geneont

Класс: geneont

Создайте объект генеонта и объекты термина

Синтаксис

GeneontObj = geneont GeneontObj = geneont('File', FileValue) GeneontObj = geneont('Live', LiveValue) GeneontObj = geneont('Live', LiveValue, 'ToFile', ToFileValue)

Описание

GeneontObj = geneont создает GeneontObj, объект генеонта, из gene_ontology.obo файл в MATLAB^® текущая директория. Он также создает несколько объектов терминов, по одному для каждого термина в объекте генеонта.

GeneontObj = geneont('File', FileValue) создает GeneontObj, объект генеонта, из FileValue, вектор символов, указывающая имя файла в формате Open Biomedical Ontology (OBO), который находится на путь поиска файлов MATLAB.

GeneontObj = geneont('Live', LiveValue) управляет созданием GeneontObj, объект geneont, из текущей версии базы данных Gene Ontology.

Варианты true или false (по умолчанию).

Примечание

Полная база данных Gene Ontology может занять несколько минут, когда вы запускаете эту функцию с помощью 'Live' свойство.

GeneontObj = geneont('Live', LiveValue, 'ToFile', ToFileValue), когда LiveValue является true, создает GeneontObjобъект geneont из последней версии базы данных Gene Ontology и сохраняет содержимое этого файла в ToFileValue, вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла.

Входные параметры

`FileValue`	Вектор символов, задающий имя файла OBO-форматированного файла, который находится в пути поиска файлов MATLAB.
`LiveValue`	Управляет созданием самого современного объекта генеонта. Введите `true` для создания `GeneontObj`, объект генеонта, из последней версии базы данных Gene Ontology. По умолчанию это `false`.
`ToFileValue`	Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла, к которым можно сохранить содержимое текущей версии базы данных Gene Ontology.

Выходные аргументы

GeneontObj Объект MATLAB, содержащий информацию об онтологии генов.

Примеры

расширить все

Создайте объект генной онтологии и исследуйте условия GO

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект geneont.

GeneontObj = geneont('LIVE', true)

Отображается количество объектов терминов, связанных с объектом генеонта.

Gene Ontology object with 47386 Terms.

Отображение информации об объекте генеонта.

get(GeneontObj)

default_namespace: 'gene_ontology'
                    format_version: '1.2'
                      data_version: 'releases/2019-04-17'
                           version: ''
                              date: ''
                          saved_by: ''
                 auto_generated_by: ''
                         subsetdef: {15×1 cell}
                            import: ''
                    synonymtypedef: 'systematic_synonym "Systematic synonym" EXACT'
                           idspace: ''
    default_relationship_id_prefix: ''
                        id_mapping: ''
                            remark: 'Includes Ontology(OntologyID(OntologyIRI(<http://purl.obolibrary.org/obo/go/never_in_taxon.owl>))) [Axioms: 18 Logical Axioms: 0]'
                           typeref: ''
                  unrecognized_tag: {'ontology'  'go'}
                             Terms: [47386×1 geneont.term]

Поиск всех членов GO в объекте geneont, которые содержат вектор символов ribosome в полевых name, и использовать geneont.terms свойство для создания массива структур MATLAB объектов терминов, содержащих эти условия.

comparison = regexpi(get(GeneontObj.terms,'name'),'ribosome');
indices = find(~cellfun('isempty',comparison));
terms_with_ribosmome = GeneontObj.terms(indices)

  33×1 struct array with fields:

    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

Примечание

Хотя и terms свойство является вектором-столбцом с указателями на объекты терминов, в Командном Окне MATLAB оно отображается как массив структур с одной структурой для каждого термина GO в объекте geneont.

См. также

geneont.terms | goannotread | num2goid | term

Документация