Считайте данные из файла FASTA
FASTAData = fastaread(File)
[Header, Sequence]
= fastaread(File)
... = fastaread(File,
...'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue, ...)
... = fastaread(File, ...'Blockread', BlockreadValue,
...)
... = fastaread(File, ...'TrimHeaders', TrimHeadersValue,
...)
... = fastaread(File, ...'TimeOut', TimeOutValue,
...)
File | Одно из следующих:
|
IgnoreGapsValue | Управление удалением символов зазоров. Варианты true или false (по умолчанию). |
BlockreadValue | Скаляр или вектор, который управляет считыванием записи одной последовательности или блока записей последовательности из FASTA-форматированного файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярное N чтобы прочитать Nвторая запись в файле. Введите вектор 1 на 2 [ чтобы считать блок записей, начиная с M1 вход и окончание в M2 запись. Чтобы считать все оставшиеся записи в файле, начиная с M1 введите положительное значение для M1 и вводите Inf для M2. |
TrimHeadersValue | Определяет, следует ли обрезать заголовок после первого символа пробела. Символы белого пространства включают пробел (char (32)) и вкладку (char (9)). Варианты |
TimeOutValue | Тайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
FASTAData | Структура MATLAB с полями Header и Sequence. |
fastaread считывает данные из файла в формате FASTA в структуру MATLAB со следующими полями.
| Область | Описание |
|---|---|
Header | Информация о заголовке. |
Sequence | Представление нуклеотидной последовательности с одним буквенным кодом. |
Файл в формате FASTA начинается с правого угла скобки (>) и описание одной линии. Следуя этому описанию, последовательность как серия линий с меньшим, чем 80 персонажи. Последовательности должны использовать стандартные коды аминокислоты IUB/IUPAC и нуклеотидные буквенные коды.
Список кодов см. в разделе aminolookup и baselookup.
FASTAData = fastaread(File)FASTAData.HeaderFASTAData.Sequence
[ считывает данные из файла в отдельные переменные. Если файл содержит несколько последовательностей, то Header, Sequence]
= fastaread(File)Header и Sequence являются массивами ячеек заголовка и информации о последовательности.
... = fastaread вызывает (File... 'PropertyName', PropertyValue, ...)fastaread с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Пары имя свойства/ значение могут быть в любом формате, поддерживаемом функцией set (например, пары имя-значение и структуры). Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
... = fastaread(, когда File,
...'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue, ...)IgnoreGapsValue является true, удаляет любой символ зазора ('-' или '.') из последовательностей. По умолчанию это false.
... = fastaread( позволяет вам считать в одной последовательности запись или блок записей из файла, содержащего несколько последовательностей. Если File, ...'Blockread', BlockreadValue,
...)BlockreadValue является скалярным N, затем fastaread читает Nвторая запись в файле. Если BlockreadValue вектор 1 на 2 [M1, M2], затем fastaread считывает блок записей, начиная с M1 вход и окончание в M2 запись. Чтобы считать все оставшиеся записи в файле, начиная с M1 введите положительное значение для M1 и вводите Inf для M2.
... = fastaread( определяет, следует ли обрезать заголовок по первому белому пространству. File, ...'TrimHeaders', TrimHeadersValue,
...)
... = fastaread( задает тайм-аут подключения (в секундах) для чтения данных из удаленного файла или URL-адреса.File, ...'TimeOut', TimeOutValue,
...)
aminolookup | baselookup | BioIndexedFile | emblread | fastainfo | fastawrite | fastqinfo | fastqread | fastqwrite | genbankread | genpeptread | multialignread | saminfo | samread | seqprofile | seqviewer | sffinfo | sffread