cghfreqplot

Частота отображения изменений числа копий ДНК на нескольких выборках

Свернуть все на странице

Синтаксис

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Threshold', ThresholdValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Group', GroupValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subgrp', SubgrpValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subplot', SubplotValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Cutoff', CutoffValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chromosome', ChromosomeValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeX', IncludeXValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeY', IncludeYValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Color', ColorValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'YLim', YLimValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Titles', TitlesValue, ...)

Входные параметры

CGHData

Основанные на массивах сравнительные данные геномной гибридизации (aCGH) в любой из следующих форм:

  • Структурируйте следующие поля:

    • Sample - Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора, содержащий имена выборок (необязательно).

    • Chromosome - Вектор, содержащий номера хромосом, на которых расположены клоны.

    • GenomicPosition - Вектор, содержащий геномные положения (в единицах bp, kb или mb), с которыми отображены клоны.

    • Log2Ratio - матрица, содержащая логарифмическое отношение интенсивности теста к опорному сигналу для каждого клона. Каждая строка соответствует клону, и каждый столбец соответствует выборке.

  • Матрица, в которой каждая строка соответствует клону. Первый столбец содержит номер хромосомы, второй столбец содержит геномное положение, а оставшиеся столбцы содержат отношение log2 интенсивности теста к опорному сигналу для выборки.

ThresholdValue

Положительная скалярная величина или вектор, который задает порог прибылей/потерь. Клон рассматривается как коэффициент усиления, если его отношение log2 выше ThresholdValueи потеря, если коэффициент log2 ниже отрицательного ThresholdValue.

The ThresholdValue применяется следующим образом:

  • Если положительная скалярная величина, это порог прибыли и потерь для всех выборок.

  • Если вектор с двумя элементами, первый элемент является порогом усиления для всех выборок, а второй элемент является порогом потерь для всех выборок.

  • Если вектор такой же длины, как и количество отсчетов, каждый элемент в векторе рассматривается как уникальный порог усиления и потерь для каждой выборки.

По умолчанию это 0.25.

GroupValue

Задает группы образцов для вычисления частоты. Варианты:

  • Вектор индексов выборочных столбцов (для данных только с одной группой). Выборки, заданные в векторе, рассматриваются как группа.

  • Массив ячеек из векторов индексов выборочных столбцов (для данных, разделенных на несколько групп). Каждый элемент массива ячеек рассматривается как группа.

По умолчанию это одна группа всех выборок в CGHData.

SubgrpValueУправляет анализом выборок по подгруппам. Варианты true (по умолчанию) или false.
SubplotValueУправляет отображением всех графиков в одном окне рисунка при анализе нескольких подгрупп. Варианты true (по умолчанию) или false (отображает графики в отдельных окнах).
CutoffValueСкалярный или двухэлементный числовой вектор, который задает срез, который управляет графическим изображением только клонов с коэффициентами усиления или потерь, большими или равными CutoffValue. Если вектор с двумя элементами, первый элемент является срезом для усилений, а второй элемент - для потерь. По умолчанию это 0.
ChromosomeValueОдно число хромосом или вектор чисел хромосом, которые определяют хромосомы, для которых можно отображать частотные графики. По умолчанию все хромосомы в CGHData.
IncludeXValueКонтролирует включение X-хромосомы в анализ. Варианты true (по умолчанию) или false.
IncludeYValueКонтролирует включение Y-хромосомы в анализ. Варианты true или false (по умолчанию).
ChrominfoValue

Информация о цитогенетическом связывании, заданная любым из следующих:

  • Структура, возвращенная cytobandread функция

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла текстового файла идеограммы NCBI или текстового файла обозревателя генома UCSC

По умолчанию является информацией о цитогенетическом бандаже Homo sapiens из браузера генома UCSC, NCBI Build 36.1 (https://genome.UCSC.edu).

ShowCentrValue

Управление отображением положений центромера как вертикальных штриховых линий на частотном графике. Варианты true (по умолчанию) или false.

Совет

Положения центромера получаются из ChrominfoValue.

ColorValue

Цветовая схема для вертикальных линий на графике, указывающая частоту добавок и потерь, заданную одним из следующих:

  • Имя или указатель на функцию, которая возвращает палитру

  • M-by-3 матрица, содержащая значения RGB. Если M равен 1, этот один цвет используется для всех добавок и потерь. Если M равен 2 или более, то первая строка используется для усиления, вторая строка используется для потерь, а оставшиеся строки игнорируются. Для примера, [0 1 0;1 0 0] задает зеленый цвет для прибылей и красный цвет для потерь.

Цветовая схема по умолчанию является областью значений цветов от чистого зеленого (усиление = 1) до желтого (0) до чистого красного (потеря = -1).

