getrelatives

Класс: geneont

Найдите условия, которые являются родственниками заданного термина Gene Ontology (GO)

Синтаксис

RelativeIDs = getrelatives(GeneontObj, ID) [RelativeIDs, Counts] = getrelatives(GeneontObj, ID) ... = getrelatives(..., 'Height', HeightValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Depth', DepthValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Levels', LevelsValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)

Описание

RelativeIDs = getrelatives(GeneontObj, ID) выполняет поиск GeneontObj, объект geneont, для терминов GO, которые являются родственниками терминов GO, заданных ID, который является идентификатором термина GO или вектором идентификаторов. Возвращается RelativeIDsвектор идентификаторов терминов GO, включая ID. ID является неотрицательным целым числом или вектором, содержащим неотрицательные целые числа.

[RelativeIDs, Counts] = getrelatives(GeneontObj, ID) также возвращает количество раз, когда каждый относительный найден. Counts - вектор-столбец с таким же количеством элементов, как и условия в GeneontObj.

Совет

The Counts возвращаемое значение полезно, когда вы подсчитываете в исследованиях обогащения генов. Для получения дополнительной информации см. Gene Ontology Enrichment in Microarray Data.

... = гетрелятивы (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает getrelatives с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

... = getrelatives(..., 'Height', HeightValue, ...) поиск по заданному количеству уровней, HeightValue, в онтологии генов. HeightValue является положительным целым числом. По умолчанию это 1.

... = getrelatives(..., 'Depth', DepthValue, ...) поиск по заданному количеству уровней, DepthValue, в онтологии генов. DepthValue является положительным целым числом. По умолчанию это 1.

... = getrelatives(..., 'Levels', LevelsValue, ...) поиск вверх и вниз через заданное количество уровней, LevelsValue, в онтологии генов. LevelsValue является положительным целым числом. Когда он задан, он переопределяет HeightValue и DepthValue.

... = getrelatives(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) поиск заданных типов отношений, RelationtypeValue, в онтологии генов. RelationtypeValue является вектор символов. Варианты 'is_a', 'part_of', или 'both' (по умолчанию).

... = getrelatives(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) управляет, исключая ID, исходный запрашиваемый термин (ы) из выхода RelativeIDs, если только термин не был найден при поиске генной онтологии. Варианты true или false (по умолчанию).

Входные параметры

`GeneontObj`	Объект генеонта, такой как созданный `geneont` функция конструктора.
`ID`	Идентификатор термина GO или вектор идентификаторов.
`HeightValue`	Положительное целое число, определяющее количество уровней для поиска вверх в онтологии гена.
`DepthValue`	Положительное целое число, определяющее количество уровней для поиска вниз в онтологии гена.
`LevelsValue`	Положительное целое число, определяющее количество уровней вверх и вниз для поиска в онтологии гена. Когда он задан, он переопределяет `HeightValue` и `DepthValue`.
`RelationtypeValue`	Вектор символов, задающий типы отношений для поиска в онтологии генов. Варианты: `'is_a'` `'part_of'` `'both'` (по умолчанию)
`ExcludeValue`	Управляет, исключая `ID`, исходный запрашиваемый термин (ы) из выхода `RelativeIDs`, если только термин не был достигнут при поиске генной онтологии. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

`RelativeIDs`	Вектор идентификаторов терминов GO, включая `ID`.
`Counts`	Вектор-столбец с таким же количеством элементов, как и термины в `GeneontObj`, указывающий количество раз, когда каждый относительный найден.

Примеры

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB^® программное обеспечение.
```
GO = geneont('LIVE', true)
```
MATLAB создает объект geneont и отображает количество терминов в базе данных.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Найдите непосредственных родственников для термина GO митохондриальной мембраны с идентификатором GO 31966.
```
relatives = getrelatives(GO,31966,'levels',1)

relatives =

        5741
        5743
       31090
       31966
       44429
```
Создайте подчиненную онтологию генов.
```
subontology = GO(relatives)

Gene Ontology object with 5 Terms.
```

Создайте отчет о подчиненных терминах Gene Ontology, который включает идентификатор и имя GO.

rpt = get(subontology.terms,{'id','name'})

rpt = 

    [ 5741]             [1x28 char]
    [ 5743]             [1x28 char]
    [31090]    'organelle membrane'
    [31966]             [1x22 char]
    [44429]    'mitochondrial part'

Просмотрите отношения подчиненной онтологии генов при помощи getmatrix метод создания матрицы соединений для передачи в biograph функция и окрашивание митохондриальной мембраны GO термин красный.
```
[cm acc rels] = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name'));
BG.nodes(acc==31966).Color = [1 0 0];
view(BG)
```
Найдите всех родственников для термина GO митохондриальной внешней мембраны с идентификатором 5741.
```
relatives = getrelatives(GO,5741,'levels',inf);
```
Создайте подчиненную онтологию генов.
```
subontology = GO(relatives)

Gene Ontology object with 13 Terms.
```
Просмотрите отношения подчиненной онтологии генов при помощи getmatrix метод создания матрицы соединений для передачи в biograph функция и методы, и окрашивают митохондриальную внешнюю мембрану GO терминами красный.
```
[cm acc rels] = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name'));
BG.nodes(acc==5741).Color = [1 0 0];
view(BG)
```

См. также

goannotread | num2goid | term

Документация