Класс: geneont
Преобразуйте объект генеонта в матрицу отношений
[Matrix, ID, Relationship]
= getmatrix(GeneontObj)
[ преобразует объект geneont, Matrix, ID, Relationship]
= getmatrix(GeneontObj)GeneontObj, в Matrix, матрица значений отношений между узлами (индексы строка и столбец), в которой 0 указывает на отсутствие связи, 1 указывает на отношение «is_a» и 2 указывает на отношение «part_of». ID - это вектор-столбец с указанием идентификаторов онтологии генов, которые соответствуют строкам и столбцам Matrix. Relationship - массив ячеек из векторов символов, определяющий типы отношений.
GeneontObj | Объект генеонта, такой как созданный geneont функция конструктора. |
Matrix | Матрица значений отношений между узлами (индексы строка и столбец), в которой 0 указывает на отсутствие связи, 1 указывает на отношение «is_a» и 2 |
ID | Вектор-столбец с указанием идентификаторов онтологии генов, которые соответствуют строкам и столбцам Matrix. |
Relationship | Массив ячеек из символьных векторов, определяющих типы отношений. |
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB® программное обеспечение.
GO = geneont('LIVE',true) MATLAB создает объект geneont и отображает количество терминов в базе данных.
Gene Ontology object with 27595 Terms.
Преобразуйте этот объект генеонта в матрицу отношений.
[MATRIX, ID, REL] = getmatrix(GO);
goannotread | num2goid | term