrominfoValue | Информация о цитогенетическом связывании, заданная любым из следующих:
По умолчанию является информацией о цитогенетическом бандаже Homo sapiens из браузера генома UCSC, NCBI Build 36.1 ( |
ShowCentrValue | Управление отображением положений центромера как вертикальных штриховых линий на частотном графике. Варианты Совет Положения центромера получаются из |
ColorValue | Цветовая схема для вертикальных линий на графике, указывающая частоту добавок и потерь, заданную одним из следующих:
Цветовая схема по умолчанию является областью значений цветов от чистого зеленого (усиление = 1) до желтого (0) до чистого красного (потеря = -1). |
YLimValue | Двухэлементный вектор, задающий минимальное и максимальное значения на вертикальной оси. По умолчанию это [1, -1]. |
TitlesValue | Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, который задает заголовки для групп, которые добавляются к верхним частям графиков (графиков ). |
FreqStruct | Структура, содержащая частотные данные в следующих полях:
Совет Можно использовать эту структуру output как вход в |
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData)
FreqStruct = cghfreqplot (CGHData... 'PropertyName', PropertyValue, ...)cghfreqplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
определяет порог прибылей/потерь. Клон рассматривается как коэффициент усиления, если его отношение log2 выше FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Threshold', ThresholdValue, ...)ThresholdValueи потеря, если коэффициент log2 ниже отрицательного ThresholdValue.
The ThresholdValue применяется следующим образом:
Если положительная скалярная величина, это порог прибыли и потерь для всех выборок.
Если вектор с двумя элементами, первый элемент является порогом усиления для всех выборок, а второй элемент является порогом потерь для всех выборок.
Если вектор такой же длины, как и количество отсчетов, каждый элемент в векторе рассматривается как уникальный порог усиления и потерь для каждой выборки.
По умолчанию это 0.25.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Group', GroupValue, ...)
Вектор индексов выборочных столбцов (для данных только с одной группой). Выборки, заданные в векторе, рассматриваются как группа.
Массив ячеек из векторов индексов выборочных столбцов (для данных, разделенных на несколько групп). Каждый элемент массива ячеек рассматривается как группа.
По умолчанию это одна группа всех выборок в CGHData.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Subgrp', SubgrpValue, ...)true (по умолчанию) или false.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Subplot', SubplotValue, ...)true (по умолчанию) или false (отображает графики в отдельных окнах).
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Cutoff', CutoffValue, ...)CutoffValue. CutoffValue является скалярным или двухэлементным числовым вектором. Если двухэлементный числовой вектор, первый элемент является срезом для коэффициент усиления, а второй элемент для потерь. По умолчанию это 0.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Chromosome', ChromosomeValue, ...)ChromosomeValue, который может быть одним числом хромосом или вектором с числами хромосом. По умолчанию все хромосомы в CGHData.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'IncludeX', IncludeXValue, ...)true (по умолчанию) или false.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'IncludeY', IncludeYValue, ...)true или false (по умолчанию).
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...)ChrominfoValue может быть любой из следующих
Структура, возвращенная cytobandread функция
Вектор символов или строка, задающая имя файла текстового файла идеограммы NCBI или текстового файла обозревателя генома UCSC
По умолчанию является информацией о цитогенетическом бандаже Homo sapiens из браузера генома UCSC, NCBI Build 36.1 (https://genome.UCSC.edu).
Совет
Можно загрузить файлы, содержащие данные цитогенетического G-banding с сайта ftp NCBI или UCSC Genome Browser. Для примера можно скачать данные цитогенетического бандинга для Homo sapiens из:
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...)true (по умолчанию) или false.
Совет
Положения центромера получаются из ChrominfoValue.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Color', ColorValue, ...)
Имя или указатель на функцию, которая возвращает палитру.
