getdescendants

Класс: geneont

Найдите термины, которые являются потомками заданного термина Gene Ontology (GO)

Синтаксис

DescendantIDs = getdescendants(GeneontObj, ID) [DescendantIDs, Counts] = getdescendants(GeneontObj, ID) ... = getdescendants(..., 'Depth', DepthValue, ...) ... = getdescendants(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) ... = getdescendants(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)

Описание

DescendantIDs = getdescendants(GeneontObj, ID) выполняет поиск GeneontObj, объект geneont, для терминов GO, которые являются потомками терминов GO, заданных ID, который является идентификатором термина GO или вектором идентификаторов. Возвращается DescendantIDsвектор идентификаторов терминов GO, включая ID. ID является неотрицательным целым числом или вектором, содержащим неотрицательные целые числа.

[DescendantIDs, Counts] = getdescendants(GeneontObj, ID) также возвращает количество раз, когда каждый потомок найден. Counts - вектор-столбец с таким же количеством элементов, как и условия в GeneontObj.

Совет

The Counts возвращаемое значение полезно, когда вы подсчитываете в исследованиях обогащения генов. Для получения дополнительной информации см. Gene Ontology Enrichment in Microarray Data.

... = getdescendants (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает getdescendants с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

... = getdescendants(..., 'Depth', DepthValue, ...) поиск по заданному количеству уровней, DepthValue, в онтологии генов. DepthValue является положительным целым числом. По умолчанию это Inf.

... = getdescendants(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) поиск заданных типов отношений, RelationtypeValue, в онтологии генов. RelationtypeValue является вектор символов. Варианты 'is_a', 'part_of', или 'both' (по умолчанию).

... = getdescendants(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) управляет, исключая ID, исходный запрашиваемый термин (ы) из выхода DescendantIDs, если только термин не был найден при поиске генной онтологии. Варианты true или false (по умолчанию).

Входные параметры

`GeneontObj`	Объект генеонта, такой как созданный `geneont` функция конструктора.
`ID`	Идентификатор термина GO или вектор идентификаторов.
`DepthValue`	Положительное целое число, определяющее количество уровней для поиска вниз в онтологии гена.
`RelationtypeValue`	Вектор символов, задающий типы отношений для поиска в онтологии генов. Варианты: `'is_a'` `'part_of'` `'both'` (по умолчанию)
`ExcludeValue`	Управляет, исключая `ID`, исходный запрашиваемый термин (ы) из выхода `DescendantIDs`, если только термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

`DescendantIDs`	Вектор идентификаторов терминов GO, включая `ID`.
`Counts`	Вектор-столбец с таким же количеством элементов, как и термины в `GeneontObj`, указывающий количество раз, когда каждый потомок обнаруживается.

Примеры

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB^® программное обеспечение.
```
GO = geneont('LIVE', true)
```
MATLAB создает объект geneont и отображает количество терминов в базе данных.
```
Gene Ontology object with 27827 Terms.
```

Найдите потомки термина GO «aldo-keto reductase activity» с идентификатором GO 4033.

descendants = getdescendants(GO,4033)

descendants =

        4032
        4033
        8106
       32018
       32866
       32867
       46568
       50112
       50236

Создайте подчиненную онтологию генов.
```
subontology = GO(descendants)

Gene Ontology object with 9 Terms.
```

Создайте и отобразите отчет о подчиненных терминах Gene Ontology, который включает идентификатор и имя GO.

rpt = [num2goid(cell2mat(get(subontology.terms,'id')))...
       get(subontology.terms,'name')]';
disp(sprintf('%s --> %s \n',rpt{:}))

GO:0004032 --> aldehyde reductase activity 
GO:0004033 --> aldo-keto reductase activity 
GO:0008106 --> alcohol dehydrogenase (NADP+) activity 
GO:0032018 --> 2-methylbutanal reductase activity 
GO:0032866 --> xylose reductase activity 
GO:0032867 --> arabinose reductase activity 
GO:0046568 --> 3-methylbutanal reductase activity 
GO:0050112 --> inositol 2-dehydrogenase activity 
GO:0050236 --> pyridoxine 4-dehydrogenase activity

Просмотрите отношения подчиненной онтологии генов при помощи getmatrix метод создания матрицы соединений для передачи в biograph функция.
```
cm = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm,rpt(1,:));
view(BG)
```

См. также

goannotread | num2goid | term

Документация