YLimValueДвухэлементный вектор, задающий минимальное и максимальное значения на вертикальной оси. По умолчанию это [1, -1].
TitlesValueВектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, который задает заголовки для групп, которые добавляются к верхним частям графиков (графиков ).

Выходные аргументы

FreqStructСтруктура, содержащая частотные данные в следующих полях:

  • Group - Структурный массив, с каждой структурой, представляющей группу выборок. Каждая структура содержит следующие поля:

    • Sample - массив ячеек, содержащий имена выборок в группе.

    • GainFrequency - Вектор-столбец, содержащий средний коэффициент усиления для каждого клона для группы выборок.

    • LossFrequency - Вектор-столбец, содержащий средние потери для каждого клона для группы выборок.

  • Chromosome - Вектор-столбец, содержащий номера хромосом, на которых расположены клоны.

  • GenomicPosition - вектор-столбец, содержащий геномные положения клонов.

Совет

Можно использовать эту структуру output как вход в cghfreqplot функция.

Описание

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData) отображает частоту прироста или потерь числа копий в нескольких выборках для каждого клона в массиве относительно их геномного положения вдоль хромосом.

FreqStruct = cghfreqplot (CGHData... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает cghfreqplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Threshold', ThresholdValue, ...) определяет порог прибылей/потерь. Клон рассматривается как коэффициент усиления, если его отношение log2 выше ThresholdValueи потеря, если коэффициент log2 ниже отрицательного ThresholdValue.

The ThresholdValue применяется следующим образом:

  • Если положительная скалярная величина, это порог прибыли и потерь для всех выборок.

  • Если вектор с двумя элементами, первый элемент является порогом усиления для всех выборок, а второй элемент является порогом потерь для всех выборок.

  • Если вектор такой же длины, как и количество отсчетов, каждый элемент в векторе рассматривается как уникальный порог усиления и потерь для каждой выборки.

По умолчанию это 0.25.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Group', GroupValue, ...) задает группы выборок, из которых вычисляется частота. Варианты:

  • Вектор индексов выборочных столбцов (для данных только с одной группой). Выборки, заданные в векторе, рассматриваются как группа.

  • Массив ячеек из векторов индексов выборочных столбцов (для данных, разделенных на несколько групп). Каждый элемент массива ячеек рассматривается как группа.

По умолчанию это одна группа всех выборок в CGHData.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subgrp', SubgrpValue, ...) управляет анализом выборок по подгруппам. Варианты true (по умолчанию) или false.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subplot', SubplotValue, ...) управляет отображением всех графиков в одном окне рисунка при анализе нескольких подгрупп. Варианты true (по умолчанию) или false (отображает графики в отдельных окнах).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Cutoff', CutoffValue, ...) задает значение среза, которое управляет графическим изображением только для клонов с частотными усилениями или потерями, большими или равными CutoffValue. CutoffValue является скалярным или двухэлементным числовым вектором. Если двухэлементный числовой вектор, первый элемент является срезом для коэффициент усиления, а второй элемент для потерь. По умолчанию это 0.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chromosome', ChromosomeValue, ...) отображает только частотные графики хромосом (ов), заданные ChromosomeValue, который может быть одним числом хромосом или вектором с числами хромосом. По умолчанию все хромосомы в CGHData.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeX', IncludeXValue, ...) контролирует включение X-хромосомы в анализ. Варианты true (по умолчанию) или false.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeY', IncludeYValue, ...) контролирует включение Y-хромосомы в анализ. Варианты true или false (по умолчанию).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...) задает информацию цитогенетического связывания для хромосом. ChrominfoValue может быть любой из следующих

  • Структура, возвращенная cytobandread функция

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла текстового файла идеограммы NCBI или текстового файла обозревателя генома UCSC

По умолчанию является информацией о цитогенетическом бандаже Homo sapiens из браузера генома UCSC, NCBI Build 36.1 (https://genome.UCSC.edu).

Совет

Можно загрузить файлы, содержащие данные цитогенетического G-banding с сайта ftp NCBI или UCSC Genome Browser. Для примера можно скачать данные цитогенетического бандинга для Homo sapiens из: 

ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18/database/cytoBandIdeo.txt.gz

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...) управляет отображением положений центромера как вертикальных штриховых линий на частотном графике. Варианты true (по умолчанию) или false.

Совет

Положения центромера получаются из ChrominfoValue.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Color', ColorValue, ...) задает цветовую схему для вертикальных линий на графике, указывая частоту добавок и потерь. Варианты:

  • Имя или указатель на функцию, которая возвращает палитру.

  • M-by-3 матрица, содержащая значения RGB. Если M равен 1, этот один цвет используется для всех добавок и потерь. Если M равен 2 или более, то первая строка используется для усиления, вторая строка используется для потерь, а оставшиеся строки игнорируются. Для примера, [0 1 0;1 0 0] задает зеленый цвет для прибылей и красный цвет для потерь.