M-by-3 матрица, содержащая значения RGB. Если M равен 1, этот один цвет используется для всех добавок и потерь. Если M равен 2 или более, то первая строка используется для усиления, вторая строка используется для потерь, а оставшиеся строки игнорируются. Для примера, [0 1 0;1 0 0] задает зеленый цвет для прибылей и красный цвет для потерь.
Цветовая схема по умолчанию является областью значений цветов от чистого зеленого (усиление = 1) до желтого (0) до чистого красного (потеря = -1).
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'YLim', YLimValue, ...)YLimValue - двухэлементный вектор, задающий минимальное и максимальное значения на вертикальной оси. По умолчанию это [1, -1].
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData,
...'Titles', TitlesValue, ...)). TitlesValue может быть векторы символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов.
Постройте график данных исследования клеточной линии Кориелла
Загрузите данные CGH (aCGH) на основе массивов из исследования клеточной линии Кориелла (Snijders, A. et al., 2001).
load coriell_baccghОтображение частотного графика изменений числа копий во всех выборках.
Struct = cghfreqplot(coriell_data);
Просмотрите всплывающие подсказки для данных, хромосом и центромеров. Сначала нажмите кнопку «Data Cursor» на панели инструментов, затем выберите чёрный контур хромосомы или пунктирную линию центромеры на графике. Чтобы удалить эту всплывающую подсказку, щелкните ее правой кнопкой мыши и выберите Удалить текущие всплывающие подсказки.
Отобразить цветовую панель, указывающую на степень усиления или потери, можно нажав кнопку «Вставить Шкалу палитры» на панели инструментов.
Постройте график данных исследования рака поджелудочной железы
Загрузите данные aCGH из исследования рака поджелудочной железы (Aguirre, A. et al., 2004).
load pancrea_oligocghОтображение частотного графика изменений числа копий во всех выборках с помощью зеленой и красной цветовой схемы.
cghfreqplot(pancrea_data, 'Color', [0 1 0; 1 0 0])
Группы построения графиков данных aCGH
Задайте две группы данных.
grp1 = strncmp('PA.C', pancrea_data.Sample,4); grp1_ind = find(grp1); grp2 = strncmp('PA.T', pancrea_data.Sample,4); grp2_ind = find(grp2);
Отображение частотного графика изменений числа копий во всех выборках в двух группах и ограничение графического изображения для клонов с коэффициентами усиления или потерь, большими или равными 0,25.
SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', {grp1_ind, grp2_ind},... 'Title', {'CL', 'PT'}, 'Cutoff', 0.25);
Отобразите частотный график изменений числа копий во всех выборках в первой группе и ограничьте график только хромосомой 4.
SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', grp1_ind, ... 'Title', 'CL Group on Chr 4', 'Chromosome', 4);
Используйте chromosomeplot функция со 'addtoplot' опция для добавления идеограммы хромосомы 4 для Homo sapiens к этому частотному графику. Поскольку график данных о частоте из исследования рака поджелудочной железы в kb модулях, используйте 'Unit' опция для преобразования данных идеограммы в модули измерения kb.
chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 4, 'addtoplot', gca, 'Unit', 2);
[1] Снейдерс, А. М., Новак, Н., Сегрейвз, Р., Блэквуд, С., Браун, Н., Конрой, Дж., Гамильтон, Г., Хиндл, А. К., Хьюи, Б., Кимура, К., Лоу, С., Grey, J.W., Jain, A.N., Pinkel, D., and Albertson, D.G. (2001). Сборка микромассивов для общегеномного измерения количества копий ДНК. Генетика природы 29, 263-264.
[2] Aguirre, A.J., Brennan, C., Bailey, G., Sinha, R., Feng, B., Leo, C., Zhang, Y., Zhang, J., Gans, J.D., Bardeesy, N., Cauwels, C., Cordon-Cardo, C., Redston, M.S., DePinho, R.A., and Chin, L. (2004). Высокая характеристика генома аденокарциномы поджелудочной железы. ПНАС 101, 24, 9067-9072.