Цветовая схема по умолчанию является областью значений цветов от чистого зеленого (усиление = 1) до желтого (0) до чистого красного (потеря = -1).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'YLim', YLimValue, ...) задает пределы по вертикали y для частотного графика. YLimValue - двухэлементный вектор, задающий минимальное и максимальное значения на вертикальной оси. По умолчанию это [1, -1].

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Titles', TitlesValue, ...) задает заголовки для групп, которые добавляются к верхним частям графиков (графиков ). TitlesValue может быть векторы символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Постройте график данных исследования клеточной линии Кориелла

Загрузите данные CGH (aCGH) на основе массивов из исследования клеточной линии Кориелла (Snijders, A. et al., 2001).

load coriell_baccgh

Отображение частотного графика изменений числа копий во всех выборках.

Struct = cghfreqplot(coriell_data);

Figure contains an axes. The axes contains 1018 objects of type line, text. These objects represent Gain, Loss, Chromosomes, Centromere.

Просмотрите всплывающие подсказки для данных, хромосом и центромеров. Сначала нажмите кнопку «Data Cursor» на панели инструментов, затем выберите чёрный контур хромосомы или пунктирную линию центромеры на графике. Чтобы удалить эту всплывающую подсказку, щелкните ее правой кнопкой мыши и выберите Удалить текущие всплывающие подсказки.

Отобразить цветовую панель, указывающую на степень усиления или потери, можно нажав кнопку «Вставить Шкалу палитры» на панели инструментов.

Постройте график данных исследования рака поджелудочной железы

Загрузите данные aCGH из исследования рака поджелудочной железы (Aguirre, A. et al., 2004).

load pancrea_oligocgh

Отображение частотного графика изменений числа копий во всех выборках с помощью зеленой и красной цветовой схемы.

cghfreqplot(pancrea_data, 'Color', [0 1 0; 1 0 0])

Figure contains an axes. The axes contains 21310 objects of type line, text. These objects represent Gain, Loss, Chromosomes, Centromere.

Группы построения графиков данных aCGH

Задайте две группы данных.

grp1 = strncmp('PA.C', pancrea_data.Sample,4);
grp1_ind = find(grp1);
grp2 = strncmp('PA.T', pancrea_data.Sample,4);
grp2_ind = find(grp2);

Отображение частотного графика изменений числа копий во всех выборках в двух группах и ограничение графического изображения для клонов с коэффициентами усиления или потерь, большими или равными 0,25.

SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', {grp1_ind, grp2_ind},...
                 'Title', {'CL', 'PT'}, 'Cutoff', 0.25);

Figure contains 2 axes. Axes 1 with title CL contains 6923 objects of type line, text. These objects represent Gain, Loss, Chromosomes, Centromere. Axes 2 with title PT contains 3571 objects of type line, text. These objects represent Gain, Loss, Chromosomes, Centromere.

Отобразите частотный график изменений числа копий во всех выборках в первой группе и ограничьте график только хромосомой 4.

SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', grp1_ind, ...
                 'Title', 'CL Group on Chr 4', 'Chromosome', 4);

Figure contains an axes. The axes with title CL Group on Chr 4 contains 690 objects of type line, text. These objects represent Gain, Loss, Centromere.

Используйте chromosomeplot функция со 'addtoplot' опция для добавления идеограммы хромосомы 4 для Homo sapiens к этому частотному графику. Поскольку график данных о частоте из исследования рака поджелудочной железы в kb модулях, используйте 'Unit' опция для преобразования данных идеограммы в модули измерения kb.

chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 4, 'addtoplot', gca, 'Unit', 2);

Figure contains an axes. The axes with title CL Group on Chr 4 contains 690 objects of type line, text. These objects represent Gain, Loss, Centromere.

Ссылки

[1] Снейдерс, А. М., Новак, Н., Сегрейвз, Р., Блэквуд, С., Браун, Н., Конрой, Дж., Гамильтон, Г., Хиндл, А. К., Хьюи, Б., Кимура, К., Лоу, С., Grey, J.W., Jain, A.N., Pinkel, D., and Albertson, D.G. (2001). Сборка микромассивов для общегеномного измерения количества копий ДНК. Генетика природы 29, 263-264.

[2] Aguirre, A.J., Brennan, C., Bailey, G., Sinha, R., Feng, B., Leo, C., Zhang, Y., Zhang, J., Gans, J.D., Bardeesy, N., Cauwels, C., Cordon-Cardo, C., Redston, M.S., DePinho, R.A., and Chin, L. (2004). Высокая характеристика генома аденокарциномы поджелудочной железы. ПНАС 101, 24, 9067-9072.

См. также

| |

Введенный в R2008a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте